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《公约》第293条规定了海洋法法庭的法律适用：“1.根据本节具有管辖权的法院或法庭应适用本公约和其他与本公约不相抵触的国际法规则。2.如经当事各方同意，第1款并不妨害根据本节具有管辖权的法院或法庭按照公允和善良的原则对一项案件作出裁判的权力。”《国际海洋法法庭规约》第23条中规定：“法庭应按照第293条裁判一切争端和申请。”
需要注意的是，由《公约》第287条规定可知，国际海洋法法庭与国际法院是解决海洋争端的并列机构。这两个机构在解决海洋争端时应适用一致的法律，才能保证国际法律规范的完整性和统一性。
其他与本公约不相抵触的国际法规则，可以从国际条约、习惯、一般法律原则、判例和国际组织的文件中得到证明。这项规定是由《公约》产生的政治背景决定的。由于各国在领土主权、历史性权利等方面存在较大分歧，因此，公约中对于一些事项没有明确的规定，而以较为原则性的规定取代，因此需要辅之以一般国际法规则。此外，从法庭的管辖范围来看，将管辖权授予国际海洋法法庭的任何其他协定（《公约》以外的协定），国际海洋法法庭具有管辖权；现行有效的条约或公约，如果与《公约》的主题事项有关，经所有缔约国的同意，则有关该条约或公约的解释或适用的任何争端，也可提交国际海洋法法庭。这就使得在上述领域的裁判中，法律适用范围必然要超过《公约》本身的条款。
公允和善良原则体现了人类的共同道德理想。在这项原则的运用中，需要注意，必须经当事各方同意，且同意必须以明示方式作出。
《国际海洋法法庭规约》第38条中规定：“除第293条的规定以外，分庭应：
（a）适用按照本公约制订的管理局规则、规章和程序；和
（b）对有关‘区域’内活动的合同的事项，适用这种合同的条款。”