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12世纪80年代，施陶芬王朝推行的领土政策极大地提升了皇帝的权势，在德意志境外也享有很高的威望。1184年圣灵降临节之际，弗里德里希一世在美因茨召开宫廷会议，参加会议的诸侯、主教、大主教、骑士、市民和游方的艺人不仅来自德意志各地，而且还来自法国、英国、意大利、西班牙以及巴尔干等地区。5月20日这天举行盛大的游行，之后是丰盛的流水席，同时代的人估计到场的人数多达4万，有人则估算为7万。为此，在美因茨城外搭建了一个临时的木质教堂和为数众多的帐篷。在宫廷会议召开的次日，弗里德里希一世为他的两个儿子举行了盛大的骑士晋封仪式和骑士授剑礼（Schwertschlag）。盛大的庆典活动持续了三日，但一场突如其来的狂风吹垮木质教堂，掀翻帐篷，庆典因为天气的突变而终止。
德意志政局的稳定为弗里德里希一世在西欧政治影响力的扩大创造了有利的政治条件。12世纪60年代中期，意大利北部的城市联合起来组成了伦巴底城市同盟（Lombardenbund），抵制德意志皇帝在意大利推行经济权。1176年5月29日，伦巴底城市同盟组建的武装在距米兰市30公里的莱尼亚诺战胜了弗里德里希一世的军队，迫使皇帝于1177年在威尼斯与伦巴底城市同盟签订了6年的停战协议。1183年3月，双方再次就意大利北部地区的局势进行谈判，皇帝后院的稳定以及德意志教会和诸侯的支持，致使伦巴底城市同盟放弃了强硬的态度，同年6月25日，双方在康斯坦茨签订和约。为了表明《康斯坦茨和约》（Friede von Kongstanz）具有永久性，和约的内容被镌刻在浇铸的铜板上，树立在康斯坦茨市中心市场上的皇帝泉旁。根据《康斯坦茨和约》，皇帝承认各城市共同体的权利以及它们结成的同盟，这些城市或者一次性或者每年支付皇帝一定数量的款项，以此获得皇帝在1158年隆卡利亚召开的帝国会议上提出的经济权。意大利的城市可以由市民自己选举城市的执政官，但必须获得皇帝的批准，执政官要向皇帝宣誓行效忠礼，皇帝是在城市中享有最高审判权的领主（Gerichtsherr）。
与伦巴底城市同盟签订的《康斯坦茨和约》，为弗里德里希一世在意大利推行领土政策扫清了一定的障碍，也为其解决与罗马枢机主教团和罗马教会之间的纠纷增加了有利的筹码。自从1159年罗马教会分裂以来，一直存在着两个教皇对立的局面，即：由德意志皇帝支持的教皇和由枢机主教团选举的教皇。皇帝与教皇发生矛盾的一个焦点实际涉及的是在意大利的经济利益，其中之一是玛蒂尔德女伯爵的遗产问题。玛蒂尔德领有的托斯卡纳伯爵领地位于意大利的伦巴底平原，阿尔诺河贯穿流过，这里气候宜人、水源充足、自然植被丰富，极适于农业生产。这个地区还有比萨、佛罗伦萨、阿雷佐、锡耶纳、里窝那等有着贸易传统的城市。法兰克王国早期，皮平把托斯卡纳的南部地区和拉文纳一起赠给教皇，成为教皇领地的一个部分，其北部地区则是隶属于洛林公爵领地的托斯卡纳伯爵领地。11世纪中叶的三位教皇斯特凡九世、尼古拉二世以及亚历山大二世都来自托斯卡纳，这个地区可谓人杰地灵。1090年，40岁的玛蒂尔德与16岁的韦尔夫五世的婚姻为托斯卡纳与德意志皇室建立起了最初的联系，此后的韦尔夫六世放弃了在意大利的封地之后，德意志的皇帝委派王室封臣掌管这一地区。尽管如此，这个地区的归属一直存在很大的争议。弗里德里希一世第五次进军意大利时，曾于1177年7月24日在威尼斯与亚历山大三世教皇订立和约，其中一个重要的内容是，在此后15年内玛蒂尔德遗产的收入归教廷所有。这无疑有损德意志皇帝在意大利的经济利益，为此他向新上台的教皇卢修斯三世（LuciusⅢ.，1097—1185，1181—1185年在位）提出要求，德意志帝国获得托斯卡纳的全部领地，德意志皇帝把在意大利全部收入的十分之一交给教皇和枢机主教团。这一提议表明，教皇以及罗马教廷的财政收入要在很大程度上依赖于德意志帝国，故遭到罗马教廷的反对。为解决这一争端，1184年9月弗里德里希一世开始了他一生中的第六次也是最后一次意大利的远征。
在这次意大利远征中，弗里德里希一世通过政治联姻一改一贯与诺曼人敌对的策略。1184年10月他促成了其19岁的次子、已经加冕为德意志国王的海因里希六世（HeinrichⅥ.，1165—1197，1191—1197年在位）与西西里国王罗格二世最小的女儿康斯坦策（Konstanze von Sizilien，1154—1198）订婚，此时的康斯坦策已经30岁。康斯坦策尚未出生时父亲就去世了，她虽然有6位兄长，但都相继去世，且又都未留下子嗣，她是西西里王国王位的唯一继承人。1186年1月，海因里希六世与康斯坦策在米兰举行了婚礼，婚礼之后海因里希六世立刻被加冕为意大利国王。在意大利有了根据地的弗里德里希一世，命令新婚燕尔的海因里希六世率军占领了教皇国。刚刚登上圣宗座的教皇乌尔班三世（UrbanⅢ.，1120—1187，1185—1187年在位）转而去德意志寻找同盟者。弗里德里希一世长期滞留意大利，在德意志境内形成一个以科隆大主教菲利普为首的诸侯反对派。菲利普不仅是科隆的大主教，还是威斯特法仑公爵领地的公爵，狮子海因里希垮台之后，他是德意志北部地区最有势力的教会诸侯。菲利普借助丹麦国王的力量，并且试图与法国国王结盟。在英国流亡三年返回德意志的狮子海因里希成为菲利普的盟友。因此，乌尔班三世的加入将会使弗里德里希一世的后方不稳，弗里德里希一世不得不于1186年夏季返回德意志。同年11月弗里德里希一世在盖尔恩豪森召开的宫廷会议上谴责菲利普，大多数的教会贵族和世俗诸侯都站在皇帝一边。次年的圣灵降临节之际，菲利普阻挠皇帝的军队进攻法王的军队，受到皇帝公开的强烈谴责。此后，弗里德里希一世又利用英法之间的冲突破坏了菲利普与法王结成的联盟。1188年3月，科隆的大主教菲利普在美因茨宫廷会议上臣服弗里德里希一世，狮子海因里希再次受到流放三年的处罚，又跨海远渡英国。
意大利和德意志在政治力量对比上的变化，对皇帝和教皇之间久而未决的教皇国领地和玛蒂尔德的遗产等问题产生极大的影响。1189年4月，弗里德里希一世与教皇克莱门斯三世在斯特拉斯堡签订条约（Vertrag von Straburg），教皇同意为海因里希六世加冕为共治皇帝（Mitkaiser），以此为条件换回教皇国。此外，弗里德里希一世还再次允诺教皇将组织十字军远征耶路撒冷。1189年5月，弗里德里希一世亲率德意志十字军经匈牙利进入拜占庭帝国，英国和法国的国王也都参加了第三次十字军东征。次年早春，德意志十字军进入今天土耳其的西部，6月10日，弗里德里希一世在格克苏河中溺水身亡，群龙无首的德意志十字军折戟小亚细亚。
