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自从Alfred Winslow Jones建立第一支对冲基金以来，全球经济环境经过了几轮经济危机和金融危机的洗礼，对冲基金发展也几经沉浮。但整体来说，全球对冲基金在其发展历程中经历了质的飞跃，对冲基金规模翻番，对冲基金收益都呈现良好的发展态势。
1.初始时期
在1949年，Alfred Winslow Jones一位曾经在财富杂志任职的记者，以仅仅10万美元作为初始资本建立了世界上第一个对冲基金。Jones认为通过恰当地结合两种投资技术，如使用卖空和财务杠杆，可以降低投资组合的总风险，以及可以构建一个保守的投资组合以减少市场系统风险的影响。Jones也有另外两个主要的想法：为满足投资者的需求，他把所有积蓄都投资到他所管理的基金里，从而他的收益都是通过分享基金中20%的利润获得的，而不是来源于管理资产的固定比例费用。这种方法使得基金管理者以及投资者的利益尽可能地结合起来。上面谈到的对冲基金的雏形只体现出今天的对冲基金很少一部分特性。现在对冲基金这个术语已经用来泛指各种不同的基金管理模式。
在1952年，Jones与其他经理实施了合伙制。他开始把一部分投资组合的管理权移交到其他经理手中，很快他又把挑选股票的任务分配给他们。Jones会在各个经理中分配资本，监督所有的投资活动以及管理公司的运营。历史上第一支对冲基金又成为了历史上第一支实施多重经理人模式的基金。琼斯基金在其独特的运作下取得了良好收益，1966年，琼斯基金的巨大收益率被曝光，在其示范作用下美国对冲基金开始快速发展起来。据SEC调查，截至1968年底成立的215家投资合伙公司中有140家是对冲基金。但一些基金经理发现通过卖空来对冲投资组合风险不仅难度大、耗时，且成本高昂。结果，许多基金越来越求助于高额头寸放大股票多头的战略，从而对冲基金开始向多种类别发展，所谓对冲，只是象征意义了。
2.缓慢发展时期
到了1969年，由于对冲基金数量的快速增长以及其管理的巨额资产，美国证券交易委员会（SEC）开始对繁荣的对冲基金行业进行监督。那时这个委员会估计市场上大约有200家对冲基金，管理着15亿美元的资产。首个对冲基金的基金是Leveraged Capital Holding，是Georges Karlweis于1969年在日内瓦创立的。Georges Karlweis当时任职于一家名叫Banque Privee Edmond de Rothschild的投资公司。Leveraged Capital Holding也是欧洲第一种对冲产品。在1971年，Grosvenor Partners成立了美国第一支基金的基金。在1973年，Permal Group建立了欧洲首个采取多重经理制度和多重投资策略的基金的基金（FOF），起名为Haussmann Holding N.V。当时授予建立这个投资团队任务的两个人分别是Jean Perret和Steve Mallory，所以叫Permal。
1970年的经济危机导致对冲基金大量倒闭。SEC在1968年底调查的28家最大的对冲基金，至70年代末其管理的资产减少了70%（由于亏损和撤资），其中有5家关门大吉，规模较小的基金情况则更糟，从1974—1985年，对冲基金重新以相对秘密的姿态进行运作。
3.高峰时期
随着金融管制放松后金融创新工具的大量出现，特别是20世纪90年代，经济和金融全球化趋势的加剧，对冲基金迎来了大发展，开始在全球金融市场上叱咤风云。1969年，索罗斯建立了Double Eagle对冲基金，这就是更为著名的量子基金的始祖。1980年，Julian Robertson和Thorpe McKenzie建立了老虎管理公司（Tiger Management Corporation），并以初始资本880万美元成立了老虎对冲基金。在1983年，Gilbert de Botton建立了Global Asset Management（GAM），专门从事于对冲基金的基金管理。
这家公司后来在1999年被UBS AG收购了，截止到2004年底，它已经拥有了380亿美元的管理资产。在20世纪90年代初，Soros，Robertson和Steinhardt 管理着价值70亿美元的宏观基金，并着力于预测宏观经济走势来投资全世界的股票、债券、货币以及大宗商品。
在1992年，在索罗斯的量子基金通过准确预测英镑和里拉的贬值来获得巨大的收益后，这种另类投资工具开始引起媒体和金融界的关注。20世纪90年代初是对冲基金的鼎盛时期。索罗斯在1992年9月通过在欧洲货币系统大量抛售英镑和里拉赚取了高达20亿美元的惊人利润。1992年，量子基金战胜英格兰银行，迫使英镑退出欧洲货币体系。2000年，老虎基金宣布停业，标志着宏观对冲基金黄金时代的结束。
在1994年2月4日，美国联邦政府出人意料地第一次把三个月利率提高了1个百分点，引起了美国国库券价格大跌，并使市场出现短暂的流动性紧缩。市场和借贷的恐慌给Steinhardt Partners造成了灾难性的影响，使其在1994年遭受了31%的严重亏损。虽然在1995年Steinhardt Partners增长了26%，成功弥补了1994年的部分损失，但Steinhardt还是决定在这年的年底退休。1997年，对冲基金导致东南亚金融危机，对冲基金达到全盛时期。
4.持续发展时期
2002年后，欧洲和日本的对冲基金有了很大的发展，特别是伦敦发展迅速，仅排在纽约之后成为第二大对冲基金城市。新兴市场对冲基金也如雨后春笋般逐渐发展起来。2002—2010年全球对冲基金管理资产的分布，欧洲已占五分之一之多，亚洲和其他地区稳中有升。对冲基金呈持续快速发展态势，至2007年对冲基金管理规模达到2.15万亿美元，受2008年金融危机影响管理规模降至1.5万亿美元。随着经济波动和市场趋势逐渐明朗，对冲基金快速发展起来，至2011年4月规模又创新高，至2.25万亿美元，而数量也达到了12000支之多。
随着中国股指期货的推出，以及未来各种金融衍生品的大力发展，中国必将迎来自己的对冲基金时代。