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随着中国加入世界贸易组织，相关产业国际竞争不断加剧，中国国有企业大而不强的问题在国际市场竞争中凸显出来，企业治理结构改革迫在眉睫，社会主义市场经济需要进一步规范，建设符合社会主义市场经济发展要求的现代公司治理结构成为趋势。为适应建立起的现代企业制度，国家在企业内部推进公司治理改革
，一是通过市场化手段对企业进行重组改革，围绕企业主营业务，重点进行横向联合重组、专业化重组以及产业价值链重组，实现主营业务相同的企业强强联合；二是为了解决央企内部存在的政企不分等问题，重点推行现代公司治理制度，建立健全现代法人治理结构，健全董事会、监事会和经营层，进一步把所有权与经营权分开；三是完善层级制治理，随着央企改革重组的进行，企业与政府、企业与企业间的利益出现冲突，通过层级制指导，政府、企业分层级管理，政府制定行政指令和行业规定，持续推进公司治理改革，并取得了显著的成果。
党的十六大于2002年11月召开并宣告中国初步建立了社会主义市场经济体制，但框架在发育阶段，距离健全还有一段路要走。《中共中央关于完善社会主义市场经济体制若干问题的决定》在次年召开的党的十六届三中全会上审议通过，代表中国经济体制改革进入社会主义市场经济体制的新时期。
现代公司治理理论得到长足发展，公司治理制度不断完善，国有企业在整个国民经济的地位和重要性不断提升，具备较强的市场竞争力。这一阶段中国企业的突出特点是，企业的体量大数量多，但是在全球范围内，行业领军企业少，世界500强企业数量少，在国际竞争中的一个突出现象和问题就是“大而不强”。这种情况下，通过市场化推进企业的业务升级，通过层级制推动国有企业战略重组，推动了社会主义市场经济体制不断完善。
2003年3月，第十届全国人民代表大会第一次会议表决通过设立了国务院直属机构国有资产监督管理委员会，代表国家履行出资人职责，196家中央企业划归国资委直属管理，同时启动兼并重组，迈出央企改革的步伐。2004年6月发布的《关于中央企业建立和完善国有独资公司董事会试点工作的通知》，确定了第一批公司化制度试点企业，正式在中央企业开展董事会试点工作，包括分离企业办社会职能、清产核资以及关于改制和产权管理的监督和规范等。2005年4月发布的《国务院关于深化经济体制改革的意见》强调，当前的工作重点之一是建立健全国有大型公司董事会，健全法人治理结构、独立董事
和派出监事会制度。2005年10月，中央企业董事会试点工作正式启动，标志性事件是中央大型企业宝钢集团董事会成立，之后董事会开始在全国范围内不断推广。
公司治理的核心是董事会，董事会既享有部分股东会的职权，也享有一般公司董事会的职权，监事会监督公司日常管理，公司经营管理者是经营层。此次改革一方面兼并整合，另一方面加强中央企业规范董事会建设，重点完善“三会一层”制度
，标志性事件是增加了10家开展建设规范董事会的中央企业，整体速度放缓，严把质量关，把质量放在数量前面，严格遵守“数量服从质量，成熟一家，重组一家”的改革目标，重心放在构建合理的董事会成员结构，加强董事会制度建设，发挥党委的重要作用，大力推行外部董事制度，同时注重职工董事和监事会的作用。在这种大背景下，央企的数量从123家重组减少至112家，实现了质量提高、速度放缓的目标。
同时，在市场的推动下，中国民营企业以其灵活性和富于创新的企业家精神在数量和质量上取得了长足的进步，促生了一大批大型企业，呈现多元化、平台化、股份制态势，进一步丰富了中国的公司治理结构，加快完善了社会主义市场经济体制。