弗里德里希一世的意外身亡给留在德意志摄政的海因里希六世造成很大的危机，德意志境内反对派诸侯势力抬头，流亡的狮子海因里希也提前从英国返回萨克森，迅速夺回韦尔夫家族失去的领地。在意大利，西西里的贵族们在教皇的支持下趁机解除与海因里希六世的效忠誓约。年轻的海因里希六世使用强硬的政治和外交手腕化解了面临的所有危机。1191年1月，他出兵伦巴底，在那里赢得了北意大利城市的支持。此后进军罗马，迫使年近90岁的教皇克莱斯汀三世（CoelestinⅢ.，1106—1198，1191—1198年在位）为其加冕为皇帝。称帝后的海因里希六世依然麻烦不断。在意大利，他前脚离开了罗马，克莱斯汀三世就把西西里分封给了罗格二世的孙子莱切的坦克雷德（Tankred von Lecce，1138—1194），承认他为西西里的国王。在德意志，一贯支持施陶芬家族的马格德堡的大主教维希曼（Wichmann von Seeburg，1116—1192）去世，皇帝在萨克森地区失去一个强有力的支柱，此消彼长的是，狮子海因里希的势力有所抬头。此外，科隆的大主教、美因茨的大主教以及莱茵河中游和下游地区的许多主教、伯爵都因不满帝国的政策联合起来反对海因里希六世。与此同时，他们还谋求与英国、西西里和罗马教会的支持，把德意志的皇帝置于四面楚歌的困境中。英国国王狮心理查德（Richard Lwenherz，1157—1199，1189—1199年在位）从耶路撒冷返回经过德意志的途中深陷囹圄，化解了海因里希六世的危机。
1192年10月，率军参加第三次十字军东征的狮心理查德从巴勒斯坦回国，途中获悉他的政敌、自称为奥古斯都的法国国王菲利普二世（PhilippⅡ.，1165—1223）下令，一旦法国军队发现他就将其逮捕，理查德只得乔装成朝圣者取道奥地利。在途经维也纳附近的弗里萨赫时，狮心理查德的随从人员因使用金币购物而引起怀疑，他的身份很快被识破，奥地利公爵利奥波德五世（LeopoldⅤ.，1157—1194）下令将其扣押。此前十字军围攻巴勒斯坦地区重要城市阿卡城时，理查德曾傲慢地扯下了利奥波德五世插在城外表示战利品的旗子，双方因此结下仇怨，他将要面临的处境可想而知。利奥波德五世把理查德囚禁在迪恩施泰因的城堡里，并派使者与海因里希六世协商，如果他能获得一半的赎金，就把他的俘虏引渡给德意志皇帝。1193年3月28日，利奥波德五世把狮心理查德押解到施派尔，在那里引渡给海因里希六世，后者将其囚禁在地处莱茵兰普法尔茨山林中的特里菲尔斯王室城堡中。虽然海因里希六世在1191年就与法国国王菲利普二世约定，一旦有机会就逮捕狮心理查德，但他并没有实践这一约定，而是把囚禁狮心理查德视为反对德意志诸侯势力的一个十分重要的政治筹码。海因里希六世以将其引渡给菲利普二世相要挟，迫使他的囚徒交纳10万马克银的赎金，这相当于英国王室一年收入的两倍。此外，他还要求英王向他行效忠礼，承诺帮助海因里希六世出兵意大利与坦克雷德作战。这个历史事件对英国历史产生的影响似乎更远大于德意志，英国贵族与国王签订的《大宪章》以及议会制度的产生，最初的源头都可以追溯到这笔巨额赎金上。在德意志，英国国王的赎金为海因里希六世夺回西西里提供了充足的军费，海因里希六世于1195年5月率领军队长驱直入意大利，顺利地占领西西里。进军意大利的胜利对在德意志境内瓦解皇帝反对派同盟起到了重要的作用。同年，狮子海因里希去世，这就更加削弱了诸侯的势力。这一系列的胜利使海因里希六世的权力欲膨胀，他意欲控制罗马教会，甚至企图把法国也并入德意志帝国的疆域中。1197年9月28日，准备组织第四次十字军东征的德意志皇帝因患疟疾在意大利的墨西拿与世长辞。
德国的历史学家们普遍认为弗里德里希一世时期是德意志帝国的鼎盛时期，他的继任者海因里希六世在此基础上继续扩张，征服西西里的诺曼王国，以政治婚姻的方式获得诺曼王位的继承权。然而，弗里德里希一世和海因里希六世的大帝国既没有行之有效的行政机制，也没有真正行使中央集权的政治中心，维系对帝国进行统治的依然是皇帝个人的施政策略和政治手腕。虽然弗里德里希一世实行的直辖领地的政策在某种程度上打击了旧的诸侯集团，致使一些旧有的世族公爵家族覆灭，但从另一方面来看，他扶植的新诸侯也都在利用对新的领地主权的要求获得更多的特许权。新诸侯的特许权并没有对德意志皇权的集权起到应有的作用，反而加剧了德意志帝国在政治上的分裂。海因里希六世突然辞世时，他唯一的继承人、年仅3岁的弗里德里希二世（FriedrichⅡ.，1194—1250，1220—1250年在位）随母后远居西西里，而且还尚未加冕为德意志的国王，这就不可避免地在帝国内引发争夺王位的内战，首先发难的是科隆的大主教阿道夫（AdolfⅠ. von Altena，1157—1220）。
自奥托三世时期之后，科隆的大主教的权势就在不断地增长，尤其是在选举德意志国王时有着举足轻重的影响。科隆的历任大主教都在政治和经济上享有相当于世俗王权的各种权利，甚至可以这样说，在某种程度上大主教的权势并不亚于德意志国王的权势。科隆地处莱茵河中游，是东西陆路和南北水路两大交通动脉的交界点，也是从中欧内陆跨海与英国进行贸易往来的重要枢纽之一，科隆控制着对英国进行转运贸易的特许权。因此，英国历任国王都与科隆大主教保持着友好的关系，1194年2月，英王狮心理查德获释返回英国时途经科隆，受到大主教的热情款待。德意志与英国的敌对不利于科隆与英国的贸易往来，阿道夫大主教企图在德意志立新君之际攫取对德意志王位的决定权，从而改变德意志王权对英国的政策。海因里希六世去世后，他的兄弟、施瓦本的公爵菲利普（Philipp von Schwaben，1177—1191）保举年幼的弗里德里希二世为德意志的国王，他自称为摄政王。阿道夫则宣称菲利普公爵是在诸侯缺席的情况下指定国王的，程序上完全不合法。1197年8月，阿道夫召集威斯特法仑地区的诸侯，共同商议选举新的国王，经过近一年的挑选，选中了不伦瑞克的奥托四世（OttoⅣ. von Braunschweig，1175—1278，1209—1218年在位），在1198年6月9日召开的诸侯会议上推举他为德意志的国王，7月12日在亚亨为其举行国王加冕礼。奥托四世的父母是狮子海因里希的儿子和英国国王亨利二世的女儿，他是狮心理查德的亲外甥，从1182年起他就被送到外祖父身边，从小在英国王室宫廷里长大，1196年被他的舅舅狮心理查德封为法国境内普瓦图的伯爵。显而易见，奥托四世并不属于德意志的诸侯，尽管他也出自韦尔夫家族，但其对不伦瑞克仅有三分之一的继承权，更何况他久居英国，对德意志极不熟悉和了解，甚至不会讲德语，科隆大主教阿道夫在英国国王支持下立这个新君的政治目的不言而喻。
