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萨克森奥托家族的海因里希二世（HeinrichⅡ.，973—1024，1014—1024年在位）死后无子嗣，与奥托家族有着姻亲关系的萨利尔家族有了获得王位的机遇。奥托一世执政时期，萨利尔家族的红头发康拉德因与奥托的女儿结为连理进入奥托王朝的统治集团，从伯爵上升为公爵，在与德意志的王权诸侯贵族的争斗中萨利尔家族的势力不断壮大。10世纪以后，萨利尔家族因为与王室的近亲关系受到奥托三世的重用，995年，康拉德二世年仅5岁就被封为克恩滕公爵领地的公爵。康拉德二世从小丧父，在沃尔姆斯的主教布尔夏德（Burhard von Worms，965—1025）的监护下长大。1016年康拉德二世与施瓦本公爵夫人吉塞拉（Gisela，989—1043）缔结婚姻，吉塞拉是施瓦本公爵领地的继承人，又通过1014年的第二次婚姻有了勃艮第公国的继承权，康拉德二世迎娶吉塞拉的政治目的不言而喻，这也自然引起海因里希二世皇帝的警觉。海因里希二世以该婚姻不符合基督教教规为由，将康拉德驱逐出施瓦本，致使康拉德二世与皇帝间的关系陷入紧张状态，终因海因里希二世染病身亡才未导致紧张关系的恶化。
海因里希二世去世几周后，德意志的教俗贵族们于1024年9月4日聚集在美因河畔的坎巴选举国王。康拉德二世高贵的出身使他成为德意志王位最有利的竞争者，在美因茨大主教阿里伯（Aribo，990—1031）的强力举荐下，与会的教俗贵族大多都推举康拉德二世为德意志的国王。同年9月8日，阿里伯在美因茨的大主教教堂为其施国王加冕礼，然而他却拒绝为吉塞拉施王后加冕，王后的加冕礼是由科隆的大主教皮尔格林（Pilgrim，?—1036）于9月21日主持。自此之后，科隆大主教和美因茨大主教在德意志境内有了相同的宗教权威和政治地位。
萨利尔家族年轻国王的登基虽然改变了德意志的王朝，但新王朝依然延续前朝提出的“复兴罗马帝国”的政治方向。与萨克森最后一位皇帝海因里希二世比较而言，新国王更善于采用外交手段解决东部边疆问题。
10世纪中叶，位于奥得河与布格河区间的波兰人（Polanen）在梅什克一世（MieszkoⅠ.，922或945—992）大公的领导下迅速崛起。梅什克一世大公通过政治联姻的手段扩大其政治影响，如果说他与波希米亚公爵女儿的婚姻更多的是出于其政治目的，他的儿子博莱斯瓦夫（BoleslawⅠ.，965或967—1025）的几次婚姻的政治目的则更是昭然若揭。博莱斯瓦夫的第一次婚姻是与迈森边疆马尔克伯爵的女儿，这次婚姻的目的是其父为了实现将触角伸进到德意志的迈森边疆马尔克伯爵领地的政治企图。虽然此举得到施瓦本公爵争端者海因里希的认可，但功亏一篑，梅什克随即结束了儿子的这段婚姻。985年他让儿子与匈牙利的一位贵族家族定亲，但因匈牙利与波希米亚之间近乎发生军事冲突，这段婚姻仅维系了两年就结束了。987年，博莱斯瓦夫与索布人（Sorben）多布罗米尔贵族家族的埃姆尼达（Emnida，973—1017）成亲。索布人居住在萨克森和勃兰登堡之间的区域，与德意志的迈森、劳齐茨和北方三个边疆马尔克伯爵领地相邻。992年，博莱斯瓦夫继承大公之位，不仅很快就统一了波兰人的各个部族，并且以多布罗米尔贵族家族所在地为权力中心，借助奥托三世提升自身的政治影响力，成为德意志东部边疆地区最大的威胁因素。海因里希二世执政期间，这种威胁因素被激化为公开的军事冲突。康拉德二世登基后，改变前任的政策，主动放弃与波兰、波希米亚以及匈牙利有争议的一些地区，与其修好，保证东部边疆地区的安定。
1026年，康拉德二世借助伦巴底主教们的支持戴上伦巴底国王的铁王冠。次年的3月26日，教皇约翰内斯十九世（JohannesⅩⅠⅩ.，?—1032，1024—1032年在位）在罗马为康拉德二世和他的妻子主持了隆重的加冕礼。科隆、美因茨、特里尔、马格德堡、萨尔茨堡、米兰以及拉文纳等大主教区的大主教们，在当时有着很大影响力的克吕尼修道院的院长奥迪洛（Odilo，962—1049）等至少70位高级教士，以及随康拉德二世前往罗马的世俗大贵族们见证了这次加冕礼。加冕后，康拉德二世给意大利的修道院和主教区签发17份证书以显示皇帝在意大利地区的权威。同年4月，康拉德二世离开罗马率军南下，接受了南意大利卡普阿、贝内文托和萨莱诺三个地区贵族们的效忠宣誓。
