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医疗保险组织机构是指在医疗保险工作中，具体负责承办医疗保险费用的筹集、管理和支付等医疗保险业务的机构，即医疗保险系统中的保险方。
医疗保险组织机构在医疗保险系统中处于主导地位，主要体现在：
在医疗保险系统中，医疗保险组织机构负责资金的筹集、管理和支付，是资金流动的控制者。比较各国社会保障基金的管理机构，大体上可以分为两类：一类是通过各自国家的政府资金管理系统对社会保障基金进行财务管理；另一类是社会保障机构拥有自己的资金管理系统。前者的典型代表是美国，该国征收的社会保障税收收入先存放于全国各地商业银行的联邦财政部门的账户中，然后转入中央银行中财政部的主要经常账户中。所有的社会保障资金管理和投资活动均由财政部部长统一控制和管理。后者的典型代表是德国，该国的各基金管理委员会负责管理所收取的税金及需要支付的福利费。
医疗保险组织机构对医疗服务的供需双方进行监督和管理，既要保证基本医疗，满足参保人的基本医疗服务的需求，也要对医疗保险资金的使用进行合理的规划和控制，尽可能减少违规行为的发生，保证医疗保险系统正常运转。
社会医疗保险组织机构在行政归属上是医疗保障部门所属的全民事业性机构，在业务上依据政府颁发的医疗保险法律、法规开展各项医疗保险活动。在我国，它们可以看作一种事业机构。医疗保险本身是一种社会经济活动，所以又带有经济性质，但它的运营又不同于一般的商业保险公司。医疗保险组织机构经办的医疗保险定位在社会医疗保险，不同于商业保险的营利性要讲求经济效益，社会医疗保险不以营利为目的，但在它的运营过程中也会产生节余，这种节余被限制在很小的范围内（如 5%~15%），并且节余部分要投入医疗保险其他活动中，增强基金的实力。
由于医疗保险作为一种强制实行的社会保险，医疗保险组织机构就成了国家法规的一种执行机构，代理落实国家有关医疗保险的法规。因此，医疗保险组织机构不可能像商业保险公司那样有真正意义上的独立自主经营权，表现在经营策略、经营方法、规章制度等方面的自主权都是有限的。从性质上看，医疗保险组织机构是具有一定的独立自主经营权的非营利性医疗保险经办机构。
这类医疗保险组织机构的运行，主要是保证政府保险政策目标的落实，基本上按照政府的有关计划和规定行事，没有独立经营的余地，可以看作政府的派出机构。经营的好坏主要由行政管理水平的高低决定。这在各国的医疗保险组织机构中占少数，如加拿大的医疗保险组织机构。
这类医疗保险组织机构总体上按照国家有关医疗保险的法规办事，接受国家的监督，但在经营上基本独立，有经营决策权，对经营对象有选择权，自负盈亏，可以发展，也可以倒闭。商业性的医疗保险组织机构可以划在这一类。美国的医疗保险组织机构是这一类型的典型代表。
这在各国的医疗保险组织机构中占大多数。一方面，它要接受政府的统一规划；另一方面，也有相对的经营自主权，表现在保险范围、保险费率和经营方式方面有一定的自行决策权。居民可以自行选择医疗保险组织机构，医疗保险组织机构之间也存在着竞争。这类医疗保险组织机构既能保持社会公益性，又能体现公平和效率，是一种较合理的形式。
医疗保险组织机构是医疗保险的直接实行部门，最了解情况，掌握第一手信息。因此，当国家要制定有关医疗保险的法规政策时，需要医疗保险组织机构的参与，甚至是首先由医疗保险组织机构拿出方案。当国家和地区的总体方案确定后，还需要根据所在地的实际情况进行调整和补充，制订具体的实施计划，这是一种更直接的参与。如 1994 年国务院确定“两江”试点后，镇江市和九江市医疗保险制度改革积累的经验及遇到的问题就成为下一阶段调整和完善医疗保险制度改革的借鉴。
医疗保险组织机构要组织符合条件的劳动者积极参加医疗保险，对相关指标要进行预算和测算，对医疗保险市场还要进行调查研究等。
医疗保险组织机构一般不直接提供医疗服务，但是有责任组织提供医疗服务。医疗保险组织机构要对医疗服务提供者进行选择，选择既能满足参保人基本医疗服务需求、保证医疗服务质量，医疗服务的价格又相对合理的医疗服务提供者。另外还要对基本医疗的服务范围进行选择和界定，也要组织一些直接卫生服务，如疾病的预防、健康体检、健康教育和健康促进等。