阿道夫的这一举动遭到施陶芬家族以及德意志南部诸侯和王室封臣的强烈反对，但年仅3岁的弗里德里希二世远在西西里，而且还尚未举行过国王的加冕礼，面对科隆的大主教阿道夫选立的国王，他们必须采取相应的对策。在奥托四世被选立之前的3月，德意志东部的诸侯在图林根的伊希特斯豪森和米尔豪森两地召开诸侯大会，会上选举菲利普为德意志的国王，但直到9月8日才在美因茨由偶然到此的一位勃艮第的大主教为其戴上了德意志的王冠，此时奥托四世已经加冕两个月。菲利普虽然得到德意志大多数诸侯和主教以及大主教的承认和支持，而且他还拥有王冠和权杖等王权象征物，但他却没有按照传统在亚亨举行加冕礼，而且在德意志政治中占有非常重要地位的莱茵兰地区的诸侯和大主教们均未在场见证；奥托四世虽然是按照传统在亚亨接受的加冕礼，但他却没有真正的王权象征物，头上戴的王冠、手持的权杖都是复制品。这样一种戏剧性的局面使两个对立国王都有理由自称是合法的国王，互不妥协，互相指责对方违背传统。施陶芬家族在德意志南部和西南部有着辽阔的领地，同时还享有英王的赎金和来自意大利的财源。韦尔夫家族则掌控着德意志北部的领地，英王狮心理查德也不遗余力地在财政上给予支持。两个对立国王无论在经济上还是在军事上都是势均力敌，不分伯仲。此时，与英王争夺在西欧大陆领地的法国国王菲利普二世也毫不犹豫地介入其中，加入施陶芬家族的阵营。英法两国的介入使德意志的王位之争演变为一场国际性的纠纷，德意志的王位之争与英法的领地之争犬牙交错般地交织在一起。1199年4月6日，狮心理查德在与法国的战斗中负伤，不久去世，胜利的天平开始偏向了菲利普国王一边，奥托四世致函教皇因诺森三世（InnocenzⅢ.，1161—1216，1198—1216年在位），请求他对此进行仲裁，这就为罗马教会干涉德意志的王位之争提供了口实，成为罗马教会推行和实施神权政治理论的一次极好机遇。
因诺森三世是一位很有政治头脑的教皇，他收到奥托四世请求仲裁的信函后并没有马上介入其中，而是提出了所谓的“收复政策”（Rekuperationen），即：收复罗马城和教皇国的自主权；收复对西西里的采邑权；收复在意大利中部地区的领地；意大利的各种政治势力都必须服从罗马教皇的权威。施陶芬家族的追随者以及德意志的28名主教于1199年5月28日在施派尔集会，强烈谴责教皇的收复政策，拒绝教皇干涉德意志国王的选举；与之相反，为了获得教皇支持的奥托四世则立刻积极响应，他在被选立为国王之初就曾经旗帜鲜明地支持因诺森三世的“收复政策”，派遣使节前往罗马，向教皇许诺，如果教皇承认他为德意志的合法国王，他将把施陶芬家族在意大利占领的教皇领地奉还给教皇。奥托四世的叔父英王狮心理查德和科隆的大主教阿道夫也分别致函教皇，为他的承诺进行担保。1199年5月，奥托四世再次派遣使者前往罗马向教皇作出承诺，从拉迪克法尼到切普拉诺的世袭领地、拉文纳总督区、安科纳伯爵领地、斯波勒托公爵领地以及贝尔蒂诺罗伯爵领地都会归属罗马教廷所有；承认教皇对西西里的最高采邑权；按照教皇的意愿处理托斯卡纳和伦巴底城市同盟之间的关系。1199年年底，奥托四世再次致函教皇，明确地表示狮心理查德去世后他非常需要教皇的支持。1201年5月，因诺森三世派教皇特使前往德意志，宣布承认奥托四世为德意志合法国王，允诺为其加冕为德意志的皇帝。次年，因诺森三世又致函施瓦本地区的教俗诸侯，要求他们背弃菲利普，支持奥托四世。为此，奥托四世于6月8日在诺伊斯城以文字的形式承诺向教皇宣誓效忠，履行实践罗马教皇的“收复政策”的义务，7月3日在科隆向教皇使节、枢机主教普雷内斯特的吉多宣读了“诺伊斯誓言”（Neusser Eid）。
教皇的支持并没有在王位之争的政治天平上为奥托四世增加多大的筹码，奥托四世的舅舅狮心理查德去世后，他失去了英国在财政上的支持。1204年，理查德的继任，被称为无地王的约翰（Johann Ohneland，1167—1216，1199—1216年在位）在与法国国王的战争中丢失了英国王室在大陆的领地，退回英伦三岛，奥托四世的阵营开始分崩离析。他的兄长海因里希（Heinrich derltere von Braunschweig，1173—1227）在与菲利普达成协议后获得普法尔茨伯爵领地，加入到反对奥托四世的阵营中。受他的影响，布拉班特公爵领地的公爵勇敢者海因里希（HeinrichⅠ. der Mutige，1165—1253）以及地处莱茵河下游的威斯特法仑地区的伯爵们都改为支持菲利普国王，甚至为奥托四世登上王位立下汗马功劳的科隆的大主教阿道夫在这年也转而与菲利普协商，以科隆城的特权和大量的金币为代价与其和好。1205年1月6日，阿道夫按照传统在亚亨重新为菲利普举行了国王加冕礼。阿道夫的行径遭到因诺森三世的谴责，罢免了其大主教的教职，宣布对其处以绝罚。1206年7月27日，奥托四世的军队与菲利普的军队在瓦森贝格交战，结果是铩羽而归，奥托四世逃往英国，刚刚接替阿道夫不久的科隆大主教布鲁诺（BrunoⅣ. von Sayn，1165—1208）被施陶芬家族的军队俘获。瓦森贝格战役之后，教皇因诺森三世似乎越来越倾向于菲利普国王，他于1207年5月派遣两位教皇使节前往德意志。一方面，教皇使节劝说似乎是大势已去的奥托四世放弃德意志的王位，极力促成他与菲利普女儿的婚姻，而且他还可以获得施瓦本公爵领地作为补偿；另一方面，他们与菲利普进行谈判，为教皇的侄子与菲利普另一个女儿的婚姻牵线搭桥。罗马教皇表示愿意承认菲利普为合法国王，并许诺为其加冕为皇帝。菲利普也改变了与教皇对立的态度，他表示不再干预主教的自由选举、不强求教士的遗产，把王国的剥夺法律保护令与教会的绝罚结合在一起。正当这一切都似乎已成定局之时，1208年6月21日，菲利普在班贝格大教堂祈祷时被怒气冲冲的巴伐利亚的行宫伯爵维特尔斯巴赫的奥托八世（OttoⅧ.Von Wittelsbach，1180—1209）刺杀，原因是菲利普曾经应允把女儿许配给伯爵，此后却以女儿与其年龄相差太大为借口毁约，伯爵提出与国王的另一个女儿订立婚约的要求也遭到拒绝，深感自己的荣誉受到极大损害的奥托八世趁其不备刺杀了筹措满志准备登上皇位的菲利普国王。
