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制度建设的运行逻辑是制度制定和制度执行并重。制度的生命力在于执行。制度怎样才能有效运转？怎样才能实现其治理效能？这取决于两方面的因素，一是制度的质量，二是制度的执行力。其中，制度质量的一个重要标准就是简便易行，也就是可执行度的高低。有些制度是象征性的，只是对一些治理问题的象征性反应，并没有考虑实际执行。有些制度不是象征性的，但是对实际问题把握不准，对制度对象的博弈预见不足，对制度的连锁反应判断不够，其运行也会不畅。同时，制度不可能预见所有的情况，要求我们在制度运行的过程中不断进行调试和完善，这也说明制度制定和制度执行不是绝对的阶段性的过程，而是需要同步考虑。
《决定》特别强调了制度执行能力。制度执行能力的强弱决定制度效果的高低，直接影响制度优势能否转化为治理效能。提升制度执行能力，是推进国家治理体系和治理能力现代化的必然要求。制度执行力要求制度执行的主体要有制度意识和执行能力。在制度意识方面，《决定》提出：“各级党委和政府以及各级领导干部要切实强化制度意识，带头维护制度权威，做制度执行的表率，带动全党全社会自觉尊崇制度、严格执行制度、坚决维护制度。”制度意识的重要方面是制度面前人人平等，这是制度有效执行的内在要求。习近平总书记强调，“制度一经形成，就要严格遵守，坚持制度面前人人平等、执行制度没有例外，坚决维护制度的严肃性和权威性”。
在制度执行能力方面，《决定》也提出了具体的要求。一是把提高治理能力作为新时代干部队伍建设的重大任务，把制度执行力和治理能力作为干部选拔任用、考核评价的重要依据。二是要抓住领导干部这个关键少数。习近平总书记要求：“越是领导干部，越是主要领导干部，越要自觉维护法规制度的严肃性和权威性。”领导干部要以身作则、以上率下，带头遵守制度，严格执行制度。三是促进各级领导干部增强九个本领：学习本领、政治领导本领、改革创新本领、科学发展本领、依法执政本领、群众工作本领、狠抓落实本领、驾驭风险本领、斗争本领。提高这些本领的路径包括加强思想淬炼、政治历练、实践锻炼和专业训练。
此外，要用制度来保障制度执行力。制度执行力不仅仅是执行主体个人的意识和能力问题，国家治理的制度逻辑意味着要靠制度来保障制度的执行。一是要靠制度来为制度执行提供必要的资源，包括预算、编制、信息、权威等等。二是要靠制定更具体的规则规范来保障宏观制度的细化落实，提高其可执行性。三是要靠监督机制来保障执行水平。《决定》提出：“健全权威高效的制度执行机制，加强对制度执行的监督，坚决杜绝做选择、搞变通、打折扣的现象。”同时，《决定》对加强各项制度的执行提出了具体要求，如“严格执行向党中央请示报告制度”“强化决策执行、评估、监督”“健全强有力的行政执行系统，提高政府执行力和公信力”等。四是要靠运行制约机制来保障制度执行的规范性。比如：在权力公开的制度方面，《决定》强调“坚持权责透明，推动用权公开，完善党务、政务、司法和各领域办事公开制度，建立权力运行可查询、可追溯的反馈机制”。在问责制度方面，《决定》强调“坚持权责统一，盯紧权力运行各个环节，完善发现问题、纠正偏差、精准问责有效机制”。