在罗马的加冕以及在意大利取得的胜利提升了康拉德二世在德意志本土的权威，与此同时，他又利用勃艮第与法国之间的矛盾，获得勃艮第的王冠。康拉德二世不仅坐上德意志的皇位，而且还拥有德意志、伦巴底和勃艮第的三个王冠。为了稳固在德意志的统治，康拉德二世迟迟不在那些已镇压谋反叛乱的地区任命公爵和伯爵，而是派遣忠实于他的王室封臣（Reichsministerialitt）管理这些空缺公爵和伯爵的领地土地财产。王室封臣是王室中没有人身自由的侍从，康拉德二世通过他们实际控制公爵领地和伯爵领地的土地收益，扩大皇室的财源。这些王室封臣虽然被委以重要职务，但享有的权利有限，缺少能够在政治上形成割据一方的经济基础。王室封臣是康拉德二世依靠的较为可靠的一股新的政治力量。
教会和修道院是康拉德二世稳固皇权所借助的又一股政治力量。德意志帝国是一个没有建立完善行政机构的公国和王国的联合体，维系这个联合体的是各大公爵对皇帝的承认和效忠、“君权神授”的皇权思想以及罗马教皇施与加冕礼的仪式。作为圣彼得代理人的教皇为皇帝施的加冕礼是对普世的一种宣言，表明皇帝的绝对权威。从奥托一世起，历任德意志的国王都要尊崇在罗马进行皇帝加冕礼的传统，这也是历任德意志的国王进军意大利的最重要的政治原因。奥托一世建立的诸侯与教会并存的政治体制在海因里希二世时期得到进一步发展，他继承自奥托一世以来德意志皇权对教会采取的一贯政策，一方面慷慨地赠与主教领地和各种权利，另一方面又牢牢控制对主教的授职权、设立主教区的权利以及主持和授意召开宗教会议的权利，甚至还参与制定教会的教规。通过这些措施，海因里希二世培植了一个教会诸侯群体，有效地制衡公爵和伯爵的政治势力，以此巩固德意志皇权的权威。康拉德二世在承续萨克森王朝教会政策的同时，更加强对教会的控制，通过教会统治整个帝国，同时也更强化其对修道院的政策。
修道院制度始于3世纪的埃及，源自于东方隐修士的生活模式，4世纪传入西欧。圣奥古斯丁、教皇格雷戈尔一世（GregorⅠ.，540—604，590—604年在位）等教父学家们（Kirchenvater）按照基督教的教义，用“原罪说”、“赎罪说”等基督教的教义将其理论化，对其进行改造，改变东方隐修制度完全退避社会苦修孤寂的生活方式，把进行农业体力劳动看作修行的重要方式，把隐修的生活方式融进基督教，由此给予修道院非常重要的社会经济职能。5世纪末至6世纪中期，西欧的修道院有了很大的发展，在这个发展过程中起到极为重要影响的是修道士诺尔西亚的本尼狄克（Benedikt von Nursia，480—547）。592年，本尼狄克在意大利中部的卡西诺山上建立一座修道院，制定约束修道士生活的院规——本尼狄克院规，开创西欧修道院制度的最初模式。修道院的生活方式和组织原则表明了在现世生活中人们要减轻所承受的原罪压力、改变人的本性的强烈意识。然而，修道院成长起来的动力是因为其所具有的经济因素，它从传入西欧时起就为世俗贵族创造了很大的财富，尤其是在拓荒垦殖活动中修道院做出了重大的贡献，许多农业生产中心都是在修道院的组织下创造出来的。德国著名的社会学家马克斯·韦伯曾经说过：“修道士们是最有条理的、在政治上最没有危害的、也是最便宜的教员。政治统治者们所希望得到的支持再没有比修道士们对被统治人民的影响更保险的了。”
9世纪外族入侵时，西欧各地的许多修道院都遭受劫掠，动荡不安的时局使修道士们无法恪守修道院的规程，修道院的房屋和地产被世俗贵族占有，本尼狄克院规也几乎完全被人遗忘。909年，兰斯大主教区的主教们在特罗斯勒召开的宗教会议上一致谴责修道院的世俗化现象：“城镇空寂无人，修道院被焚为废墟，土地荒芜。正如最初生活在没有法律或约束的状态中感情用事的人们那样，现在每个人都各行其是，无视上帝和人世的法律及教会的法规。满目皆是对穷人的暴力和对教会财富的掠夺，人与人之间就像海中之鱼那样弱肉强食。修道院未能幸免于难，它们有的被异教徒摧毁，另一些则被劫掠剥夺得近乎一无所有。即使那些幸存的修道院，也不复存在对教规的遵从。它们不再拥有合法的上司，因为它们甘受世俗的统治。因此，在修道院中，我们看到的是俗人修道院长和他们的眷属，他们的卫兵及他们的看门狗。”