菲利普被刺杀为已经准备逊位的奥托四世重又扫清了登上王位的障碍。法国国王菲利普二世企图故技重施，把布拉班特的公爵勇敢者海因里希扶上德意志的王位，遭到施陶芬家族和奥托四世的强烈反对，在马格德堡大主教阿尔布雷希特一世（AlbrechtⅠ.von Kfernburg，1170—1232）的调停下，奥托四世迎娶菲利普的女儿贝娅特丽克丝（Beatrix von Schwaben，1198—1212）为妻，他通过这个婚姻获得施陶芬家族的承认。在1208年11月11日召开的宫廷会议上，与会的教俗诸侯一致选举奥托四世为国王。为了获得教皇的承认，1209年3月22日，奥托四世向两位教皇使节重申支持因诺森三世教皇在此前提出的“收复政策”，遵守“诺伊斯誓言”，此外还同意践行教皇曾对菲利普提出的要求。因诺森三世非常欣慰地称其为“合我心意的人”“令我心满意足的儿子”。但奥托四世向教皇使节作出的这次承诺没有任何德意志诸侯在场见证，而且在此之前他已经指定阿奎莱亚的总主教（Patriach）埃尔拉的沃尔夫格（Wolfger von Erla，1140—1218）为帝国特使（Reichslegat），在伦巴底、图斯策恩以及斯波莱托、安科纳等地区巡游，强调德意志皇帝在这些地区应享有的权利，故而枢机主教团的一些成员告诫因诺森三世，应该慎重考虑为奥托四世加冕为帝。8月，奥托四世率大军进入意大利，10月4日，教皇因诺森三世在罗马为其举行了加冕礼，戴上皇冠的奥托四世向教皇保证有义务保护罗马教会的财产、维护其所有的权利。
登上皇帝宝座的奥托四世刚刚坐稳就违背了曾经许下的所有诺言。他在1210年秋季率军到达意大利北部，突然转向西西里，一方面是因为在普利亚地区的德意志的男爵（Baron）们因与当地贵族的利益冲突向德意志皇帝提出了求援的要求；另一方面，居住在西西里的海因里希六世的儿子弗里德里希二世日益成年，奥托四世越来越感到这将会对他形成一种威胁，企图借此机会将其消灭在萌芽之中。曾经信誓旦旦不会侵犯教皇利益的奥托四世很快就占领了斯波莱托、安科纳等属于教皇的领地，在阿韦尔萨击镇压了当地的反抗。奥托四世的军事行动完全出乎因诺森三世的意料，他深感受到愚弄，于11月18日宣布对奥托四世处以绝罚，解除所有人对皇帝发过的誓约。这天距他亲自为奥托四世主持加冕礼仅一月有余。他在此后致德意志主教们的信函中声称：“我们自己铸造的剑重重地刺伤了我们自己。”然而，奥托四世并不理会教皇的绝罚，继续南下，皇帝的军队于1211年秋占领了意大利南部后直达卡拉布里亚。为了阻止德意志皇帝的势头，教皇示意在德意志的那些反对韦尔夫家族的教俗贵族另选皇帝。这年的9月，美因茨的大主教西格弗里德（SiegfriedⅡ. Eppstein，1165—1230）、波希米亚的国王奥托卡尔一世（OttokarⅠ.，1155—1230，1198—1230年在位）、图林根的侯爵（Landgraf）赫尔曼一世在法国国王的支持下，召集德意志的诸侯在纽伦堡召开会议，选举远在西西里的弗里德里希二世为皇帝。这一选举超乎寻常，因为此前只有由诸侯选举的德意志国王才能在罗马由教皇加冕为皇帝，从未发生过诸侯直接选举德意志皇帝的现象。惊闻此讯的奥托四世中止了进攻西西里的计划，立刻返回德意志。1212年5月，奥托四世再次在纽伦堡召开宫廷会议，重新掌控德意志的政治局势，7月围攻了被其视为叛逆的赫尔曼一世的魏森要塞。然而，此后的局势急转直下，8月11日，奥托四世的妻子突然去世；9月，被选为皇帝的弗里德里希二世第一次踏上了德意志的土地，出现在康斯坦茨。在这同一时期，曾经追随菲利普的施派尔的主教康拉德三世（KonradⅢ.von Scharfenberg，1165—1224）披露了奥托四世准备征收人头税（Kopfsteuer）和其他一些新赋税的计划，以及企图夺取教会土地财产的预谋。所有这些汇聚在一起，致使原来那些追随施陶芬家族的施瓦本的王室封臣纷纷倒戈，背弃奥托四世，巴伐利亚的王室封臣也紧随其后，他们涌向康斯坦茨，支持施陶芬家族的弗里德里希二世。
弗里德里希二世曾有过传奇般的童年，他的母亲康斯坦茨是西西里王国唯一的继承人，他在父亲加冕为西西里国王的前一天出生在安科纳的耶希，王后分娩时有19位主教和枢机主教在场见证了他的出生。1196年12月25日，在他两周岁生日的前一天，父亲海因里希六世皇帝就授意将他选为“罗马国王”（rex Romanorum），然而仅一年之后海因里希六世突然去世。皇帝临终之际预见到年仅3岁的儿子和他的母亲完全无力抵抗对皇位虎视眈眈的韦尔夫家族，为了能保住儿子在西西里的地位，他指示忠诚的西西里摄政王安韦勒的马克瓦特（Markward von Annweiler，?—1202），辅佐身为西西里国王的弗里德里希二世，要他尊重教皇，把玛蒂尔德的遗产以及教皇国的领地归还给教皇，以换取教皇帮助他的幼子保住在德意志的王位。1198年3月，菲利普被施陶芬家族的追随者选举为德意志的国王，为了保住在西西里的王位，康斯坦茨皇后审时度势，以摄政王的名义宣布弗里德里希二世放弃德意志的王位，同时向教皇宣誓行了效忠礼，由此西西里王国成为罗马教会的采邑，与德意志分离成为独立的领土王国。同年3月17日，弗里德里希二世在巴勒莫登基为西西里国王，11月28日康斯坦茨去世，她在临终前留下遗嘱，指定教皇因诺森三世为这个4岁国王的监护人（Vormund），教皇成为西西里王国的摄政王，但实际的摄政大权却掌握在宫廷的膳务大臣（Truchse）安韦勒的马克瓦特手中。
