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对于制度产生和发展的逻辑，社会科学家们有不同的看法。有些人倾向于认为制度有自己独立的规律，是逐渐形成和自我演进的，不以人的意志为转移；有些人倾向于认为制度是行动者设计的，具有高度的可塑性；还有些人的观点则处于二者之间。这其实反映的是制度与行动者之间的关系，或者说是结构与行动者之间的关系。马克思主义告诉我们，制度与行动者之间是矛盾的辩证统一关系，制度影响主体的行为选择，而主体行为反过来又影响制度。延伸来看，制度既有相对独立性和演进性，又受到行动者主观设计的影响。反映在《决定》中，就是历史逻辑、理论逻辑、实践逻辑的高度统一。为什么要坚持中国特色社会主义？为什么它的十三个坚持是我们的显著优势？这是因为它们是历史选择的产物，符合马克思主义科学原理，是党和人民群众在实践中探索的成果。
制度建设首先要符合历史逻辑。制度具有路径依赖性，一旦制度进入某一路径，就受到报酬递增和自我强化的正反馈影响。一方面，中国特色社会主义制度是历史选择的产物，是中国社会历史长期演进和深层结构变革的结果。它根植于中国大地，符合中国深厚的文化传统；它也根植于我们党90多年长期奋斗的历史经验，特别是改革开放40多年来的经验。2014年，习近平在省部级主要领导干部学习贯彻十八届三中全会精神全面深化改革专题研讨班上指出：“我国今天的国家治理体系，是在我国历史传承、文化传统、经济社会发展的基础上长期发展、渐进改进、内生性演化的结果。”另一方面，历史选择的结果是未来发展的起点，也深刻影响着未来发展的方向和路径。不知道我们从哪里来，就不能正确地判断我们应该往何处去。
制度建设仅仅依靠历史逻辑是不够的。制度主义研究告诉我们，历史选择不一定是最理想的，因为历史的选择受到权力、资源、认知、偶然因素等等的影响。路径依赖可能带来稳定性，但是也可能带来“锁定”和僵化。因此，制度建设要讲科学，还要注重理论逻辑，也就是要运用马克思主义国家学说及其相关的理论和方法。中国特色社会主义制度之所以具有显著优势，是我们党在历史探索中坚持马克思主义中国化的结果，把马克思主义基本原理同中国具体实际相结合，把开拓正确道路、发展科学理论与建设有效制度相结合，用发展着的马克思主义指导国家制度建设，不断深化对党的执政规律、社会主义建设规律、人类社会发展规律的认识，使我国国家制度既体现民族特色和时代特色，又体现科学社会主义的基本原则。
演进逻辑和设计逻辑的结合，或者说历史逻辑和理论逻辑的结合，体现为实践逻辑。理论逻辑是发展着的马克思主义，不是教条的马克思主义，是在实践中不断丰富的结果。实践是检验真理的唯一标准。中国特色社会主义制度是党领导人民进行社会主义建设、改革的伟大成就，一方面是在马克思主义基本原理的指导下，另一方面是历尽千辛万苦经过种种探索，经受了实践检验，彰显了实践伟力，是在实践中不断发展完善的。实践是在理论指导下进行的，并反过来检验、丰富和发展理论。
制度发展的实践逻辑也可以理解为人民逻辑。实践是广大人民群众的实践，人民群众是历史的创造者。党的历史和马克思主义基本原理，都要求制度建设要始终代表最广大人民的根本利益，保证人民当家作主，维护人民合法权益。人民性也是我国国家制度的本质属性。我国国家制度建设要以人民为中心，始终着眼于实现好、维护好、发展好最广大人民的根本利益，着力保障和改善民生，使改革发展成果更多更公平惠及全体人民，避免出现利益集团偏私和政治“精英”操控等现象。