9世纪中期以后，西欧的封建主们一直试图恢复正在逐渐消失的修道院制度，重建和新建修道院，任命那些有名望的修道士担任院长，赠给修道院地产，授予他们各种特许权，修道院因获得有条件的自由而实现自治。在这其中最具代表性的是克吕尼修道院。克吕尼位于今天法国中东部的勃艮第地区，9世纪下半叶在阿奎丹公爵威廉三世（WilhelmⅢ.，900—963）的管辖之内。克吕尼原本是一个小教堂，威廉公爵在此基础上扩建修道院，并在910年9月11日落成典礼上，任命在当时负有虔诚盛名的圣马丁修道院的修道士贝尔诺（Berno von Baume，850—927）为克吕尼修道院的院长。威廉把原来属于这个教堂的房舍、葡萄园、耕地、牧场、树林以及依附农，都赠给克吕尼修道院，要求院长依据本尼狄克院规严格管理和监督该修道院里的修道士，修道士们有义务为威廉和其家族成员祈祷。
克吕尼修道院的修道士们过着严格的禁欲生活，每天除了做礼拜、诵读圣经和唱赞美诗之外还要从事各种繁重的农业和手工业劳作。修道士必须毫无保留地服从院长，遵守修道院的院规，要做到放弃财产、禁欲、绝婚、缄默、服从、谦恭、友善。为了防止世俗对克吕尼修道院财产和宗教事务的染指，威廉公爵把克吕尼修道院献给使徒彼得和保罗，由罗马教皇监护。克吕尼修道院的修道士们有权共同选举领导他们的院长，可以自主选择信任的主教为其主持授职仪式，也可以自己选择修道院的庇护者。在克吕尼修道院里，修道院院长是使徒的代理人，修道院所在主教管辖区的主教未经院长的邀请不能擅自进入修道院，修道院享有较为充分的自主权和自由权。克吕尼修道院虽然仅仅是着眼于重建修道院内部的宗教生活秩序，但是却显示出一种新的有秩序的基督教社会原则，这是克服封建社会中无政府状态的一种新的措施，因而很快就成为封建世俗贵族可以借助的力量，勃艮第的大贵族们都把自己领地内的修道院交由克吕尼修道院的院长进行改革，或成为克吕尼的子修道院。自927年之后，法兰西的国王和罗马教皇先后多次给予克吕尼修道院各种特许权，首肯其已经享有的一切宗教和世俗的权利，允许其按照自己的模式对其他修道院进行类似的改革。在王权和世俗大贵族的推动下克吕尼修道院的改革得以传播，形成大规模的修道院改革运动。改革后的修道院表现出一种基督教的、自治的、有秩序的原则，成为10至11世纪西欧封建社会中无政府状态下的一支新的政治力量。“那些无视道德或法律的无法无天的封建贵族发现了某种比残暴力量更强的东西的存在，这是他们不敢视而不见的神秘的超自然力量。”修道院的改革运动对德意志王权的教会政策产生了重大的影响。
在德意志，开始推行克吕尼改革运动的是海因里希二世皇帝。海因里希二世青年时曾在希尔德海姆修道院接受教育，培养出一种割舍不断的宗教情节。他与克吕尼修道院的第五任院长奥迪洛有着极密切的交往，在他还是巴伐利亚的公爵时就已经在积极地推行克吕尼修道院的改革，登上德意志的王位之后，更是把修道院的改革运动引入德意志王国的统治政策之中。继位初期，海因里希二世面临着平息地方封建势力叛乱和巩固集权的重任，他试图把克吕尼修道院在改革中建立的秩序和服从的原则吸收到帝国的统治中，下令在普吕姆、斯塔布罗、赫尔斯费尔德、赖兴瑙、富尔达、科尔沃韦、乌勒梅迪、圣马克西米、甘德斯海姆等修道院进行改革，把上述修道院都置于皇帝法权的保护下，成为直属帝国皇权的修道院。在他的授意下，德意志境内的一系列修道院都以改革的形式被置于王国教会的管辖之下。康拉德二世登基之后更是大力支持修道院的改革，他重用前朝修道院改革的干将斯塔伯洛的珀波（Poppovon Stablo，978—1048），委托他在洛林的林堡建立一所修道院，并且指令他对洛林地区的十几所修道院进行改革。为了推行修道院的改革，珀波同时身兼17所修道院的院长。通过珀波对洛林地区修道院的改革，康拉德二世获得洛林贵族对其在政治上的支持，也因为修道院的改革改善了与法国国王海因里希一世（Heinrich I.，1008—1060，1027—1060年在位）之间紧张的关系。抑或可以这样说，与其前任比较而言，康拉德二世更多地是以支持修道院改革运动这种和平的方式稳定德意志各地的局势；同样，他也通过教会平息了在意大利发生的动乱。