年仅4岁就失去双亲呵护的弗里德里希二世显得格外早熟，摄政大权几易他人之手、巴勒莫宫廷的尔虞我诈磨炼了他的政治洞察力和应变能力。1201年，弗里德里希二世14岁成年亲政，在这同一年他听从教皇的安排迎娶了比他年长十多岁、且已经寡居的阿拉贡国王阿尔方斯二世（AlfonsⅡ.，1157—1196，1162—1196年在位）的女儿康斯坦策（Konstanze von Aragón，1179—1222）为妻。在此后的十年，德意志局势的变化为弗里德里希二世登上德意志的王位铺平了道路，1211年9月，在教皇的授意下弗里德里希二世再次被选为德意志的国王。次年的3月，这位踌躇满志的年轻人不顾妻子和西西里贵族们的劝阻，仅带几个亲信踏上了夺回德意志王位的征途。在罗马，他首次觐见了素未谋面的监护人因诺森三世教皇，向他宣誓行效忠礼，他向教皇保证，一旦他执掌德意志王权，就立刻践行两位前国王——他的叔父菲利普和韦尔夫家族的奥托四世——从未实践过的所有承诺。为此，他要求因诺森三世为他年仅1岁的儿子海因里希（七世）（Heinrich（Ⅶ.），1211—1242，1212—1242年在位）加冕为西西里的国王，以保证西西里的王位不会因为他的远征落入他人之手。教皇满足了他的要求，于3月初为海因里希（七世）主持了西西里国王的加冕礼，同时再次重申西西里的独立性。此后，弗里德里希二世在教皇使节、枢机主教巴利的贝拉尔（Berard von Bari，?—?）陪同下前往德意志。这支势单力薄的队伍在途经今天瑞士的库尔时有了军事护卫队，在护卫队的保护下避开布伦纳隘口，绕道翻越阿尔卑斯山，踏上德意志的土地。
当弗里德里希二世出人意料地在康斯坦茨的城门前出现时，这座主教城市正准备迎接前来阻截他的奥托四世，拒绝为他打开大门。贝拉尔向市民宣读了教皇敕令（Bannbulle），弗里德里希二世才得以进城，迟到三个小时的奥托四世只得返回科隆。在康斯坦茨站住脚跟的弗里德里希二世不仅很快就得到施瓦本和上莱茵地区教俗贵族的支持，而且还获得大量的经济资助和承诺。11月19日，弗里德里希二世与法国王储、后来的国王路易八世（LuoisⅧ.，1187—1226，1223—1226年在位）在沃-库勒尔会晤，重建施陶芬卡佩联盟（das staufisch - kapetingische Bündnis），为此他从法王那里获得1万磅的白银。12月5日，德意志诸侯在法兰克福集会，与会的大多数诸侯同意选举弗里德里希二世为国王。四天后，美因茨的大主教西格弗里德在美因茨的大主教教堂为弗里德里希二世主持加冕礼。
初到德意志的弗里德里希二世既不会讲德语，对德意志的一切也都很陌生，同时代的人称他为“普利亚之子”（chint aus Pulle），因为教皇是他需要的最有力的支持者，因而又戏称他是“教士国王”（Pfaffenknig）。1213年7月12日，弗里德里希二世在埃格尔致函因诺森三世，再次重申奥托四世对教皇的允诺：放弃教皇的世袭领地；放弃在这些地区的经济特权；不干预对主教和修道院院长的任命；支持教皇对异端的镇压。弗里德里希二世进入德意志要面对强大的反对派势力，首先是来自韦尔夫家族的反对。被剥夺王位的奥托四世虽然并不甘心，但最初并没有与年轻的新国王直接交锋，只是视他为教皇的傀儡。在奥托四世看来，最主要的敌人应该是与之结盟的法国国王，所以他与法王的宿敌、他的舅父英国的无地王约翰联合起来。此时的无地王约翰正因坎特伯雷大主教的任免以及英国教会的财产等问题与因诺森三世发生冲突，因诺森三世宣布对英国实施褫夺教权令（Interdikt），禁止在英国进行祈祷、举行礼拜仪式等一切宗教活动，不仅如此，教皇还给予法国王室进攻和占领英国的特权。教皇的处罚得到了英国教俗贵族的支持，他们共同谴责无地王约翰，迫使他再次向教皇宣誓行效忠礼，教皇随即撤销了褫夺教权令，阻止已集结在布洛涅的法王军队进攻英国，法王军队转而攻击佛兰德。佛兰德的伯爵费尔南（Ferrand von Portugal，?—1233）和布洛涅的伯爵雷纳尔德一世（RainaldⅠ. von Dam martin，1165—1127）逃往英国寻求庇护。无地王约翰从中看到了夺回英王在西欧大陆失去的领地的机会，他计划与他的外甥奥托四世联合起来在莱茵河口地区两面夹击法王的军队。1214年7月初，奥托四世在亚亨集结军队向佛兰德进发，12日到达尼韦勒。21日，佛兰德伯爵、布洛涅伯爵和英王的联军在此与其会合。23日法王菲利普也率军前往佛兰德，27日与英国联军在布汶遭遇。虽然法王的军队只有500骑兵、1500名步兵以及骑兵的伺童，而在联军方面，仅奥托四世的军队就有上万之众，然而，法王的军队却以少胜多，佛兰德的伯爵费尔南和布洛涅的伯爵雷纳尔德被俘囚禁，奥托四世逃回科隆。
布汶战役（Schlacht von Bouvines）之后，整个西欧的政局发生巨大的变化。在战役中大获全胜的法国国王把安茹金雀花王朝（Anjou -Plantagenêt）彻底地赶出西欧大陆，法国王室的领土有很大程度地扩大。在布汶战役中惨败的英国国王受到罗马教皇的挟制，引起英国贵族的极大不满。1215年签订的《大宪章》（Magna Carta）开启了英国通向议会制的道路。在德意志，年轻的国王弗里德里希二世坐享其成，奥托四世的败北消除了与之继续争夺德意志王位的政治实力，奥托四世不得不返回韦尔夫家族的大本营不伦瑞克，同时也放弃了对王位的要求，德意志的王位之争就此落下帷幕。1215年7月23日，美因茨的大主教按照传统在亚亨为弗里德里希二世主持国王加冕礼，同时他向在场的红衣主教奥斯蒂亚的雨果、即后来的教皇格雷戈尔九世（GregorⅨ.，1167—1241，1227—1241年在位）承诺，他将组织德意志十字军远征。1215年11月，因诺森三世教皇在罗马的拉特兰宫召开在中世纪历史上最为重要的宗教会议，参加这次宗教会议的有包括耶路撒冷和君士坦丁堡总主教在内的71位总主教（Patriarch）和大主教、412位主教、修道院院长和修士会的教长（Prior），安条克和亚历山德里亚的总主教也派遣使节参加会议。此外，弗里德里希二世以及法国、英国、卡拉贡、匈牙利和耶路撒冷的国王们还有20多名其他地区派遣的使节也都前往罗马参加这次宗教会议。在这次宗教会议上做出了许多重要的决议，如反对异端、确立教会法、组织第四次远征东方的十字军等等。对弗里德里希二世来说这次宗教会议更具重要性，因诺森三世向全欧洲宣布，确认德意志诸侯选举的国王是合法的国王。
