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“新三板”是业界对全国中小企业股份转让系统的俗称，它经历了从“两网”到“三板”再到“新三板”的发展历程。
“两网”即1990年成立的“STAQ法人股流通市场”及1993年成立的“NET法人股市场”，成立“两网”的目的是为了解决法人股流通问题。但在1998 年金融危机爆发后，监管部门对证券市场尤其是发展不成熟的场外市场进行全面取缔，“两网”也被关闭。
“两网”停止带来了法人股无法流通的难题。为解决这一问题，中国证券业协会指定申银万国等6家证券公司代办原“两网”系统挂牌公司的股份转让业务，由此确立了我国由证券代办股份转让业务的场外交易制度，代办股份转让系统也于2001年7月正式开通。此后，陆续有6家主板公司退市，转入代办股份转让系统挂牌，该系统也承担起完善退市机制的历史重任。而业内，这个“证券公司代办股份转让系统”被称为“三板”。
“新三板”又从何而来呢？2006年国务院发布《关于实施若干配套政策的通知》，其中明确规定：“推进高新技术企业股份转让工作，启动中关村科技园区未上市高新技术企业进入证券公司代办股份转让系统进行股份转让试点工作。”
此后，2006年1月，先后有中关村园区高新企业挂牌，中关村科技园区非上市股份有限公司股份报价转让即正式成为三板市场的一部分，为与原来的三板市场区分，被称为“新三板”。
2006年1月，根据国务院的决定，中关村科技园区非上市股份公司进入证券公司代办股份转让系统进行股份转让试点。
2010年4月，中国证监会成立国家高新技术产业开发区非上市公司股份转让试点暨场外市场建设筹备工作领导小组及其工作机构，姚刚副主席任领导小组组长。
2011年2月，国务院副总理王岐山主持会议，研究证券场外市场建设有关问题。会议要求，逐步探索建立全国统一的证券场外市场。
2012年3月，中国证券监督管理委员会（以下简称“中国证监会”）全国场外市场筹备组成立；5月，筹备组工作团队组建完成。
2012年7月，国务院同意扩大非上市股份公司股份转让试点，在中关村园区基础上，新增上海张江、武汉东湖、天津滨海高新区进入试点范围；同意设立全国中小企业股份转让系统，组建运营管理机构。
2012年9月7日，扩大非上市股份公司股份转让试点合作备忘录签署暨首批企业挂牌仪式在京举行。
2012年9月20日，全国中小企业股份转让系统有限责任公司在国家工商总局完成登记注册。
2013年1月16日，举行全国中小企业股份转让系统揭牌仪式。