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在“三定”制度中，定职能、定机构和定编制三者紧密联系，职能需要体制和机构来支撑，这是职能的组织保障。这使得在政府治理中，我们需要关注治理主体，讨论职能由哪一个部门来实施，探索政府组织结构和关系模式在职能履行中的角色。事实上，对于治理主体而言，当前面临的一个主要挑战是公共事务和职能越来越复杂、多样和动态，而组织结构是固定的，如何让固定的组织结构来适应动态职能变化的挑战，成为政府治理的难题。以环境保护为例，它涉及不同政府部门，多个政府部门需要协调各自职能共同应对环境挑战。对于政府治理的主体及其改革，《决定》提出了三个方面的内容，即完善国家行政体制、优化政府组织结构、健全充分发挥中央和地方两个积极性体制机制，这三个方面的内容都是明确职责的实施主体以及主体之间关系。
完善国家行政体制，其核心是解决政府内部的职能分工问题，让不同部门各司其职，通过分工、协调、专业化和整合形成合力。在行政体制的具体构成中，《决定》指出：“以推进国家机构职能优化协同高效为着力点，优化行政决策、行政执行、行政组织、行政监督体制。健全部门协调配合机制，防止政出多门、政策效应相互抵消。”由此可见，行政体制是行政职能与行政主体相结合的制度化模式，它重点讨论什么样的职能应该由哪些部门来承担，不同行政主体应该如何实现有效协同和配合，什么样的行政体制最有利于行政职责的完成和实施。不同的分工和合作模式，会形成不同的行政体制。例如，当政府职能很简单时，行政体制就不需要各个部门之间配合，而当政府职能越来越复杂时，就需要处理部门之间关系，此时，就需要新的行政体制来应对问题。
中国行政体制主要由行政决策、行政执行、行政组织、行政监督、行政协作等五个部分构成。行政决策体制是对决策职能的行使，它是对战略重点、政策方向、资源配置等问题的选择。以一个城市的行政决策为例，城市的发展战略就成为重要的行政决策问题。行政执行体制则是对决策的实施，它强调将决策和战略转化为行动，没有执行任何决策就没有意义。因此，古人很早就认识到徒法不足以自行，需要通过执行来保证法律的实施。行政执行集中表现为行政执法问题，这也是党的十九届四中全会改革的重点。《决定》指出：“深化行政执法体制改革，最大限度减少不必要的行政执法事项。进一步整合行政执法队伍，继续探索实行跨领域跨部门综合执法，推动执法重心下移，提高行政执法能力水平。落实行政执法责任制和责任追究制度。创新行政管理和服务方式，加快推进全国一体化政务服务平台建设，健全强有力的行政执行系统，提高政府执行力和公信力。”行政组织体制是行政体制的另外一个重要内容，它涉及由哪些部门来承担具体职责，并且按照什么样模式来运行。行政监督体制主要启动监督和反馈作用，它既是对行政执行的监测，也是行政决策发挥作用的有效保障。行政协作体制在现代社会的重要性越来越突出，它要求不同政府部门之间合作行动，以共同应对复杂社会的挑战。
对于组织结构的改革，成为《决定》关注的重要内容，它也是行政体制的一部分。由于组织是行政体制的载体，这使得它在行政体制中具有尤其重要的位置。任何行政决策、行政执行、行政监督都需要依靠组织载体来完成，而组织自身也需要运转。这使得行政组织需要处理两个核心问题：一是自身的有效运行，二是实现决策、执行和监督等功能。针对如何对组织结构进行改革，《决定》指出：“推进机构、职能、权限、程序、责任法定化，使政府机构设置更加科学、职能更加优化、权责更加协同。严格机构编制管理，统筹利用行政管理资源，节约行政成本。优化行政区划设置，提高中心城市和城市群综合承载和资源优化配置能力，实行扁平化管理，形成高效率组织体系。”由此可见，机构、职能、权限、程序和责任法定化是组织结构改革的重点，也是对“三定”制度的扩展。当前的“权力清单”“责任清单”主要是针对组织结构的规范性而言的，更是组织结构需要改革的方向。此外，组织结构需要与城市相结合，讨论城市的组织结构问题，这主要是由于城市化成为当前中国的一个主要现实。
中央与地方关系，既是行政体制的重要内容，又是组织结构改革的另一个重要话题，它涉及处理不同层级政府部门之间的关系。为此，《决定》针对健全充分发挥中央和地方两个积极性的体制机制进行了专门论述，它指出：“理顺中央和地方权责关系，加强中央宏观事务管理，维护国家法制统一、政令统一、市场统一。适当加强中央在知识产权保护、养老保险、跨区域生态环境保护等方面事权，减少并规范中央和地方共同事权。赋予地方更多自主权，支持地方创造性开展工作。按照权责一致原则，规范垂直管理体制和地方分级管理体制。优化政府间事权和财权划分，建立权责清晰、财力协调、区域均衡的中央和地方财政关系，形成稳定的各级政府事权、支出责任和财力相适应的制度。构建从中央到地方权责清晰、运行顺畅、充满活力的工作体系。”从这一论述看，《决定》对中央与地方的事权、财权和责任进行了划分，其核心是让中央与地方各司其职，共同实现政府治理。