1216年7月16日，因诺森三世去世，欧洲的局面再次发生变化，弗里德里希二世也理直气壮地违背了之前对教皇所作的所有承诺。他把妻子和年幼的儿子海因里希接到了德意志，指定这个年仅5岁的孩童为施瓦本的公爵和勃艮第地区的教会监理（Rektorat），两年后的4月又授意德意志诸侯在法兰克福选他为德意志国王。尽管新教皇洪诺留三世（HonoriusⅢ.，1148—1227，1216—1227年在位）一再重申，只有弗里德里希二世践行了他曾经做过的承诺才会为其加冕为帝，但迫于再次组织十字军的需要不得不妥协，于1220年11月22日在罗马为他主持了皇帝加冕礼。在加冕礼宣誓时，新皇帝向教皇保证，西西里王国不会归属德意志帝国，然而，这一保证很快就成了一纸空文。
从小在西西里长大的弗里德里希二世似乎更喜欢童年生活过的地方。在罗马加冕为帝后的同一年他把年幼的儿子海因里希留在了德意志，任命科隆大主教恩格尔贝特（EngelbertⅠ. von Kln，1185—1125）为帝国的摄政王和年幼国王的监护人，自己则仅带少数随从返回西西里，不仅完全违背了让西西里脱离德意志帝国的承诺，而且还在西西里效仿拜占庭的统治模式，采取一系列的措施，在德意志历史上第一次建立起官吏国家（Beamtenstaat）制度，企图以此扩大德意志帝国皇权在意大利地区的影响。从1220年11月中旬起，弗里德里希二世在卡普阿（Capua）的宫廷会议上先后共颁布了20项法令，这些法令总称为《宫廷会议决议》（Assisen）。在卡普阿宫廷会议颁布的最初的法令主要是重申威廉二世（WihelmⅡ.，1153—1189，1166—1189年在位）国王执政时期颁布的一些法令，例如：由西西里的国王任免法院官吏（Justitiar）和城市市政官吏（Magistrat）；取缔海因里希六世去世后所有新增加的关税和费用；禁止开设新的市场和集市；等等。次年，还颁布了有关禁止赌博、规范杂耍艺人（Gaukler）以及限制犹太人的服饰等法令。
弗里德里希二世返回意大利以及在那里所采取的一系列措施，都是在延续弗里德里希一世统治时期推行的实现“神圣罗马帝国”的政治目的。弗里德里希一世皇帝强调德意志的皇权直接授命于上帝，弗里德里希一世的儿子海因里希六世则进一步强调，施陶芬家族作为皇室家族（imperialis prosapia）是恺撒的合法继承人，不仅有权统治德意志，而且还有权统治罗马乃至教皇国。弗里德里希二世以西西里王国为其在意大利实践这一政治目的根据地，在他看来德意志皇帝是基督教世界最高的统治者、罗马教会的保护者、十字军的领导者、最高的立法者，他不仅有权统治德意志，而且还有权统治罗马城、意大利和西西里。为了实践这一目的，他把帝国的政治中心移到了西西里，首先确立了他在西西里的最高司法审判权，而且他还享有绝对的立法权（Gesetzgebung）。1231年，他授意掌玺官、宫廷大法官（Groh of richter）佩特鲁斯（Petrus de Vinea，1200前—1249）在位于今天意大利波坦察省的梅尔菲编撰了一部法典，即《梅尔菲法典》（Konstitution Melfi）。佩特鲁斯曾在博洛尼亚大学学习过法学和修辞学，自1220年起担任弗里德里希二世的首席书记官（Protonotar），1224年担任宫廷大法官，是弗里德里希二世最信任的一位宠臣。佩特鲁斯为皇室起草的法律文献不论是在文风方面还是在拉丁语方面，都成为那个时期皇室公文文本的范本，并且沿袭到此后相当长时期。
佩特鲁斯领导编撰的《梅尔菲法典》是自古典社会以来西欧第一部国家的法典，这部法典中收录了西西里的国王罗格二世、威廉一世、威廉二世以及弗里德里希二世颁布的所有宫廷会议决议。此外，《梅尔菲法典》还综合在西西里和北意大利地区一直盛行的诺曼人、阿拉伯人以及拜占庭的各种习惯法和法令。弗里德里希二世颁布这部法典的目的是要废除在西西里王国内正在施行的其他法律和习俗，任何人都不能违背和对抗这个法典。在这部法典里开宗明义地强调，弗里德里希二世是上帝指定的、由诸侯选出的罗马皇帝，他掌握着上帝赐予的宝剑，负有维护公正及保卫和平的职责。上帝通过诸侯的选举赋予皇帝权力，并借教皇之手为其施加冕礼，德意志的皇帝是基督世界的实际统治者。德意志皇帝的权威第一次这样明确地用法律文献的形式确定下来。毋庸置疑，12世纪以后在意大利兴起的罗马法研究对弗里德里希二世制定《梅尔菲法典》产生了极大的影响，也引起他对大学的重视，他于1224年6月5日在那波利建立了一所大学（Universitt），这是中世纪第一所没有获得教皇特许权就开办的大学。这所大学按照博洛尼亚大学的模式教授罗马法，其目的是要求这所学校能培养出为皇帝效力的官吏。弗里德里希二世甚至还作出决定，只有他的臣民才可以在这所大学里学习。这所大学自创建以后培养了众多著名学者，其中包括在13世纪最著名的经院哲学家（Scholastiker）、神学家托马斯·阿奎那（Thomas von Aguin，1225—1274）。
罗马法的研究以及大学中法律学科的创立对德意志乃至整个西欧都产生了非常重要的影响，不仅皇室、教会都以罗马法为蓝本制定各自的法律，而且各个领地、城市以及村庄也都有了自己的法典，13世纪最具代表性的地方法规是《萨克森箴言》（Sachsenspiegel）。《萨克森箴言》不是一个制定出来的法律，它汇集了在萨克森地区广为流行的习俗和习惯法（Gewohnheitsrecht），是经由法学家整理记录下来的一部成文法。值得一提的是，这是德意志中世纪历史上第一次不用拉丁语，而是用北德意志地区的文字记录的成文法典。《萨克森箴言》主要包括邦国权利（Landrecht）和采邑权利（Lehnrecht）两个主要部分，把邦国的权力和采邑权明确地区分开，对此后邦国制的形成和发展有着非常深远的意义。13世纪中叶以后，《萨克森箴言》这种记录当地习惯法的版本很快在德意志其他地区以及整个西欧传播开来，1275年前后又出现了《德意志箴言》（Deutschspiegel）和《施瓦本箴言》（Schwabenspiegel）。
弗里德里希二世宣扬世俗君权的最高统治，完全违背了他曾经多次对罗马教皇做过的允诺。不仅如此，他还变本加厉地加强对西西里地区的统治，加紧夺取教皇的领地，政教之间的争斗烽烟再起。
