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初登王位的卡尔四世为保证其政治地位的稳固,不惜违背对罗马教会的承诺向罗马贵族妥协,而且还在帝国内颁布《金玺诏书》,以法律文书的形式确认了帝国诸侯的各项权利。《金玺诏书》保证邦国实现领土化,阻碍了帝国实现政体统一的步伐,延缓了德意志迈向民族国家的进程。另一方面,卢森堡王室只关注自身的利益,为推行其领土政策将政治中心转移到东部的布拉格,同时还通过政治联姻等政治手段把东部地区连成一片。然而,西方教会的大分裂激化了德意志帝国诸侯间的矛盾,法国国王乘机介入罗马教会事务,损害了德意志诸侯的利益,为此诸侯联合起来废黜了国王。
14世纪中叶,肆虐西欧的黑死病带来毁灭性的灾难,人口大量死亡,农业和手工业生产几乎停滞。黑死病之后,农业经济结构发生巨变,土地所有权大转移,庄园制完全瓦解。另一方面,手工业也有极大发展,包买商制度盛行。农业和手工业结构的调整促进了国际新贸易的产生和发展;然而,德意志政治的分裂导致帝国内关税和币制的不统一,汉萨城市同盟在国际贸易中起到了极大的作用。
卡尔四世登基后,布拉格逐渐成为帝国的政治中心和文化中心,他在布拉格建立了德意志帝国的第一所大学。布拉格大学不仅为帝国培养了理论家和官吏,同时也是胡斯运动的发源地。14世纪中叶之后,帝国各地的诸侯也都效仿皇室在各邦国内建立了多所大学。