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法院发现，1982年的《公约》第83条适用于邻国之间大陆架划分，该公约设立的目的在于追求“达到公平的解决问题”，然而，却跟它所使用的方法一样收效甚微。
法院认为，在目前情况下，专属经济区的制度和原则不应该被排斥在外，因为现代法律中，大陆架与专属经济区是紧密相连的。由于国家对其大陆架所享有的权利也包括任何专属经济区的海床和底土，这一有关情况在大陆架划界中应予考虑。这是属于该国的专属经济区法律允许的范围。出于法律和实际理由，距离标准必须同时适用于大陆架和专属经济区。因此，法院驳回了利比亚关于离海岸的距离与本案不相关的论点。
法院认为，即使属于自然界线，利比亚所提出的“塌陷区域”并不能在南向扩展的马耳他大陆架和北向扩展的利比亚大陆架之间构成根本的断裂分离。根据法律规定，国家有权对从其海岸基线量起直到200海里的大陆架提出权利主张，无论相关海床和底土是何种地理特征，在这一范围内，地质或地理特征将不起任何作用。
法院不能接受本案中必须使用等距离原则，即使作为划界的第一步，等距离线既不是唯一合适的也不是首先必须考虑的。法院指出，沿海国由于海岸距离对大陆架拥有权利，而不论插入的海床和底土的自然特征。但这并不一定意味着等距离是划界唯一适当的方法。在实际情况下，适用公平原则还应该采用另一方法或混合方法。法院认为实践中不存在这样一条规则，要求国家必须使用等距离原则或任何其他方法来划分大陆架。
法院驳回了利比亚所谓陆地构成一国对大陆架享有权利的法律理由，也不赞同马耳他的观点，法院认为划界不应受到当事国有关经济地位的影响。对于国防安全问题，法院指出，在目前的情形下，本案判决划分的界线离双方的海岸线都不会近到影响各自的国防安全。鉴于主权平等，法院驳回了马耳他的主张，并指出来自各主权国的海域地区拥有平等的司法权利，这与它们的海岸线长短无关。不过，法院亦认为如果沿海国对其大陆架依法自始享有平等的权利并不意味着公平，那么，海岸线的长度作为划分参考的依据并不能被排除在先验之外。
关于“比例原则的争议”，法院认为，依据法理，比例原则是众多被考虑到的因素中的一种，其从未在“国际法关于划界的原则和规定”中被使用过。
法院认为，在综合所有因素的情况下得到更公平的方式之前，在马耳他和利比亚之间划一条中间线是目前看来最为明智的方法。如果想要满足所有的因素条件，这种方式还需要调整和修订。
然后，法院开始对等距离线进行调整。从相关情况考虑出发，鉴于两国海岸线悬殊较大，法院作出有利于利比亚的调整。
法院还发现，划界线更靠近马耳他海岸线是有必要的。中间线由西向东分开海岸线相对的两国，法院将其向北推移进行调整，并对其北移的距离进行了限制。法院认为，利比亚与马耳他的中间线应该位于利比亚与西西里分界线的南部区域，并决定将中间线调整至穿过北纬18°。
在剩下的部分，法院引用了北海大陆架案的判决“比例因素是否合理在于……沿海国大陆架的范围以及海岸线的长度”。在法院看来，比例原则的运用是无须验证的，无论是相邻还是相对的当事国，在突尼斯和利比亚案中也或多或少得到运用，即“相关海岸”和“相关区域”的确定，用数学方法估算出海岸线的长度和争议地区大陆架的面积后对这些数据进行比较得出的结论。
最后，法院得出结论，没有证据表明用比例因素所决定的中间线造成了双方不公平的结果，也就不能说明本案中运用比例因素作为平衡利益的方法是不恰当的。
1985年6月3日，法院作出判决，以14票对3票裁定“当事国海岸间大陆架区域由本判决限定于以下范围，即子午线东经13°50′和子午线东经15°10′”。
1.根据适用的国际法原则和规定，为实现大阿拉伯利比亚人民社会主义民众国与马耳他共和国大陆架的公平划分，作出如下判决：
（1）划界应按照公平原则并考虑一切有关情况，以便达到公平结果；
（2）属于任何一方的大陆架区域不得超过以有关当事国200海里的距离，划界标准不能来自自然意义上的自然延伸原则。
2.本案在取得公平划界时应考虑的情况和因素如下：
（1）当事国海岸的一般构造及其相对性，以及两国海岸在一般地理意义上的相互联系；
（2）当事国有关海岸的长度悬殊以及它们之间距离的不同；
（3）在划界中需要避免属于沿海国的大陆架区域范围和以海岸线一般方向测算的海岸有关部分的长度之间任何过分的不合比例。
3.因此，公平结果可由以下划界达到，即在划界的第一阶段，划出各点同马耳他有关海岸（包括费尔费拉的岛屿）低潮标以及利比亚有关海岸低潮标距离相等的中间线。这条初步划线可根据上述情况和因素加以调整。
4.中间线的调整应该是，调换该线向北穿过18′纬线（从而，它与东经15°10′子午线相交于北纬34°30′）。这条交换过的线构成分属于马耳他和利比亚大陆架区域之间的划界线。
El-Khani法官在法院的判决中投了赞同票。但是，他认为，在考虑到当事国双方海岸线长度的特殊情况下，根据比例原则，中间线应当更往北一些才合理。
