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弗里德里希一世塑造的皇权权威在中世纪的历史上仅仅是昙花一现,随着他的意外身亡,德意志陷入王位争夺的混战之中。教皇因诺森三世借机干预德意志的内政,英、法国王也觊觎德意志的王位。弗里德里希二世登基后,将帝国的政治重心东移,他利用教皇的影响力与德意志诸侯斡旋。英法之间的战争也致使两国放弃对德意志政治的干预。然而,弗里德里希二世一再违背对教皇的承诺,政教之争烽烟再起。为了获得教会贵族的支持,皇帝给予教会极大的特许权,引起世俗诸侯的不满,弗里德里希二世被迫颁布法令,给予世俗诸侯同样的特许权。这两个法令极大地损害了市民阶层的利益。力图篡夺父王权力的海因里希(七世)极力争取市民的支持。父子之间的权势争斗给与教俗贵族增强政治实力的机遇,德意志处于分裂的边缘。
13世纪中叶,从东方返回的德意志骑士团,在帝国的东部地区站稳了脚,并且不断地向东扩张,在其占领的地区建立起一个骑士团王国。德意志骑士团进入东部增强了自7世纪以来德意志持续几个世纪的对东部的殖民。德意志的东进运动不仅开垦了东部的荒原,同时也对德意志农业结构的演变产生了巨大的影响,土地的经营方式有了很大的改变,为北海和波罗的海沿岸新形成的贸易区创造了必要的先决条件。12世纪以后西欧新兴的修士团在东进运动中起到了排头兵的作用,被视为异端教派的瓦尔多派和卡塔尔派也对德意志产生了不能忽视的影响。