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会计档案分类是会计档案整理工作的一项核心内容。这项工作的质量如何，将直接关系到会计档案前端控制和收集工作的成果能否得到有效巩固，关系到会计档案组卷、排列和编号的质量能否得到保证，关系到会计档案其他工作能否顺利进行。因此，在会计档案管理工作中，必须做好这项工作。
常用的会计档案分类排列方法主要包括：“会计文件形式（财务报告、会计账簿、会计凭证、其他会计资料）—会计年度—保管期限分类排列法；“会计年度—会计文件形式—保管期限”分类排列法；“会计年度—组织机构—会计形式—保管期限”分类排列法；“会计年度—会计类型—会计形式—保管期限”分类排列法。目前，较为常用的分类排列方法是第一种，即“会计文件形式—会计年度—保管期限”分类排列法。可结合本单位实际情况选择其中一种分类排列法。
这种分类排列方法，先将会计资料按照会计文件形式（财务报告、会计账簿、会计凭证、其他会计资料）分开，在同一个类别下再按年度分类，将一个年度内同一类别的会计资料按保管期限从高到低降序这种排列。分类排列方法的优点是：一个类别的档案集中排列，保持了类别的连贯性，便于按类别查找会计档案；按类别集中排列档案，档案的外形基本一致，排列美观、整齐；保持了会计档案类别的连续性，类目体系清楚，管理方便，便于按类别查找和利用，保存一定年限后，对应销毁的会计档案按类销毁，不会影响其他类别案卷的排列顺序，且分类目录可作为销毁清册，无须重新编制。不足之处是：同一年度会计档案分散排列在各个类别中，不便于按年度查找；由于每类会计档案的案卷是每年顺延编号，实际排列编号到999时必须重新从1开始，而且须预留较多的空位。财务报告、账簿、凭证，应以本或册为单位，一本或一册编一个卷号，即为会计档案的案卷号。
这种方法适用于多数中小型单位，即会计档案年形成量不大的单位，也是目前多数单位所采用的方法。具体样例如下：
1.财务报告
2009年
（1）年度财务报告（决算）（永久）
（2）月、季度、半年财务报告（10年）
2010年
（1）年度财务报告（决算）（永久）
（2）月、季度、半年财务报告（10年）
2.会计账簿
2009年
（1）银行存款账（30年）
（2）现金出纳账（30年）
（3）总账（30年）
（4）明细分类账（30年）
（5）固定资产卡片（30年）
（6）辅助账簿（30年）
2010年
（1）银行存款账（30年）
（2）现金出纳账（30年）
（3）总账（30年）
（4）明细分类账（30年）
（5）固定资产卡片（30年）
（6）辅助账簿（30年）
3.会计凭证
2009年
（1）收款凭证（30年）
（2）付款凭证（30年）
（3）转账凭证（30年）
2010年
（1）收款凭证（30年）
（2）付款凭证（30年）
（3）转账凭证（30年）
……
4.其他会计资料
2009年
（1）年度内部控制评价报告（永久）
（2）年度内部控制审计报告（永久）
（3）会计档案保管清册（永久）
（4）会计档案销毁清册（永久）
（5）会计档案移交清册（永久）
（6）银行余额调节表（10年）
（7）银行对账单（10年）
2010年
……
这种分类排列方法，先将会计资料按会计年度分开，再把一个会计年度的会计资料按财务报告、会计账簿、会计凭证、其他会计资料四种形式分类排列。
将资料分为四大类后，在四大类中按永久、30年、10年的保管期限降序排列，一年度编一个案卷流水号。这种分类方法简便、容易掌握，分类与保管方式一致，便于按年度查找会计档案，可以充分地利用档案库房和装具。这种分类方法适合单位预算。
它的不足之处是：由于每年度的档案有四类，而档案的外形又不尽一致，所以案卷的排列不美观，上架后会出现高低错落、大小不一。具体分类排列样例如下：
2009年
1.财务报告
（1）年度财务报告（决算）（永久）