早在因诺森三世时期，成年亲政后的弗里德里希二世就让教皇有了不安全感，因此再三以加冕为帝要挟其宣誓，承诺保证不侵犯教皇国的领土，放弃对西西里的管辖权，组建十字军东征，等等。因诺森三世发动第四次十字军东征时，德意志正值争夺王位之际，仅有少数的德意志贵族加入其中。弗里德里希二世在教皇的支持下被选为德意志国王之后，立刻承诺组织十字军，但又由于英法之间争夺在西欧大陆领地的争斗而搁浅。拉特兰宗教会议上，因诺森三世再次号召西欧各国的国王和教俗贵族们组建十字军东征，但始终没有得到热烈的反响。弗里德里希二世虽然在拉特兰宗教会议上信誓旦旦地承诺组建十字军，但新教皇的优柔寡断让他找到了一再拖延起兵日期的借口。洪诺留三世教皇为弗里德里希二世加冕为帝时，他再次许下组建十字军的承诺，却又因为在西西里王国加强其统治权而一再拖延。实际上，弗里德里希二世一再拖延东征并不表示他对东方没有兴趣，似乎是另有所谋。1225年11月9日，弗里德里希二世在德意志骑士团（deutsche Orden）的首领（Hochmeister）萨拉查的赫尔曼（Hermann von Salaza，1162—1239）的谏言下，出人意料地在意大利布林迪西迎娶耶路撒冷王国年仅13岁的女王伊莎贝拉二世（IsabelaⅡ.，1212—1228，1212—1228年在位）为妻，他在举行婚礼的当天就宣布自己是耶路撒冷王国的国王。毋庸置疑，前往耶路撒冷戴上王冠才更能促使弗里德里希二世东征。两年之后的1227年8月，弗里德里希二世在布林迪西集结了约6万名骑士和步兵准备启程，但一场瘟疫再次延迟了起兵的日期。新任教皇格雷戈尔九世对德意志皇帝的再三延误极为愤怒，他不再接受弗里德里希二世做的任何解释，以他没有履行在教皇规定的8月15日前出兵东征的承诺为由，对他处以绝罚。
教皇的绝罚似乎对弗里德里希二世并没有产生多大的影响，被革除教籍的德意志皇帝依然以基督教君王的身份于1228年6月率领组建的十字军启程东征。教皇闻讯更加愤怒，再次重申对他的绝罚，并且宣布解除德意志帝国和西西里王国所有封臣对皇帝的誓约，然而，教皇这一次在帝国境内没有找到同盟。早在1220年，德意志的教会诸侯就曾以倒向教皇为要挟，迫使弗里德里希二世在这年的4月26日颁布《与教会诸侯联盟》（Confoederation cum principibus ecclesiasticis）的法令。弗里德里希二世在这个法令中明确指出，皇帝要维护教会的经济利益，给予教会诸侯所有经济特权，禁止任何人违背教会的意愿在教会的土地上修建城堡、建立城市，扩大教会诸侯的司法审判权，保护其控制城市的各种权利以及铸币权等等。弗里德里希二世用这个法令作为对教会和诸侯支持皇权的回报。皇帝以这种成文法的形式确认了主教享有权利的合法性，保证不在他们的领地内设立新的关卡和铸币所，禁止自治城市接受主教的依附农，不能未加限制地在主教的城市里支付税金和货币。这个法令中还规定，国王必须禁止直辖区的长官和封臣危害教会的财产，保证世俗服从教会的处罚。获得种种特许权的教会诸侯自然不愿意因为弗里德里希二世的下台而失去已经获得的既得利益，他们坚决地站在弗里德里希二世的一边。
1228年6月，在德意志主教和大主教们的支持下，弗里德里希二世率领组建的十字军经塞浦路斯进入耶路撒冷。德意志历史学家们通常认为，弗里德里希二世领导的这次十字军是西欧第五次十字军东征的一部分，也是唯一一次没有发生任何武力冲突的东征。弗里德里希二世利用埃及的苏丹卡米勒（al Kamil Muham mad，1180—1238）与他的侄子因争夺大马士革深陷战争困境之际，与之进行谈判。1229年2月18日，双方在雅法达成协议，签订和约。《雅法和约》（Frieden von Jaffa）中确定，弗里德里希二世获得对耶路撒冷、拿撒勒、伯利恒、利达的统治权，穆斯林保留耶路撒冷圣殿山以及清真寺和教堂，允许穆斯林在这一地区自由迁徙，他们应受到耶路撒冷阿拉伯法官（Kadi）的保护。3月17日，未动一兵一卒的弗里德里希二世进入耶路撒冷城，次日在圣墓教堂（Grabeskirche）里自己戴上耶路撒冷王国的王冠，因为这个时候的他仍然处于绝罚中，任何大主教或主教都不能为他举行任何宗教仪式。3个月后，心满意足的弗里德里希二世返回意大利。
促使弗里德里希二世返回意大利的重要原因在于，伦巴底地区爆发了反对德意志皇帝的反抗，伦巴底的城市素来反对德意志皇帝对该地区的控制。12世纪中叶以后，日益活跃的工商业在十字军东征的刺激下更加繁盛，商业贸易和手工业逐渐成为社会收入的重要来源之一。城市是商业贸易和手工业的栖息之地，因此控制贸易就必须要控制城市。教皇对弗里德里希二世的绝罚进一步激起了伦巴底城市反对皇权控制的士气，教皇的军队也乘机进入伦巴底地区。返回意大利的弗里德里希二世迅速镇压了伦巴底城市的叛乱，但却不愿意继续激怒教皇而未与教皇的军队交战。为了缓和与教皇的紧张关系，弗里德里希二世任命萨拉查的赫尔曼为特使与教皇的军队进行谈判。1230年7月，双方签订《圣日耳曼协议》（Vertrag von San Germano）。为了促使教皇解除对自己的绝罚，德意志皇帝不惜在谈判中做出一系列的妥协，其中包括教会应自由任命教职，重新恢复被弗里德里希二世罢免人员的教职，世俗不可侵犯教会的教士，教会应该获得免税权，皇帝应放弃教皇国领地。弗里德里希二世采取的这一系列妥协换来教皇解除皇帝绝罚的承诺。
弗里德里希二世一方面竭力修补与教皇之间的关系，另一方面继续打压伦巴底城市同盟。1231年11月，皇帝在拉文纳召开帝国会议，伦巴底城市同盟拒绝参加，不仅如此还自发组织了一支强大的同盟军队与皇帝对抗。1232年1月，弗里德里希二世再次宣布取消意大利北部所有城市的自治权，剥夺市民组织城市议会、任命市政官员的权利，禁止在城市里组织同业公会和行会。弗里德里希二世这项新的城市政策立刻遭到伦巴底城市的抵制和激烈反抗，他们组成了反对德意志皇帝的阵营。