1039年6月，海因里希三世（HeinrichⅢ.，1017—1056，1046—1056年在位）成为德意志的君主，他进一步强化修道院与帝国皇权的直属关系。他为多个修道院颁布诏书，解除这些修道院与捐建贵族间的关系。贝罗米斯特修道院和舍尼修斯修道院是由克莱托的伯爵建立的，海因里希三世于1045年分别给这两个修道院颁布证书，给予它们与帝国教会和修道院同等的各项权利，使它们脱离与伯爵的从属关系，成为直属帝国的修道院。同年，海因里希三世在给帕维亚的圣玛丽娅·塞纳托立斯修道院的证书中强调，确立该院与帝国的直属关系，以此为前提给予其自由。乔万尼修道院（Kloster Giovanni）是由蒂特的伯爵建立的，该院于1047年获得海因里希三世的证书，规定它是帝国的直属修道院。海因里希三世通过对修道院的改革强化皇权对修道院的主权，他给予改革后不受世俗封建主管辖的修道院自由，以此来确定修道院与皇权的直属关系。帝国的统治权所以能和修道院的自由相提并论，是因为自由被看作是自愿地服从上帝和他的教会，自愿地服从上帝在世俗的代理人——帝国的君主。
11世纪初期，得天独厚的地理环境使意大利北部作为东西方中介贸易的优势越加突显出来，奥托大帝以来德意志的历任皇帝都是通过任命这一地区的主教和大主教掌控这一地区，给予他们司法审判、开办市场、铸币、征收关税等各种司法和经济的特许权，尤其是米兰的大主教阿里贝托（Ariberto，?—1045）。阿里贝托曾是海因里希二世和康拉德二世的积极支持者，他曾力荐康拉德二世远征意大利，而且还帮助他获得了伦巴底的王位，亲自为其主持伦巴底国王的加冕礼。这些大主教、主教掌握着北意大利的城市，控制着市场、港口和水陆交通要道，他们与这一地区从事手工业和商业活动的城市市民（Bürger）和骑士之间的矛盾越来越深。1035年末、1036年初，米兰市的市民和骑士联合起来反对大主教阿里贝托，与其率领的军队发生武力冲突。北意大利局势的动乱促使康拉德二世做出再次远征意大利的决定。1037年初，康拉德二世进入意大利，为了获得伦巴底贵族和市民的支持，他罢免了阿里贝托米兰大主教的教职，任命其宫廷教士继任米兰的大主教。
海因里希三世不仅在帝国境内大力支持修道院的改革，同时还加强与罗马教会之间的联系，在他的支持和影响下，修道院的改革被引入罗马教会，引发了罗马教会的改革。
康拉德二世留给海因里希三世的是一个实力较为强大的帝国皇权，但是他却一度忽视了与罗马教会之间的关系，致使罗马教会陷入罗马城内教俗贵族之间的纷争之中无力自拔。11世纪40年代，罗马教会再次因教皇的人选问题陷入罗马世俗贵族的派系斗争中。1032年，年仅18岁的迪奥菲拉特被罗马图斯库拉讷家族安置在教皇的宗座上，称本尼狄克九世（BenediktⅨ.，1012—1055，1032—1048年在位）。本尼狄克九世利用教皇的权势打击其他家族的反对派，且行为残暴荒淫，激起了罗马城内各社会阶层的强烈不满。1045年1月，罗马人赶走了本尼狄克九世，选举萨比纳的主教约翰内斯为教皇，称西尔维斯特三世（SilvesterⅢ.，?—1063，1045—?年在位），但这一选举并未能改变罗马教会的局面，他刚上台不久就被罗马城内的贵族图斯库拉讷兄弟赶下台。不甘失利的本尼狄克九世眼看得不到罗马社会各阶层的支持，深感即使重登圣宗座也难以为继，自身地位极不稳固，他遂以1000磅的白银把教皇的职位卖给他的教父格拉蒂安，称格雷戈尔六世（GregorⅥ.，?—1047，1045—1046年在位）。1046年，西尔维斯特三世和本尼狄克九世先后返回罗马，都称自己是合法的教皇，这样就在罗马教会中出现三个教皇并存的局面。罗马教会的这种局面以及教皇受控于罗马城的贵族，不仅不利于德意志皇帝对意大利的控制，而且也动摇了“君权神授”这一神学政治理论的实际基础，这对德意志的皇权是一种潜在的威胁。为了平息罗马教会内部的派系争斗，消除这一潜在的威胁，巩固皇权集权统治的政治，德意志国王海因里希三世毅然于1046年9月率军启程前往意大利。