（2）月、季度、半年财务报告（10年）
2.会计账簿
（1）银行存款账（30年）
（2）现金出纳账（30年）
（3）总账（30年）
（4）明细分类账（30年）
（5）固定资产卡片（30年）
（6）辅助账簿（30年）
3.会计凭证
（1）收款凭证（30年）
（2）付款凭证（30年）
（3）转账凭证（30年）
4.其他会计资料
（1）年度内部控制评价报告 永久
（2）年度内部控制审计报告（永久）
（3）会计档案保管清册（永久）
（4）会计档案销毁清册（永久）
（5）会计档案移交清册（永久）
（6）银行余额调节表（10年）
（7）银行对账单（10年）
2010年
1.财务报告
（1）年度财务报告（决算）（永久）
（2）月、季度、半年财务报告（10年）
2.会计账簿
（1）银行存款账（30年）
（2）现金出纳账（30年）
（3）总账（30年）
（4）明细分类账（30年）
（5）固定资产卡片（30年）
（6）辅助账簿（30年）
3.会计凭证
（1）收款凭证（30年）
（2）付款凭证（30年）
（3）转账凭证（30年）
4.其他会计资料
（1）年度内部控制评价报告（永久）
（2）年度内部控制审计报告（永久）
（3）会计档案保管清册（永久）
（4）会计档案销毁清册（永久）
（5）会计档案移交清册（30年）
（6）银行余额调节表（10年）
（7）银行对账单（10年）
这种分类排列方法，首将会计资料按会计年度分开，再把一个年度的会计资料按单位内的组织机构分开，将每个机构内形成的会计资料按类别分开，然后按不同保管期限分开，一年度编一个案卷流水号。这种方法适合多个部门产生会计档案的单位以及各级总预算会计单位。具体分类排列样例如下：
2009年
1.国库处财务报告
（1）年财务报告（决算）（永久）
（2）月、季度、半年财务报告（10年）
（3）银行存款账（30年）
（4）现金出纳账（30年）
（5）总账（30年）
（6）明细分类账（30年）
（7）固定资产卡片（30年）
（8）辅助账簿（30年）
（9）会计凭证 （30年）
（10）其他会计资料会计档案保管清册（永久）
（11）会计档案销毁清册（永久）
（12）会计档案移交清册（30年）
（13）银行余额调节表（10年）
（14）银行对账单（10年）
2.预算处财务报告
……
3.会计处财务报告
2010年……
……
这种分类排列方法，先将会计资料按会计年度分开，再把一个年度的会计资料按会计类型（税务部门的税收计划、税收会计、经费会计）分类，然后按同一属类内的报表、账簿、凭证顺序结合保管期限进行排列。这种分类排列方法适合专业性强的税务机关的会计档案。具体分类排列样例如下：
2009年度
1.税收会计
（1）财务报告（永久）
（2）会计账簿（30年）
（3）会计凭证（10年）
（4）其他会计资料（永久、30年、10年）
2.经费会计
（1）财务报告（永久、10年）
（2）会计账簿（30年）
（3）会计凭证（30年）
（4）其他会计资料（永久、30年、10年）
……2010年度
另外，有些会计单位，也将会计档案的分类同会计档案的移交工作结合起来考虑，并且提出了如下两种会计档案的分类方法：
（1）“保管期限—会计年度—会计文件形式”分类法。即首先根据鉴定工作的结果将同一种保管期限的会计档案作为一个大类，其次根据会计年度划分每个大类中的二级类目，最后把各个年度类别中的会计档案按照形式划分三级类目。这种分类的结果，可以较为便利地将具有相同或相似保存价值的会计档案集中起来加以排列。在对一部分保管已到一定期限的会计档案移交档案馆或剔除销毁时，不需进行费时费力的倒架，便可以将新的会计档案放置在已经腾空的档案装具中。
（2）“保管期限—会计文件形式—会计年度”分类法。这种分类方法与第一种分类方法的区别是：二级类目的划分标准和三级类目的划分标准不同。
以上会计档案的分类、排列、编号方法各有利弊，各单位可根据具体情况，酌情选用。