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1984年财政部、国家档案局联合印发了《会计档案管理办法》，并于1998年进行了第一次修订。《会计档案管理办法》实施十多年以来，在规范和加强会计档案管理、促进会计工作更好地为经济建设服务等方面发挥了积极作用。近年来，随着我国市场经济体制的不断健全、经济社会的快速发展以及信息技术的广泛应用，会计档案的范围内容、承载形式、管理手段、应用程度等均发生了较大变化，《会计档案管理办法》原来的有关条款已经无法适应新情况和新变化，突出表现如下。
（一）近年来，党中央、国务院积极推动“互联网+”行动和“大众创业万众创新”，我国基于互联网的新业态、新模式蓬勃兴起，国家对会计档案的管理提出了新的需求。如2013年国家发改委联合有关部委下发《关于进一步促进电子商务健康快速发展有关工作的通知》（发改办高技〔2013〕894号）文件，其中第二条就提出“推动电子商务企业会计档案电子化试点工作。财政部会同有关部门，组织开展会计档案电子化管理试点工作，修订完善《会计档案管理办法》，研究完善电子会计档案管理制度，推进电子会计档案在电子商务领域中的应用，充分发挥电子会计档案在电子商务领域会计信息数据管理、利用等方面的作用，推动电子商务领域会计信息化，提高会计信息质量。”2015年5月4日，国务院下发《关于大力发展电子商务加快培育经济新动力的意见》（国发〔2015〕24号）文，专门要求税务总局、财政部、国家档案局、国家标准委等部门“逐步推行电子发票和电子会计档案，完善相关技术标准和规章制度”。
（二）随着各单位信息化水平和精细化管理程度的日益提升，越来越多的会计凭证、账簿、报表等会计资料以电子形式产生、传输、保管，形成了大量的电子会计档案，需要予以规范。
（三）随着各单位经营管理对会计核算多维信息需求的增加，会计档案数量大幅上升，档案管理工作面临着成本效率问题，会计档案的保管方式需要进行变革。
（四）随着我国会计法律法规的不断完善，以及国家有关档案管理标准的出台或修订，会计档案的范围、保管、利用、销毁、交接等方面的规定需要予以调整或进行完善。
（一）有利于推动互联网创新经济的发展。新修订的《会计档案管理办法》肯定了电子会计档案的法律效力，电子会计凭证的获取、报销、入账、归档、保管等均可以实现电子化管理，将大大推动电子凭证的在线传递和线上应用，为互联网创新经济发展提供了有力的政策支持。
（二）有利于促进形成绿色、低碳的发展方式。党的十八大报告强调，要着力推进绿色发展、循环发展、低碳发展，形成节约资源和保护环境的空间格局、产业结构、生产方式、生活方式；党的十八届三中全会进一步提出要加快建立生态文明制度。党的十八届五中全会提出必须牢固树立并切实贯彻创新、协调、绿色、开放、共享的发展理念。新修订的《会计档案管理办法》允许符合条件的会计凭证、账簿等会计资料可以不再打印纸质资料归档保存，同时要求建立会计档案鉴定销毁制度，完善销毁流程，推动会计档案销毁工作有序开展。这些新的规定将节约大量纸质会计资料的打印、传递、整理成本以及归档后的保管成本，减少社会资源耗费，推动节能减排，有利于形成绿色环保的生产方式。
（三）有利于推进国家治理能力现代化。国家治理体系和治理能力现代化需要大数据的支撑，需要通过广度信息聚合、深度数据挖掘、扁平网络传递，实现决策科学化、管理精细化。电子会计档案是电子会计资料的归属，新《会计档案管理办法》明确将电子会计档案纳入会计档案范围，将大力推动电子会计数据的深度开发和有效利用，为政府决策和管理提供更多维度、更具参考价值的会计信息。