随着医疗技术的发展，对同一种疾病的治疗有越来越多的治疗方案，它们费用的差别也越来越大。所以迫切需要通过技术经济分析方法测算出合理诊断、合理治疗、合理用药的费用，在众多的治疗方案中，选择适当的治疗方案，作为医疗保险组织机构费用偿付的依据。在医疗保险系统中采取的是第三方付费方式，所以医疗保险组织机构日常工作量最大的基本工作就是对被保险人发生的医疗费用进行审核，采取合适的费用支付方式对医疗服务提供者进行费用补偿。
医疗保险活动中信息不对称的现象是普遍存在的，参与人的行动将直接影响损失概率。在医疗保险中，参与人包括保险人、投保人和医疗服务机构。在医疗保险运行过程中，各种违反法规、制度的行为，即所谓的“道德风险”是不可避免的。在医疗服务中存在着严重的信息不对称，包括保险机构和投保人信息不对称，由此产生投保人因为医疗保险而过度使用医疗服务的道德风险，以及高风险人群倾向于选择保险和多保险，而低风险人群可能不保险的逆向选择问题；还包括医生和患者之间的信息不对称，医生对疾病和治疗过程比患者掌握更多的信息，很容易导致医生从自己的利益而不是从患者利益出发诱导需求。因此，医疗保险组织机构对医疗服务提供方的服务范围、种类、价格、水平等要进行监控，对被保险人主要是防止违反医疗保险规定的行为进行监控。
在社会医疗保险组织机构执行政策过程中，应合理赋予医疗保险组织机构相应的权限。比如，在医疗服务的价格制定上，加强医疗保险方的参与权，代表参保人群与医疗机构谈判服务价格，可以避免医保机构在控制医疗费用支付方面的被动状态。对于违规定点医疗机构的处理，医疗保险组织机构应加大处罚力度。医疗保险组织机构代表政府执行政策，在政策执行过程中要能够达到应有的效果，需要合理赋予其相应的权限，配备具有专业知识的人员，使之更好地发挥作用，有效地保障患者的利益。
医疗保险基金是广大参保人的“保命钱”，由于国家经济发展水平的制约，社会基本医疗保险只能是“广覆盖，保基本”，是否具有有效健全的基金管理、监督机制是医疗保险制度改革能否顺利运行并取得成功的关键。如何管好、用好医疗保险基金，应该把好三关：医疗保险基金收入关，医疗保险基金支付关，基金保值增值关。要使基金保值增值必须立法放宽投资方式，其中，通过对医疗卫生事业的投入来取得收益的方法是较为安全有效的方法，同时，可以引导卫生资源合理配置，促进卫生事业的发展，收到双赢的效果。
根据保险理论中的大数法则，当保险组织机构承保的人数越多，其抵御风险的能力就越强，若被保险人数不能达到一定的规模时，保险组织机构就会面临亏损甚至倒闭的风险，所以保险理论中要求集中的风险单位要足够大。因此，医疗保险组织机构的设置必须考虑被保险人数的问题。在设置医疗保险组织机构时，通常有这样几种情况：
（1）以地区为单位设置医疗保险组织机构，即以一个行政区域中所有人群（或大部分人群）作为保险对象设置医疗保险组织机构。一般在采取计划型医疗保险方案的情况下多采用这种方式，我国目前的城镇职工基本医疗保险制度就是按照这种方式设置的。
（2）以行业为单位设置医疗保险组织机构，即以一个行业的职工（也可包括职工家属）为对象设置医疗保险组织机构，在行业内进行统筹管理。这种形式多出现在自发产生医疗保险的地方，或国家还缺乏统一的医疗保险政策的情况下。
（3）倾向市场需求设置医疗保险组织机构。这种形式多见于医疗保险起源于民间的国家，如德国、荷兰和美国等。在这种情况下，医疗保险组织机构的设置还是以地区为基础，但被保险人群并不一定仅限于本地区人群，医疗保险组织机构的发展不受行政区域划分的限制，而是根据市场需求自行调整，地区内与地区间的保险组织机构都存在竞争关系。
医疗保险组织机构并不是一个个单独的组织，必须形成组织系统才能承担参保人群的医疗保险任务。一个统筹区域的医疗保险组织机构，按照覆盖人群的多少，规模可大可小。大的医疗保险组织机构可以由一个总部和若干个分支机构构成，每个分支机构负责一个特定区域和人群的医疗保险业务。
各个统筹区域医疗保险组织机构在一个更大的范围内，比如一个市、一个省内形成一个联合机构，可以称为医疗保险中心，其作用是统筹协调各地的医疗保险业务，实现医疗保险基金的地区间调剂，提高基金的抗风险能力。
在医疗保险的联合机构之上，通常还有政府有关部门的管理和调控，这样就形成了医疗保险组织机构的组织网络（见图 2-5）。
图 2-5 医疗保险组织机构的组织网络
表 2-1 国家医疗保障局机构设置
（续上表）
表 2-2 省级机构设置
表 2-3 省以下机构设置
【资料来源：根据《中国医疗保险》《经济参考报》《E药经理人》等文献整理。】