法官Ruda，Bedjaoui以及Jiménez de Aréchaga大体上对法庭的判决表示认可，只是针对个别的一些问题，他们提出了自己的言论。首先，该判决忽略了马耳他基于其海岸线辐射原则的请求，基于这一原则，将有一个梯形区域延伸到利比亚普兰尼加地区的班加西。三位法官表示，法庭应当基于这个争点进行阐述，并且不要对超出裁判职权范围地区的事物进行裁决。其次，三位法官认为有必要解决马耳他提出的一个观点：“如果马耳他不存在的话，利比亚将无权对超出其海岸线与意大利海岸线的等距离提出大陆架延伸的请求，这样的话，马耳他的存在是不是在事实上给了利比亚往北推进该界限的机会？”基于以上两点观察，三位法官根据以下四个概念对该案例进行了分析。
（1）梯形的成因；
（2）利比亚和意大利的假想界限；
（3）海岸线长度的比较；
（4）比例原则的实际应用。
Sette-Camara认为法庭的判决是公正的，然而他对法庭的论证过程提出了自己的一些保留意见。Sette-Camara法官强调了相关海岸线定义的重要性，因为该判决将海岸线的长短作为一个重要的考量因素并因此要求对等距离界限进行修正。接下来，他阐述了等距离这个概念是划界的一个强有力的工具。Sette-Camara法官试图对该判决进行一些补充，将大陆架概念的发展历史进行了阐述，借此以便于说明法庭的一些重要的贡献，这是以近些年来条约法领域的一些重要发展为基础的。他批评了判决附注里所提到的专属经济区，并且认为这对说理无用。同时，他还批评了比例原则经常被用于凭经验去评判最终结果的好坏。
Mbaye法官在他的独立观点中提出了两点主要的言论。第一，对于法庭裁决当中提到的两种由习惯法发展出来的关于自然延伸概念的方法。他认为，《公约》第76条的自然延伸原则是一个纯粹法律意义上的概念，在实际操作当中，自然延伸原则在大陆边缘以外的空间当中不断具象化。第二，Mbaye法官表示他不认可法庭关于双方“海岸之间合理距离”的判决。反之，他认为，由法院主导的临时界定双方海岸线之间的距离不能导致中间线的修正。
Valticos法官对判决表示认可，但是同时提出了对法庭推理以及裁决的一些保留意见。Valticos法官认可第三方利益的考量以及地质地貌学特征的角色，与此同时，他也有一些不同的意见：
（1）“中间线”的标准。他认为，有一系列理由支持中间线作为划界的标准界限，这些理由不仅仅应当是临时性的，也应当是具有终局意义的。
（2）“比例”因素，以及海岸线长度的不同情形。他认为，鉴于本案当中并没有涉及相邻的海岸性以及异常的结构，应当摒弃比例原则的适用。另外，比例原则在某种程度上也难以达到精确的目的。
（3）海岸线间的距离。
（4）一些其他“相关因素”。Valticos提出了另外两项本案诉讼相关的因素：经济因素与安全。
（5）划界的领域。
Mosler法官在他的不同意见当中认为法庭应当对双方争议地区进行地理意义上的界定。他认为地中海哪些区域是属于双方的争讼领域是有待确定的，这个问题应当通过对双方海岸线的地理位置关系进行评估。他还认为，由于意大利的干预，法庭的裁决并没有能够很好地处理意大利的请求，也就没有能够一劳永逸地解决利比亚和马耳他在整个区域的地理关系问题。
Mosler法官认可裁决中的界定方法：中间线的界定是一种常规的实现公平结果的手段，不仅仅在界定的步骤当中，同时也推动达成了最终结果，除了那些需要考量特殊因素的情形。然而，他认为法庭偏离中间线向北18度并没有一个十分强有力的推理。他的观点是，对特殊的地理环境的处理（比较相关海域的海岸线长度以及小马耳他岛国在地中海中的特殊位置）并不应当以纯数学的计算为基础，而应当建立在公平公正的理念基础上。
Oda法官认为，法庭没有跟随近年来海洋法领域的发展，并且有在案件当中主观臆断公平原则的趋势。他发现，该裁决限定其任务到了一个很窄的区间范围内，仅仅是为了避免影响到第三国，而这一原则在司法领域并没有规定。更进一步而言，裁决适用比例原则去处理界限问题是自相矛盾的。调整两国之间的中间线往北在Oda法官看来也是毫无理由可言。法庭言明其仅仅将两国的中间线作为一个初步的界定标准，最终的界限是往北偏移18度的做法完全抛弃了等距离的概念。因此，最终的划界不能作为一个合适的划分。实际上，法庭的做法将一国的领域作为一个影响界限的特殊因素，从而不顾第三国的影响。为了阐明他的不同意见，他分析了先前的一些案例包括突尼斯与利比亚的大陆架争端、缅因州海湾案以及最早提出了比例原则的北海大陆架案。Oda法官认为，1958年《大陆架公约》当中提出的“等距离—特殊因素”原则仍然是国际法的一部分，并且，在没有其他更好的替代等距离划界的方法出现的情况下，特殊因素的角色应当作调整划界的基础，以免造成不良的后果。
Schwebel法官对于判决有两点不同意见。他认为，由于意大利的介入，最终的界限被过度地缩短了。法庭接受了意大利的请求“意大利有权力涉足的地方其他国家无权插手”。他认为法庭拒绝意大利介入的做法是错误的。他的观点是，法庭所划的界限并不是根据中间线而是对其进行的修正，这是对法律法则以及公平观念的不恰当运用。Schwebel法官也不认可法官对“相关因素”原则的应用（海岸线长度的不同；海岸线距离的不同；决定中间线基点的多少；总体地理环境）合理推出结论的观点。他认为，这些相关环境因素并没有提及，在习惯法、司法裁决、实际操作当中的权力都没有得到体现。