10月25日，海因里希三世在帕维亚主持召开宗教会议，严厉谴责买卖圣职（Simonie）的行径。12月20日，海因里希三世再次在罗马的苏特立宫主持宗教会议，以冒充教皇罪监禁西尔维斯特三世，以买卖圣职罪放逐格雷戈尔六世。3天后，海因里希三世再次召开宗教会议废黜本尼狄克九世，指定德意志班贝格的主教苏伊特格为教皇，称克莱门斯二世（ClemensⅡ.，1005—1047，1046—1047在位）。12月25日圣诞节这天，新教皇克莱门斯二世为海因里希三世夫妇主持皇帝和皇后的加冕礼。然而克莱门斯仅在位一年就去世，本尼狄克九世返回罗马，重登圣宗座。海因里希三世派遣卡诺萨的博尼法修斯（Bonifatiusvon Canossa，985—1052）将其逐出罗马，另立布里克森的主教珀波为教皇，称达马苏斯二世（DamasusⅡ.，?—1048，1048—1049年在位），但他即位仅24天后就暴卒。1049年2月12日，海因里希三世指定他的堂兄图勒的大主教布鲁诺为教皇，称利奥九世（LeoⅨ.，1002—1054，1049—1054年在位）。
图勒主教区所在的洛林地区直至11世纪都在各大主教和主教的控制之下，其中科隆的大主教是这一地区的实际统治者。洛林地区的科隆、图勒、梅斯、凡尔登等重要的大主教和主教都与德意志皇室有着十分密切的血缘关系或者姻亲关系，德意志的历任皇帝掌握着对该地区教职的任免权。自10世纪以来，图勒主教区就积极推广修道院改革运动，这个地区的修道院以高尔茨修道院（Kloster Gorze）的改革为模式。高尔茨修道院由梅斯的大主教于748年建立，深受博尼法修斯的影响，修道院一直在大主教的掌控之下，严格地遵守和执行本尼狄克院规。匈牙利侵入洛林地区时，高尔茨的修道士们为避难四处逃散，修道院因此而衰敝，修道院的地产被当地的教俗贵族瓜分。933年，梅斯的主教阿达贝尔洛（AdalberoⅠ. von Bar，?—962）重建高尔茨修道院，任命以苦修著称的修道士约翰内斯（Johannes von Gorze，900—974）为院长。重建后的高尔茨修道院比克吕尼修道院更严格地遵守禁欲的生活制度，它与克吕尼修道院最大的区别是，修道院的自治和自由是在主教的监护下。
高尔茨和克吕尼改革的重要区别在于，克吕尼修道院是在私有教会制充分发展的基础上进行的改革，因而它只能直接置于罗马教会的监管之下，尽管这种监管是有名无实的，但修道院借助教皇给予的免受主教管辖的豁免权，抵制私有教会的领主染指修道院的财产和宗教事务，建立起一个完全独立自主的宗教团体。高尔茨修道院是在德意志帝国教会的体制上进行的改革，修道院在大主教的监管之下，修道院的所有宗教事务以及院长的选举都要获得大主教的同意和批准，完全服从于大主教。高尔茨修道院的这种改革模式有助于增强大主教、主教在地方的宗教和政治的权势。利奥九世是高尔茨改革派的积极推动者和参与者，他在担任该主教区的大主教期间就牢牢地控制了教区内的所有修道院，同时还要求教区内的教士也同样要遵循修道院的禁欲生活制度。
洛林地区的主教们十分重视从教义理论上阐明修道院的改革运动。10世纪末、11世纪初，列日的主教诺特格（Notger von Lüttich，?—1008）在他的教区内成立当时颇有名望的教堂学校，从教会法权和教义的角度阐述修道院的改革。在洛林的列日主教区的教堂学校培养了一批在此后的罗马教会的改革中起到重要作用的改革骨干，让布卢修道院的院长奥尔贝特（Olbert von Gembloux，?—1048）、沃尔姆斯的主教布尔夏特（Burchard von Worms，965—1025）、乌得勒支的主教阿达巴尔德（Adalbald II.，?—1026）以及列日的主教瓦措（Wazo von Lüttich，?—?）等等。奥尔贝特院长和布尔夏德主教以德意志帝国的教令为基础，编辑11世纪的教会法令集，瓦措主教是最早批评世俗干预教会事务的教士。利奥九世登上圣宗座之后，把高尔茨修道院改革的模式引入罗马教会，他不仅依靠德意志皇帝的势力抑制罗马城内贵族对教会的渗入，而且还从他后来所在的主教区和邻近的教区挑选一批积极主张改革的有名望的教士进入罗马教会，他们中间有修道士希尔瓦坎迪达的洪贝特（Humbert von Moyenmoutier，1006或1010—1061），勒米尔蒙的胡戈·坎迪杜斯（Hugo Candidus，?