弗里德里希二世长期滞留在意大利，把对德意志本土的统治交由他的幼子海因里希（七世），任命科隆的大主教恩格尔贝特为摄政王辅佐朝政，这就为德意志的教俗贵族增强自身的政治和经济实力创造了最有利的时机，尤其是科隆的大主教通过摄政权不断地扩大自己的势力范围，地方诸侯也趁机争权夺势。为了防御其他权势的侵扰，诸侯们在自己的领地设置边防线，建立城堡，逐渐形成了地域性的、有固定疆域的诸侯邦国。他们在自己的邦国内施行地区性的集权统治，掌控教会，在重要的交通要道设立关卡，在开办的市场征收市场税。1231年初，18岁的海因里希（七世）成年亲政，为夺回摄政时期被诸侯分割的王权，与邦君诸侯之间产生了激烈的冲突。为了在与诸侯的斗争中争取更多的政治力量，海因里希（七世）给予各地城市众多特许权，从而赢得了城市市民以及中小贵族的支持，这就更加引起诸侯的不满。诸侯联合起来，先后两次在沃尔姆斯召开诸侯会议，谴责国王对其权利的干预，他们共同做出决议宣布，未经城市领主的允许，任何城市的市民都不得联合起来，不得建立同盟或者联盟。1231年5月1日，海因里希（七世）被迫把诸侯在沃尔姆斯帝国会议上的决议以特许权的形式颁布，即《有利于诸侯的法令》（statutum in favorem principum）。年轻的国王宣布放弃在诸侯的邦国领地内的最高司法权、侍从权（Geleitrecht）、铸币权、征收关税权、建立城堡和城市权。这个法令还强调，国王必须保证诸侯铸的货币在城市有效使用和通行，给予诸侯防御城市的军事权利，要求城市市民维护诸侯的权利。在这个法令中还明确规定，任何城市的市民都不得擅自结成同盟会、联盟，如果未经城市领主的许可，即使是国王都不能给予认可。国王不得以限制市场和道路交通的方式、以接收贵族和教会的依附者以及居住在城堡外的市民进入法律共同体的方式阻止诸侯建立主权领地。在这同一个法令中还规定，在制定和颁布新的法令时，邦君必须获得邦国内各等级的一致同意。
为了迫使国王遵守这个法令，德意志众多诸侯于1231年末前往拉文纳，敦促弗里德里希二世在那里召开帝国会议，在海因里希（七世）缺席的情况下，皇帝认可了《有利于诸侯的法令》，弗里德里希二世由此赢得了众诸侯支持他要建立一个世界性大帝国的政策。在这次帝国会议上，皇帝强调禁止所有城市擅自组成城市议会（Stadtrat）、不得任命市长（Bügermeister），禁止城市成立同业公会（Innung）、兄弟会（Bruderschaft）和行会（Zunft）等自治机构。12世纪以来德意志城市自治的权利几乎完全消融在诸侯的权利中，城市的自治成为诸侯领地主权化的最大“牺牲品”，并且以法令的形式确立了诸侯领地主权的合法性。1232年5月，海因里希（七世）国王在众多诸侯的挟持下前往弗留利地区的奇维达莱觐见他的父亲、德意志的皇帝，向他表示臣服。在奇维达莱，弗里德里希二世正式批准了《有利于诸侯的法令》，要求他的儿子向诸侯保证今后一定正确地对待他们，如果他违背了这个承诺，诸侯和皇帝会请求教皇对他处以绝罚。
德国历史学家对1220年的《与教会诸侯联盟》以及十余年后的这部《有利于诸侯的法令》给予高度的重视，他们认为这两个法令是德意志历史进程中的一个重要里程碑。它之所以重要，不是因为在德意志形成了一种新的权力关系，而是因为这种新的权力关系以法律的形式被确定下来。
海因里希（七世）国王并不甘心在德意志失去权势，对诸侯依然采取较为强硬的态度，为此他还于1232年再次与法国卡佩王朝建立联盟，次年率联军进攻巴伐利亚公爵领地，奥托二世（OttoⅡ，der Erleuchte，1206—1253）公爵战败，臣服国王。海因里希（七世）一直把城市市民作为可以依靠的政治力量，针对进入13世纪以后教皇以及皇帝以反对异端为名对城市自治运动的镇压，他在1234年2月的一次法兰克福宫廷会议上宣布了反对非法迫害异端的命令，支持城市市民在政治上提出诉求。教皇和皇帝对海因里希（七世）的命令十分不满，这年的夏季双方在列蒂会晤，他们共同谴责国王，教皇向特里尔的大主教特奥德里希二世（TheoderichⅡ. von Wied，1170—1242）发布对海因里希（七世）处以绝罚的教令，皇帝也以与他断绝父子关系、不再有任何往来进行威胁。教皇和皇帝的表态迫使海因里希（七世）破釜沉舟，当他获悉弗里德里希二世皇帝即将启程返回德意志的消息后，9月在博帕德召集反对皇帝的诸侯以及奥格斯堡、维尔茨堡、沃尔姆斯、斯特拉斯堡、施派尔等主教区的主教们，此外还有施瓦本的小贵族们共同起兵，企图以武力阻止皇帝进入德意志。海因里希（七世）还与一向反对皇帝的伦巴底城市同盟结成同盟，法国国王路易九世（LuoisⅨ.1214—1270，1226—1270年在位）也加入了反对德意志皇帝的同盟，然而德意志的大多数诸侯都没有站在国王一边。1235年春季，弗里德里希二世仅带少数随从返回，当他一进入德意志，诸侯就聚集到他的周围，他的队伍就像滚雪球一样越来越壮大，海因里希（七世）的支持者们闻风自行瓦解。同年7月2日，海因里希（七世）不得不在巴特温普芬的皇室行宫屈膝跪地在他父亲的面前请求宽恕。弗里德里希二世并没有因为父子情宽恕这个反叛的儿子，他在沃尔姆斯设立法庭审判反叛者，海因里希（七世）的追随者们得到赦免，他本人则被废黜，被其父拘押在意大利东南部的普利亚，直至他1242年坠马去世。
弗里德里希二世与海因里希（七世）父子间的争斗，为德意志诸侯增强自身的政治实力提供了有利的条件，对海因里希（七世）做出判决之后，皇帝于8月15日在美因茨首次颁布了《帝国和平条例》（Landfriede），这是德国历史上第一次用德语颁布的法令。该法律共有29个条例，其中包括有关法庭、铸币、关税以及交通等各个方面的规定。在这个法令中，弗里德里希二世以限制私战为由，把对城市的保护权和城市的防御权给予教会和宫廷法庭，其中还包括扩大城外市民（Pfahlbürger）范围的禁令，这就在很大程度上限制了城市的自治。从另一个角度来看，这些条例扩大了教俗诸侯的特许权的范围。可以这样说，一系列的特许权和帝国安全条例的颁布，从法的角度上承认了德意志诸侯在其领地内的权力和政治地位，尤其是给予他们在领地内建立要塞和加强军事实力的权利，领地的领土（Territorium）性质日益呈现出来，邦国逐渐地朝着独立的方向发展。
获得最大利益保证的诸侯给予德弗里德里希二世极大的支持，他在整个帝国具有极强大的政治优势，似乎在此之前没有任何一位皇帝能与之相比。1235年7月15日，弗里德里希二世与英国国王亨利三世（HenryⅢ.，1210—1272，1216—1272年在位）的妹妹伊莎贝拉（Isabellavon England，1214—1241）结婚，夫妻之间的年龄相差20余岁，这次婚姻的政治目的显而易见。法国国王虽然曾经是海因里希（七世）的盟友，但长期以来施陶芬家族与法国卡佩王朝之间的政治互利，很快就消除了路易九世与弗里德里希二世之间的对立。帝国内外有利于皇权的政治形势、意大利伦巴底城市以及罗马教皇表现出来的敌对态度致使弗里德里希二世仅在德意志停留了两年。1237年秋季，弗里德里希二世率领德意志皇帝的军队兵分两路，越过阿尔卑斯山隘口进入意大利，此后他再也没有回到德意志。