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对冲基金主要业务单元是对冲基金产品本身，投资经理负责投资组合的设置与调整。对冲基金公司也是一个独立实体并拥有员工，运营管理一般外包给服务提供商，主要的服务提供商有机构经纪人、运营服务商等。典型的对冲基金运营结构如图2-1所示。
图2-1 典型对冲基金运营结构
（1）机构经纪人：机构经纪提供包括融资、融券、充当衍生品合约的对手方、执行交易、清算和结算等服务。许多机构经纪人提供监管服务。机构经纪人主要收入来自对冲基金的融资和融券，机构经纪人一般由大型投资银行充当。
（2）基金运营管理人：主要负责基金发行和执行后台服务功能，如财务、售后服务和风险分析等。虽然在金融危机后这些服务有所减少且部分功能被基金经理担当，但基金经理兼职这些后台业务则给持有人带来了利益冲突，所以一般要第三方承担。
（3）托管人：对冲基金一般有托管人，托管现金和股票并收取一定的托管费，这个主要由商业银行担任。