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制度建设的构成逻辑是全面发展、层次丰富、上下协调。中国特色社会主义是一个制度体系，应该从系统论的角度来理解它。这个制度体系明确了“五位一体”总体布局和“四个全面”战略布局，包括在经济、政治、文化、社会、生态文明等各个领域的制度建设，包括全面建成小康社会、全面深化改革、全面依法治国、全面从严治党的相关制度。习近平总书记在2013年党的十八届三中全会第二次全体会议上的讲话中强调，“不是推进一个领域改革，也不是推进几个领域改革，而是推进所有领域改革，就是从国家治理体系和治理能力的总体角度考虑的”。他在2014年省部级主要领导干部学习贯彻十八届三中全会精神全面深化改革专题研讨班上的讲话中指出，“这项工程极为宏大，必须是全面的系统的改革和改进，是各领域改革和改进的联动和集成，在国家治理体系和治理能力现代化上形成总体效应、取得总体效果”。坚持和完善中国特色社会主义制度是一项复杂的系统工程，零敲碎打调整不行，碎片化修补也不行，必须进行全面的系统的改革和改进。
同时，中国特色社会主义制度体系具有丰富的层次性，制度层次性的第一个意思是要求我们做好分层对接，通过根本制度、基本制度、重要制度的衔接和各领域具体制度的配套，使顶层设计精准落地，使制度效能充分发挥。制度层次性的第二个意思就是制度具有嵌入性，低一层的制度嵌入上一层的制度中，国家治理制度嵌入更广泛的作为制度的文化传统与社会结构中，地方层面的制度嵌入国家层面的制度中，等等，要求不同层次制度之间具有适配性。制度层次性的第三个意思是指制度的正式性与强制性程度不同，国家法律、政府规章、管理程序、非正式安排等，各有特点、各有其用，要统筹考虑。制度层次性的第四个意思是指制度涉及国家治理的目标、价值、结构、过程、工具、技术等等，包含各种要素。习近平总书记指出，“要弄清楚整体政策安排与某一具体政策的关系、系统政策链条与某一政策环节的关系、政策顶层设计与政策分层对接的关系、政策统一性与政策差异性的关系、长期性政策与阶段性政策的关系，既不能以局部代替整体、又不能以整体代替局部”。
制度有不同类型，其中一种是用以处理不同制度或者制度要素之间的冲突，是一种元规则。虽然我们说要做好分层对接，但是制度与环境之间的冲突、制度与制度之间的冲突、制度要素之间的冲突，都是必然存在的，需要有规则来进行应对。比如在央地职责同构的大制度背景下，如何进行地方创新，探索综合行政执法和行政审批？当国家法律在某些领域的更新滞后于实践发展的时候，地方如何在坚持法治原则的前提下进行创新？在新旧制度交替的过程中，如何处理复杂的职责要求和责任关系？如何处理不同地方制度创新的多样性与中央统一要求之间的关系？这些问题，最终还是要在制度的轨道上用制度的方法来解决。