—1099），洛林公爵的兄弟、副主教弗里德里希——即后来的斯蒂芬九世教皇（StepahanⅨ.，1020—1058，1057—1059年在位），以及后来成为教皇格雷戈尔七世（GregorⅦ.，1020—1085，1073—1085年在位）的希尔德布兰德。这些力主改革的主教和修道院院长们协助利奥九世平息了罗马教会内部的派系斗争，形成一个以教皇为首的改革派核心，在此基础上组建一个由7位枢机主教（Kardinal）、28位枢机祭司和18位枢机副祭司组成的枢机主教团（Kardinalskollegium），罗马教会自此有了一个坚实的常设机构，这就杜绝了由某个有势力的贵族家族或者世俗势力操控罗马教会的可能性。利奥九世在德意志皇帝海因里希三世的支持下，依靠枢机主教团与罗马的大贵族展开不妥协的斗争，这场斗争的焦点是反对买卖圣职。
买卖圣职涉及到教会的权限、宗教仪式的权限，关系到教会的自主和自治，是导致教会世俗化的一个重要因素。反对买卖圣职的斗争首先得到德意志皇帝海因里希三世的支持，他在德意志和意大利多次召开的宗教会议上颁布法令，明令禁止以购买或贿赂的手段获得任何教区的或者修道院的职务。改革派的核心人物则在神学理论上对此进行了阐述，1054—1085年这30余年间，希尔瓦坎迪达的洪贝特撰写了三卷本的论著《斥买卖圣职者》（Libritres adversus simoniacos）。他认为，授予主教权杖和戒指的仪式应该完全是教会的权力，教会的任何职务都不应该由世俗授予，无论他是国王还是皇帝，而是应该按照传统的基督教教义由教士或者教徒选举产生。洪贝特认为，买卖圣职是一种罪过，是异端（Hresie）的行为，那些通过购买或贿赂获得圣职的人主持任何圣事都是无效的。洪贝特还特别强调，不仅要谴责那些通过买卖手段窃取圣职的人，而且更要严厉地指责那些出售圣职的人。与此同时，利奥九世也颁布教令，因贿赂得到圣职的教士须经过重新审定后才能再接受授职礼（Weihe）。
禁止买卖圣职的一个有效措施是严肃教会内部的纪律，首先制定了教士的独身制（Zlibat）。进行改革的教皇认为，娶妻生子的教士不会全身心地把自己的一切都奉献给基督，而且还会因为继承权致使教士的职位成为世袭，那些世袭教士职务的家族不可避免地要瓜分教会的财产，教会的权力也因之被分割，教会的世俗化无法避免。只有那些把自己的全身心都奉献给基督的教士组成的教会才能成为基督教社会的中心。利奥九世实施的反对买卖圣职、教士独身制以及要求教士坚持禁欲等改革措施的最终目的，是要求所有教士都无条件地服从罗马教皇的绝对权威。1049年，利奥九世在法国兰斯召开的宗教会议上宣布，在基督教教会中教皇享有至高无上的权力，并采取各种措施实现这一宣言。
利奥九世通过授予改革的修道院各种特许权，尤其是给予修道院免受当地主教管辖的豁免权，将其置于罗马教会的直接管辖下。依附于罗马教会的修道院得到了有条件的自由，即：修道院要服从罗马教皇的管理，只有教皇才有权为由修道士们共同选出的院长主持授职礼。他在给予德意志南部地区修道院的所有特许权中都强调修道院与教皇的隶属关系，修道院要遵守“罗马的传统”，多次强调只有教皇才能为修道院的院长主持授职仪式。利奥九世还积极建立与地方教会间的直接联系，他在任期间周游西欧各地，在罗马停留的时间总计不足6个月。利奥九世在所到之地召开教区或教会省的会议（Synoden），斥责买卖圣职的现象，强调圣职要由教士选举产生的教士担任，用教令规范教士的道德行为，大力推行独身制，禁止世俗通过任何手段瓜分教会的财产。不仅如此，利奥九世还经常派遣教皇特使出访各地，把教皇的通谕传到各地。教皇的亲临和教皇特使的频繁光顾，直接干预各地的教会事务，教皇的教令所具有的法权超越了封建领主的司法权，从而具体地实践了教权至上的理论。为了证明教会的权威高于任何封建领主，利奥九世组织编撰教令集，以《伊西多尔教令集》（Isidorus Mercator）为依据，收集了公元2世纪以来历任教皇的将领书信以及历届宗教会议颁布的教令和宗教法规，其中包括著名的《君士坦丁赠礼》。这部此后被证明是伪造的《伊西多尔教令集》（Pseudoisidor）得到利奥九世的充分肯定，视其为教会法的权威性资料，并在书信中多次引用。
