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高等教育质量常态化监测目标是指监测在高等教育质量发展政策推行过程中的每一个时期要达到怎样的产出结果，这是政策目标实现的前提。高等教育质量常态监测目标的确立必须具有以下三个特征。(1)监测目标是以政策目标为基本导向的，因此监测必须符合高等教育质量发展的政策目标。(2)监测目标必须被设立成易于理解的具有一定操作性的具体目标。监测实质上是一个收集和分析信息的动态的持续发展过程，贯穿于整个项目实施和政策执行的全过程，在此过程中“通常借助连续性的、关键性产出指标对政策覆盖对象进行连续性的数据收集，比较实际产出(Output)和预期产出，考察政策覆盖对象的发展变化，以监督政策、项目是否按照预期开展和实施，政策、项目的预期目标是否实现”（路德维珂·科拉罗等，2009)。应将高等教育质量监测目标转化为可操作的、可测量的一系列关键指标，以保证监测项目实施过程中相关要求和预期目标的实现。(3)目标与标准相互结合的过程。依据发展目标建立评估标准，在广泛收集相关信息的基础上，对高等教育质量的发展程度做出基本判断，查找薄弱环节，提出更改意见。围绕这一总目标，高等教育质量常态化监测具体目标如下。
“对政策和标准进行跟踪监测，是进一步完善，也是政策和标准得以贯彻落实的根本保证”（刘芳，2010)。“标准化学校建设是高等教育整体水平提升的过程，高等教育学校标准化建设既是一种目标，也是一个过程，高等教育质量发展过程本身就是最重要的目标”（腾飞，2010)。高等教育质量常态化监测的首要目标是监测区域内的高等教育阶段质量标准的达成度，推行高等教育学校标准化建设，实行制度化规范化办学。《教育发展规划纲要》中提出高等教育由非质量发展向质量发展转化，需要从师资力量、校长水平、学校配置、生源状况等方面进行提高和评估。在监测过程中，首先进行高等教育学校办学基本标准的评估认定，省域内的高等教育学校的办学水平应达到所在省（区、市）的办学基本标准，这就是高等教育质量发展的一个“门槛”，也是高等教育质量发展的最低限度。也就是说，“要求在对学校进行评估认定前，要对其所辖高等教育阶段学校是否达到本省基本办学标准进行评估。达到这一条件的县，才有资格接受质量督导评估认定”（教育部，2012)。这样，在高等教育阶段设立了基本标准，可以防止低水平重复，为全面掌握高等教育总体情况，为相关政策制定和改进管理提供了依据，推进了高等教育标准化建设。
高等教育质量发展监测的一个重要目标就是要通过对县域内高等教育校际间质量状况的评估，评价学校间在关键指标方面的缩小或扩大的差异性情况，掌握动态的质量发展基本情况和数据信息。“通过各级指标取值，测度各年度监测点指标的绝对差异和相对差异，可以通过各个监测点的差异变化来判定县域高等教育某些方面的变化趋势”（董世华，范先佐，2011)。监测活动具有连续性和动态性。校际间质量状况评估指标重点评估省级政府质量配置教育资源的情况，在监测指标的设定方面，国家设定基本监测指标，各省根据实际状况适当增加指标，然后通过计算差异系数的形式客观反映学校之间的差距及差距变化发展的基本态势。通过监测，从纵向上来看实现掌握省域内高等教育不同时期质量发展衡状况，从横向上来看掌握同一时期城乡之间、校际之间、乡镇之间高等教育质量发展的状况，以便及时发现问题进行进行调整。将教育发展水平的动态监测和阶段性评估相结合，促进区域高等教育持续、深入的推进。
高等教育质量监测是建立在政府对高等教育质量发展的责任的基础之上的，因此，监测的另一个具体目标就是促进地方政府担当起高等教育质量发展的责任。《中华人民共和国高等教育法》中明确政府是推进高等教育质量发展的“第一责任人”，教育督导评估对象是地方各级政府和学校，督促政府切实履行国家法律、法规、方针、政策规定的相关教育责任，并且要强化政府责任。因此，在监测的过程中，对省级人民政府推进高等教育质量发展工作进行评估，建立责任追究制度，引导政府尤其是省级政府，积极配置高等教育学校资源，促使地方政府担负起高等教育质量发展的职责。“对数据填报、核查分析、预警提醒、领导审核、反馈整改等工作中出现问题的，视情节追究责任”。“对差异系数出问题的县（市、区）、省辖市要给予相应处分，限时整改：达到预警黄线的给予黄牌警告；达到预警红线的给予政府分管负责同志、教育行政部门主要负责同志诫勉谈话；超过国家规定的将给予政府分管负责同志、教育行政部门主要负责人行政处分，并取消当地参加省级以上教育类评优、评先、表彰、晋级等资格，取消省级非普惠项目经费”。对政府部门的督促有利于政府机构真正担当起高等教育质量发展的责任，在建立公平的入学机会、关注弱势群体的教育、改造薄弱学校、合理配备师资等方面承当起应尽的责任。比如，在师资队伍建设方面，教师绩效工资的实施、不同学科教师的合理配置、编制制定、教师交流等情况，都需要政府积极主动地实施政策。总体而言，“政府有责任制定对所有学生与所有学校都公平的资源分配规则，有责任缩小区域内学校间高等教育资源投入水平的差异，有责任为社会各方提供系统全面的学校质量信息，从而为各方做出科学决策提供充分的依据”（杜育红，卢珂，2012)。监测机制的形成和实施可以监督地方政府的责任履行情况，督促政府承担应有的责任。
高等教育质量常态化监测的具体目标之一直接指向教育资源的合理配置问题。通过对教育资源分配差异情况的监测，有利于促进教育资源的合理分配，提高高等教育的公平性。
高等教育资源的差异性受多方面因素的影响，由于地区差异和城乡差异、教育管理体制差异、教育资源供给方式差异、传统观念的影响，教育资源的分布也出现了不平衡性。教育资源的差异性对教育行为过程和教育效果产生了极大影响。由于我国幅员辽阔，各地区的社会经济发展状况存在差异，因此，教育资源的分布也存在着区域性差异。在我国在长期的城乡二元社会经济结构制度环境的影响下，户籍制度、劳动就业制度、分割的教育体系、医疗制度、社会保障制度等是城乡教育资源产生差异性的重要根源。在根深蒂固的城乡二元社会经济制度环境中，尽管城镇化水平在逐年提高，但累积性的负面影响使得农村与城市相比而言，教育资源差异明显。20世纪实行的重点校制度，使教育资源向城市学校、优质学校集中，由此造成了校际之间的差异。教育投入、教育环境及条件、生均教育经费、师资水平及教学质量的差异等都和教育资源分配的合理性有关，本质上就是教育资源的差异造成了教育的差异，这种现象的存在直接影响着教育的整体质量发展，制约着国家高等教育质量的提高。高等教育质量常态化监测有利于促进教育资源的合理配置，提高教育的公益性。
高等教育政策监测是政策的重要组成部分，主要进行信息的收集和分析，对政策问题进行鉴别和界定，形成初步的政策方案，保证政策方案的可行性。进行高等教育质量监测，可全面、及时、可靠、真实地掌握高等教育质量的发展状况，可以将各方面的表现情况和动态变化快速而及时地反映给教育管理部门，防止决策时的盲目性。监测的结果是为了更好地改进工作，促进高等教育良性发展。如果缺少数据资料的支撑，对各地高等教育质量发展情况监测不到位则会影响决策和指导工作。高等教育制度的建立能够实现通过监测获取真实准确的信息，从多个角度、多个层面为管理部门进行决策提供反馈信息。