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新《会计档案管理办法》的出台，在多方面对会计档案管理工作进行了创新，这些创新主要有以下方面。
一直以来，电子会计资料需输出纸质文件归档形成会计档案。这一做法在新的形势下已完全不合时宜，不利于互联网条件下会计工作及会计档案管理工作的需要。新的《会计档案管理办法》最大的变化就是规定电子会计资料可实行电子化单轨制归档保存。这意味着，实施了会计信息化或会计电算化的单位，电子会计资料归档时可以仅归档电子的，而不须输出纸质载体归档，更不必电子和纸质会计资料同时归档。这项修改，得到了各单位的一致好评，大幅度降低了会计档案管理成本，有利于优化会计核算流程，促进财务共享中心的建设，符合绿色发展的要求。
一是将定期保管期限由原《会计档案管理办法》规定的五类合并为两类。新《会计档案管理办法》第十四条规定，“会计档案的保管期限分为永久、定期两类。定期保管期限一般分为10年和30年”。即将会计档案的定期保管期限由原来的3年、5年、10年、15年、25年五类调整为10年、30年两类。会计档案的保管期限是从“会计年度终了后的第一天算起”的。例如，2014年形成的凭证类会计资料，其归档后的会计凭证档案的保管期限是从2015会计年度开始起算的。
二是将凭证和账簿两类会计档案保管期限作了适当延长。将所有单位的银行存款余额调节表、银行对账单、纳税申报表，财政总预算、行政单位、事业单位和税收部门的国家金库编送的各种报表及缴库退库凭证、各收入机关编送的报表、国家金库年报（决算），基本建设拨款、贷款年报（决算），行政单位和事业单位的会计月报表、季度报表和税收会计报表的保管期限统一为10年。将企业的原始凭证、记账凭证等凭证类档案由原先的15年延长为30年。将总账、明细账、日记账、其他辅助性账等账簿类会计档案由原先的25年延长为30年。会计档案移交清册保管期限为30年。将行政单位和事业单位的各种会计凭证，财政总预算拨款凭证和其他会计凭证由原先的15年延长为30年。将财政总预算、行政单位、事业单位和税收部门的日记账、总账、税收日记账、明细分类、分户账或登记簿由原先的25年延长为30年。这些要求主要体现在新《会计档案管理办法》的附表1和附表2。
三是在保管期限表的设置上坚持原则性与灵活性相结合。新《会计档案管理办法》第十五条第一款规定“各类会计档案的保管期限原则上应当按照本办法附表执行，本办法规定的会计档案保管期限为最低保管期限。”这意味着，各单位在划定会计档案保管期限表时可以根据需要自行设置相应的保管期限，但自行设置的保管期限不得低于新《会计档案管理办法》规定的最低期限。如某单位认为部分会计凭证比较重要，可能在未来一段较长的时期里需要查询利用，将该批会计凭证划定为50年。这种做法是符合新《会计档案管理办法》有关精神和要求的。反之则不行，即不得将凭证类会计档案划定为低于30年。这种原则性与灵活相结合的做法，为各单位结合实际划定会计档案保管期限预留了空间，有利于会计档案的管理。
原《会计档案管理办法》规定，保管期限一到，会计档案即可进行销毁。新《会计档案管理办法》在这方面做了调整，增加了销毁前的鉴定环节，要求会计档案保管期限到期后，应进行鉴定，将需要延长保管期限的会计档案鉴别出来继续保存，以方便工作。
原《会计档案管理办法》规定，销毁时需要进行外部监督。如机关单位的会计档案销毁需要财政部门监销，财政部门的会计档案销毁需要审计部门监督。随着简政放权政策的实施，这种外部监督明显不合时宜，加上此要求多年来一直未能很好贯彻，新《会计档案管理办法》将此要求删除，改为内部监销。
原《会计档案管理办法》要求会计年度终了后，会计档案可暂由会计机构保管一年，一年后应当移交本单位档案机构统一保管。在实际工作中，很多单位的会计机构需要应对会计师事务所的审计以及业务主管部门、审计部门、税务部门的检查，通常近三年的会计凭证、账簿、报表需要随时查阅。为此，新《会计档案管理办法》规定，“当年形成的会计档案，在会计年度终了后，可由会计机构临时保管一年后再移交单位档案管理机构保管。因工作需要确需推迟移交的，应当经单位档案管理机构同意。会计机构临时保管会计档案最多不超过三年。”