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面对新的形势和需求，我国产业技术创新能力发展仍存在一些亟待解决的问题，主要表现在以下几个方面：一是企业创新能力仍然薄弱，尤其缺乏具有国际竞争力的创新型领军企业；二是科技成果转化机制尚不成熟；三是原始创新动力依然不足，制约不同性质和类型企业创新的体制机制障碍仍然存在，创新创业活力有待进一步加强；四是制造业技术升级面临严峻外部环境，存在一定的技术升级风险。
一是适应产业变革要求的新型产业创新体系还未形成，对企业技术创新的源头支持不足，创新链条和体系不完整，市场在产业技术创新中的基础性作用有待进一步发挥，国家层面的创新支撑服务体系尚不完善，产业各方对于产业共性关键技术的研发积极性不足，各类创新平台对于技术创新的支撑服务作用尚不明显。
二是关键共性技术需进一步突破。在构建现代产业技术体系、加快转变发展方式、培育和发展战略性新兴产业、促进产业结构优化升级、增强自主创新能力和核心竞争力等关键环节中，产业关键共性技术具有应用基础性、关联性、系统性、开放性等特点，因其研究难度大、周期长，已成为制约我国产业健康持续发展和提升产业核心竞争力的瓶颈问题。
三是产业创新服务体系不完善，共性技术研发载体和战略性支撑能力不足，面向中小企业创新创业的服务机构和平台有待加强。
一是科技成果转化率比较低。多项数据表明，尽管中国的专利数量众多，但专利转化率不到10%，而美国和日本的专利转化率分别为70%和80%。专利转化实施不力已成为中国自主创新和产业升级的重要障碍，很多发明并没有转化为技术专利，技术专利也没有转化为产品，经济和科技两张皮的问题仍然比较突出，科技成果与市场的需求结合不紧密，科技成果转化的政策和机制有待进一步健全。
二是科研机构与产业化机构协同能力较差。我国创新资源重复分散，创新载体分散重复建设，资金、设备等创新资源配置的重复浪费现象严重，创新过程中的“孤岛现象”十分普遍，产学研用协同创新能力仍然不足。
三是产业核心关键技术受制于人的局面还没有得到根本改变，许多研发成果停留在实验室阶段或中试阶段。同时，很多产业处在价值链中低端，高端产业低端化现象明显。
从整体上来看，我国创新上重集成创新、引进消化吸收再创新，造成我国在一系列核心关键技术上受制于人。同时，我国多数制造企业在国际产业链分工中仍处于“制造—加工—组装”的低技术含量和低附加值环节，创新能力不强。创新体系、技术创新能力与发达国家相比依然存在较大差距，部分关键核心技术及装备主要依赖进口，核心领域自主创新能力仍然需要进一步加强。尤其在高端产品创新设计方面，设计工具软件受制于人，设计方法和理念不够先进，创新设计能力较为薄弱。
近年来，我国制造业正面临着“前有标兵、后有追兵”的局面，欧盟等发达国家吸引制造业企业回流，东南亚等国家积极承接产业转移，步步紧逼，形势愈发严峻，对我国产业发展形成一定程度上的“围堵”。以轻工、纺织和电子信息等劳动密集型及出口导向型为代表的产业正加速向东南亚地区转移。同时部分产业链中高端环节的掌控能力还较弱，这对我国产业安全和就业稳定都造成一定程度上的冲击和威胁。从产业转移的演变趋势来看，新一轮科技革命与本次全球范围内产业转移交汇，全球价值链分工重塑；从国际形势和外部环境的变化来看，经贸摩擦加速产业向东南亚转移，企业积极寻找制造成本红利；从承接产业的地区来看，东南亚国家出台有针对性的政策，大力吸引外资投资建厂。