利奥九世通过巩固和扩大教皇国的实际领地为教权的权威构筑了实际的支座，为此，他与德意志皇帝海因里希三世达成协议，以停止对班贝格主教区行使教会法权、放弃征收富尔达修道院的税金为代价，换取贝内文托公爵领地的统治权，将其归为罗马教皇的直辖领地。为了扩大在意大利的领地范围，利奥九世还把目标对准土地辽阔、物产丰富、与东方有着持续贸易往来的南意大利和西西里。早在8世纪，南意大利的一些重要的经济地区都被归入拜占庭的皇室领地，这些地区的主教脱离了罗马教皇的管辖。9世纪，由于阿拉伯人占领西西里，拜占庭的势力逐渐地退居到君士坦丁堡，1016年诺曼人占领南意大利和西西里半岛。重新把罗马教会的势力扩张到南意大利，是利奥九世矢志不渝的奋斗目标。他多次出巡南意大利，在当地推行修道院改革，1050年任命教会改革的得力干将洪贝特为西西里的大主教，以加强罗马教廷对该地区的影响力。为了达到目的，利奥九世还不惜动用武力，于1053年亲率教皇军进攻在意大利的诺曼人，但由于德意志皇帝海因里希三世中途撤军，没有履行助他一臂之力的诺言，致使教皇军孤立无援，惨败奇维塔。利奥九世被诺曼人俘获，关押数月后才获释返回罗马。这是罗马教会第一次凭借武力扩大领地，在此之前，罗马教会一直把宗教信仰作为精神武器，以此获得丰厚的土地和财产，借助宗教信仰对世俗的政治事务施加影响。利奥九世采取的军事行动说明罗马教会开始朝着宗教诸侯国的方向发展。
罗马教会对南意大利的政策引起了始终垂涎该地区的拜占庭帝国的敌意，为了抵制罗马教会势力的扩张，君士坦丁堡的大牧首米恰尔·色鲁拉里乌斯（MichaelⅠ. Cerularius，1000—1059，1043—1058年在位）发出连环信，通谕南意大利地区的主教们，谴责罗马教会主持的圣餐礼不符合基督教的教义，因此是无效的，并且宣布没收那些按照拉丁仪式举行礼拜的教会和修道院的财产。利奥九世针锋相对，援引收录在《伪伊西多系教令集》中的“君士坦丁赠礼”予以反击，因为在“君士坦丁赠礼”中明确说明了罗马教会的地位：“我们决定，彼得的教区统治其它四个教区——亚历山大教区、安提阿教区、耶路撒冷教区和君士坦丁堡教区，以及全世界所有教区，罗马教会的最高教士在任何时候都比全世界所有教士更高尚、更光荣。关于宗教礼仪及信仰问题，其裁定权应高于所有人。”利奥九世还进一步指出：“没有人能够否定，彼得及其继承人决定着整个教会的制度和结构。就像门轴启合着门而本身并不移动一样，彼得及其继承人有权宣判任何一个教会、任何人都不许背叛或者怀疑他们的身份，因为最高主教不受任何人仲裁。”1054年，利奥九世派遣枢机主教洪贝特和洛林的副主教弗里德里希为教皇的特使前往君士坦丁堡，与米恰尔·色鲁拉里乌斯进行谈判，但遭到其拒绝，同时还阻止他们在君士坦丁堡按照罗马教会的礼仪主持礼拜仪式。同年的7月16日，洪贝特当着众教徒的面把罗马教皇有关革除色鲁拉里乌斯及其追随者教籍的训谕呈献在圣索菲亚大教堂的圣坛上：“我以神圣不可分割的圣父、圣子、圣灵之名，以及全体参加过7次大公会议的、具有使徒职务的神父之名宣布，将米恰尔及其同谋者处以绝罚，羞辱所有的买卖圣职者、瓦利齐派教徒和所有的异端者，以及魔鬼及其代理人。”色鲁拉里乌斯毫不妥协地予以回击，他召开宗教会议，指责洪贝特等人“像雷霆、或风暴、或冰雹，或者更准确地说，像野猪一样，为了推翻真理，自黑暗之西方来到虔信之国”，宣布将罗马教皇的使节革除教门。长期以来东西方教会之间在教义、领地等方面日益激化的矛盾最终酿成公开的冲突，最终导致东西方教会的大分裂（Das Morgenlndische Schisma），在基督教中形成了以罗马教会为首的天主教教会（katholische Kirche），以君士坦丁堡教会为首的东正教教会（Orthodoxe Kirche）。
