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使用MCGS完成一个实际的应用系统，首先必须在MCGS的组态环境下进行系统的组态生成工作，然后将系统放在MCGS的运行环境下运行。
在实际工程项目中，使用MCGS构造应用系统之前，应进行工程的整体规划，保证项目的顺利实施。
对工程设计人员来说，首先要了解整个工程的系统构成和工艺流程，弄清测控对象的特征，明确主要监控要求和技术要求等问题。在此基础上，拟定组建工程的总体规划和设想，主要包括系统应实现哪些功能，控制流程如何实现，需要什么样的用户窗口界面，实现何种动画效果，以及如何在实时数据库中定义数据变量等环节，同时还要分析工程中设备的采集及输出通道与实时数据库中定义的变量的对应关系，分清哪些变量是要求与设备连接的，哪些变量是软件内部用来传递数据及用于实现动画显示的等。做好工程的整体规划，在项目的组态过程中能够尽量避免一些无谓的劳动，快速、有效地完成工程项目。
完成工程的规划，接着就开始工程的建立工作了。
MCGS中用“工程”来表示组态生成的应用系统，创建一个新工程就是创建一个新的用户应用系统，打开工程就是打开一个已经存在的应用系统。工程文件的命名规则和Windows系统相同，MCGS自动给工程文件名加上后缀“.mcg”。每个工程都对应一个组态结果数据库文件。
在Windows系统桌面上，通过以下3种方式中的任一种都可以进入MCGS组态环境：
（1）用鼠标双击Windows桌面上的“MCGS组态环境”图标；
（2）选择“开始”→“程序”→“MCGS组态软件”→“MCGS 组态环境”命令；
（3）按快捷键“Ctrl+Alt+G”。
进入MCGS组态环境后，单击工具条上的“新建”按钮，或执行“文件”菜单中的“新建工程”命令，系统自动创建一个名为“新建工程X.MCG”的新工程（X为数字，表示建立新工程的顺序，如1、2、3等）。由于尚未进行组态操作，新工程只是一个“空壳”，一个包含5个基本组成部分的结构框架，接下来要逐步在框架中配置不同的功能部件，构造完成特定任务的应用系统。
MCGS用“工作台”窗口来管理构成用户应用系统的5个部分，如图2-1所示，其结构由主控窗口、设备窗口、用户窗口、实时数据库和运行策略5个部分构成，对应于5个不同的窗口页面，每一个页面负责管理用户应用系统的一个部分，用鼠标单击不同的标签可选取不同的窗口页面对应用系统的相应部分进行组态操作。
由MCGS生成的用户应用系统窗口是屏幕中的一块空间，是一个“容器”，直接提供给用户使用。在窗口内，用户可以放置不同的构件，创建图形对象并调整画面的布局，组态配置不同的参数以完成不同的功能。
图2-1 MCGS工作台窗口
在保存新工程时，可以随意更换工程文件的名称。默认情况下，所有的工程文件都存放在MCGS安装目录下的Work子目录里，用户也可以根据自身需要指定存放工程文件的目录。