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完成单片机系统仿真电路图设计后，为运行由C程序编译生成的HEX程序文件，需要将HEX程序文件绑定到PIC单片机。其操作步骤为：双击Proteus仿真电路中的PIC单片机，打开单片机属性窗口（也可以先在单片机上单击右键，再单击左键，或者选中单片机后按下CTRL+E键），然后在“Program File”项中选择对应的HEX，确认后单击PROEUS的窗口底端的“RUN”按钮即可启动运行。
对于需要为外围芯片绑定映象文件（Image file）的案例，例如第5章综合设计中“基于PIC18+Microchip TCP／IP协议栈的HTTP服务器应用”等，可打开相应芯片的属性窗口，在“Image file”中选择对应的BIN文件，BIN文件的创建方法将在相关案例中讨论。
在仿真电路和程序都没有问题时，单击Proteus主窗体下的“运行”（Play）按钮即可仿真运行PIC单片机系统，运行过程中可如同在硬件环境下一样与单片机交互。
观察单片机RAM、EEPROM内存数据、24C0X、温度寄存器、时钟芯片等内部数据时，可在案例运行时单击“单步”（Step）或“暂停”（Pasue）按钮，然后在“调试”（Debug）菜单中打开相应目标设备。
如果要观察仿真电路中某些位置的电压或波形等，可向电路中添加虚拟仪器（Virtual Instruments），例如直流电压表（DC voltmeter）、示波器（Oscilloscope）等，如果添加的虚拟仪器（如虚拟示波器）在系统运行时没有任何显示，可在“调试”菜单中将它打开。