经过改革的罗马教会加强自身的建设，有了较为坚实的核心集团——枢机主教团，以此增强罗马教会的独立性，抵制世俗势力对教会事务的染指，尤其是在选举罗马教皇方面，罗马教会的改革派力图通过改革选举教皇的程序摆脱德意志皇帝的控制。在这同一时期，德意志的皇位因海因里希四世幼年登基、皇后阿戈内斯（Agnes von Poitou，1025—1077）为摄政王（Reichsverweser）而摇摆不定，这也为罗马教会提供了有利的时机。1057年7月28日，教皇维克托二世谢世，枢机主教团违反奥托一世以来的惯例，未经摄政皇后的同意于8月2日推举圣卡西诺修道院院长弗里德里希为教皇，即斯特凡九世（StephanⅨ，1020—1058，1057—1058年在位）。这是进入中世纪以后第一位不受任何世俗政权干涉、由罗马教会自己选举出来的教皇。斯特凡九世上任仅一年就去世，罗马城内的图斯库拉讷家族企图再次掌控罗马教廷，推举其家族的枢机主教为教皇，称本尼狄克十世（BenediktⅩ.，?—1073至1085之间，1058—1060年在位）。以希尔德布兰德为首的枢机主教团借助洛林公爵戈特弗里德（GottfriedⅢ.，?—1069）的军事力量赶走本尼狄克十世，选举佛罗伦萨的主教格哈德为教皇，即尼古劳斯二世（NikolausⅡ.，990或995—1061，1058—1061年在位）。1058年，枢机主教洪贝特再次为了斥责买卖圣职撰写了《斥买卖圣职者》的第二卷，书中明确阐明反对买卖圣职的目的是要彻底清除包括德意志皇帝在内的所有世俗势力在教会中的影响，他重申圣奥古斯丁的宗教理论，天国的权力高于地上的权力，因此精神的权力高于世俗的权力。他讥讽由世俗任命的圣职是“头脚倒置”，违背了基督教的教规（canon），是蔑视基督教的信仰。为了杜绝再次出现世俗干涉教皇选举的事件，尼古劳斯二世教皇于1059年在拉特兰宫召开宗教会议，颁布选举教皇的敕令（Papstwahldekret），该敕令中规定只有枢机主教有权推荐教皇候选人，由枢机主教团认可，下级教士和世俗只能对枢机主教团的决议表示赞同或反对；教皇候选人只能从罗马教廷的枢机主教中遴选，只有当教廷中没有合适人选时才能在其他教会中挑选；可以在罗马城以外的任何地方举行选举教皇的程序。1059年的选举教皇敕令可以说是罗马教会提出教权至上理论的最初宣言，它的依据是“君士坦丁赠礼”。“君士坦丁赠礼”的核心内容是：圣彼得是基督耶稣的“宗徒之长”，是被指定为上帝圣子在世上的代理人，教皇是圣彼得的继任，因而他应该享有至高的统治权，君士坦丁的皇权只是地上的，他尊敬和称颂代表天国权力的罗马教皇，为此他迁都君士坦丁堡，罗马城应是基督教世界的中心，统治基督教世界的教皇只能由罗马教廷选举。
在对教义理论进行再三诠释的同时，尼古劳斯二世还改变了进一步谋求南意大利领地的策略，他派遣蒙特卡西诺修道院的院长道夫利乌斯即后来的教皇维克托三世（ViktorⅢ.，1027—1087，1086—1087年在位）于1059年3月在诺曼人占领的坎帕尼亚、阿普利亚、卡拉布利亚地区的所有修道院中推行罗马教会的改革措施，同时还任命枢机主教希尔德布兰德为教皇的特使，频繁地与诺曼诸侯接触，与诺曼人建立良好的关系。占领意大利的诺曼人一直被视为入侵者，这种身份给他们的对外交往带来诸多不利，诺曼诸侯一直尝试改变自己的外来者的身份，罗马教会向他们伸出的橄榄枝很快就被接受。1059年8月，诺曼公爵阿普利亚的罗伯特·吉斯卡德（Robert Guiskard，1015—1085）和卡普阿的伯爵理查德（Richard von Capua，?—1078）与教皇在梅尔菲签订和约，罗伯特和理查德向教皇行臣服礼，对其宣誓效忠；教皇把他们占领的地区作为罗马教会的采邑分封给他们，为此他们每年要向教皇交纳采邑税，负有保护教皇的义务。尽管诺曼人是一个极不顺从的封臣，一直没有停止过对外扩张，甚至还于1061年袭击教皇国的领地，多次抢劫和火烧罗马城，但与诺曼人建立的采邑关系使罗马教会有了除德意志皇权之外的又一个可以借助的军事力量，继诺曼人之后，教皇又与西班牙的阿拉贡王朝确立了采邑关系，在勃艮第、匈牙利都有了自己的世俗封臣。
与世俗封建主之间确立的采邑关系促使罗马教会的权力欲膨胀，罗马教会要确立其在基督教世界至高无上的权力，就一定要摆脱世俗权力对教会宗教事务的干预，在这个历史时期德意志皇权面临的危机为罗马教会谋求权力提供有利的契机。