（一）第一次修改阶段（2010年—2011年）。为探索会计档案电子化管理的有效模式，规范电子会计档案管理，修改完善1998年版《会计档案管理办法》，从2010年底开始，国家档案局会同财政部先后赴中海油、中国电信、中国联通等企业以及广东省的有关行政事业单位开展了调研和座谈。根据调研情况，对《会计档案管理办法》进行修改，重点规范电子会计档案管理，并结合电子会计档案的特点，对会计档案的定义、范围、归档、查阅、销毁等内容进行了修改，形成了征求意见稿，并于2011年6月在全国财政系统征求意见。根据各地的反馈意见，国家档案局会同财政部对《会计档案管理办法》的有关内容再次进行了修改完善。在此次征求意见过程中，不少单位提出，会计档案管理工作目前面临的最大问题就是如何规范管理电子会计档案，电子会计档案需要先进的信息技术来支撑，保障电子会计数据的真实、完整、可读、安全，建议选择一些企业开展相关试点，完善技术、培养人才、积累经验、形成标准。
（二）开展试点阶段（2012年—2014年）。2012年，国家档案局会同财政部，按照“企业主动申请、符合必要条件”的原则，确定在中国电信广东省分公司、中国联通集团公司开展会计档案电子化管理试点工作，试点内容为“以电子形式保存记账凭证、总账、明细账、日记账、内部信息系统产生的原始凭证和外部的银行回单”。2013年2月，国家税务总局印发了《网络发票管理办法》（国家税务总局令第30号），提出“省以上税务机关在确保网络发票电子信息正确生成、可靠存储、查询验证、安全唯一等条件的情况下，可以试行电子发票”。为此，国家档案局会同财政部、国家税务总局、审计署联合组织中国人民财产保险股份有限公司开展会计档案电子化管理试点，试点内容扩大到电子发票的入账报销和归档保存。2013年4月，发展改革委、财政部等13个部委发布了《关于进一步促进电子商务健康发展有关工作的通知》（发改办高技〔2013〕894号）提出“推进电子会计档案在电子商务领域中的应用，充分发挥电子会计档案在电子商务领域会计信息数据管理、利用等方面的作用，推动电子商务领域会计信息化，提高会计信息质量”。结合电子商务企业的快速发展对电子化管理的迫切需求，财政部会同发展改革委、国家税务总局、国家档案局选择部分地区和企业开展电子发票及电子会计档案管理综合试点工作。2014年7月，财政部会同国家档案局进一步推动财政票据会计档案电子化工作，并在厦门开展试点。
（三）第二次修改阶段（2014年—2015年）。在试点基础上，2014年10月国家档案局、财政部再次启动现行《会计档案管理办法》的修改工作，成立了由试点单位工作人员及有关专家组成的《会计档案管理办法》修订工作组，对现行的《会计档案管理办法》进行了集中修改；2014年12月国家档案局印发了《会计档案管理办法（征求意见稿）》，向社会公开征求意见，收到反馈意见近200条；2015年5月再次印发征求意见稿，向社会公开征求意见，收到反馈意见100多条。两次的反馈意见主要集中在以下五个方面：一是建议在该办法的基础上出台相关细则或解读材料，对各类会计档案的保存和归档要求（如电子档案存储介质、环境及备份要求）以及仅以电子形式归档保存需要满足的条件等方面进行详细说明，以便更好指导各单位开展会计档案管理工作；二是建议修改或完善仅以电子形式保管的会计档案的具体条件，如电子会计档案与纸质会计档案的关系、外部原始凭证的电子签名等；三是建议明确会计档案销毁工作的组织、流程和责任等；四是建议延长会计机构移交会计档案的时间，以及明确电子会计档案移交的有关要求；五是建议明确会计档案携带出境的要求，并修改完善驻外机构和境内单位在境外设立企业的会计档案的相关规定。国家档案局和财政部对收集的意见进行了集中讨论和研究，充分吸收了其中的合理化建议，形成了《会计档案管理办法（修订草案）》。
在修订期间，国家档案局多次召开有关业务司部参加的协调会，讨论有关条款的修改。为确定有关条款内容，2015年5月，国家档案局领导亲自召开会议，讨论本办法的征求意见稿。9月29日，财政部、国家档案局召开了公开征求意见后的专家咨询会议，在会上，专家对个别条款提出了完善性修改意见。