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尽管多模态话语分析的前景广阔，但还存在一些问题，宏观上看，主要问题表现在：（1）分析中的主观性较强，结论需要进行语料库、调查问卷等方式进行进一步的验证；（2）语言学各流派之间的融合有所加强，但是和其他学科，如新闻学、传播学、教育学、影视艺术理论、社会学、心理学等的借鉴和融合还不够；（3）理论视角间的互补性不够。如冯德正、Low（2015）所言，研究视角新颖的论文只占少数，而且不同视角各自为战，没有实现真正的融合。
从微观上看，理论研究、应用研究以及综合研究都存在一定的不足。根据现有成果（2003—2015年间11种外语类CSSCI刊物）的研究类型，程瑞兰、张德禄（2017）把多模态话语分为理论研究、应用研究以及综合研究三类。理论研究指理论思辨、理论探索与理论框架建构（如张德禄，2009；冯德正，2011），此类成果占主导地位，达总量的63.40％。应用研究指用多模态话语分析理论来解决其他学科问题的研究（如张德禄，2010；许吟雪，2016），占总量的23.6％；综合研究指理论研究和应用研究相结合的研究类型（如姚银燕、陈晓燕，2013；张德禄，2017；潘艳艳、张辉，2013；潘艳艳、郑志恒，2017），只占总量的13％。笔者认为，尽管理论研究占了很大比例，但是这些理论研究并没有在后续的应用研究中得以广泛运用；同时，也许是限于篇幅，理论研究中提出的理论框架本身也没有详细的例示以证明其分析框架的可行性和有效性。部分应用研究存在的问题则是将理论框架不做任何调整和改变，也较少考虑具体的语类特征，直接生搬硬套到分析对象上，结果是对多模态话语的“再描述”（re-description），而不是分析，得出的结论通常不够深入和令人信服。综合研究类由于既要理论创新，又要运用，同时限于篇幅，很难面面俱到，存在一定的难度（潘艳艳，2019）。
既然批评话语分析“主要还是采取‘拿来主义’，不论是哪派的语言理论或方法，只要能用于分析语言、权利和意识形态的关系并产生令人信服的结果，都可以运用到批评话语分析中”（辛斌，2005：54），那么，多模态话语分析也可以采取“拿来主义”。多模态话语的诸多分析路径和理论框架为我们提供了一个工具箱，具体使用哪些工具，取决于分析对象的语类特征。也就是说，不论是理论探索还是应用，要针对不同的语类特点来选择分析的意义要素，构建适合特定语类的分析框架，同时结合该语类所涉及的其他学科的相关理论进行有重点地分析和解读，避免简单地描述或“再描述”。因此，跨学科、多学科、根据分析对象调整分析框架才能解决上述存在的问题。