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在军事领域，军事系统是指为了进行或保障武装斗争所需的物资、人员及它们发挥作用的原则和方法的总和，这些组成的有机组合使每个系统组成部分（要素）能完成一定的任务。按照军事系统的复杂程度，可以分为复杂军事巨系统，如国家武装力量，复杂军事系统，如陆军、海军、空军、火箭军等，简单军事系统，如陆军集团军、师、旅、团等。
军事系统运行出现问题是因为系统工作的结果与预定的目标不太一致，这种情况常常归结为军事系统工作条件的复杂性和不稳定性。军事系统工作的结果与预期的目标绝对相符未必就是现代复杂系统的合理要求。在资源有限的条件下，总是要使所取得的结果与目标之间的偏差最小化，这也是完善军事系统的主要促进因素。军事系统研究的任务在于保证这个问题的快速和高效解决。
确定完善军事系统的措施或建立新军事系统解决新问题的研究程序如图1-1所示。
图1-1 军事系统研究的程序
首先，揭示和确定军事系统的最终目标。该阶段是对实际结果（系统发挥作用的结果）与系统目标（预期结果）进行比较，找出存在的问题。对系统工作过程进行分析，根据系统发挥作用的原则和方法，研究系统结构及确定系统的薄弱环节，进一步明确问题。这个阶段之所以复杂是因为所研究的军事系统要完成庞大的总体任务，有时最明显的任务往往被错误地认为是主要任务，从而使后续分析工作的难度加大了。
其次，通过对军事系统工作过程的分析，建立功能结构图和组织结构图，揭示问题的实质，找出形成这些问题的根本原因。
最后，确定军事系统的解决方案。最终方案是对许多中间方案多次分析后的结果，它们充分反映了军事系统发挥作用的原则和方法，决定系统的整个分析结论。
通过以上几个步骤的系统研究，得到军事系统的目标和子系统的任务，通过系统调整优化，形成军事系统备选方案并最终形成改进军事系统的建议。因此，研究军事系统问题的方法就是通过研究军事系统的所有组成部分及它们之间的联系，采取不断优化的步骤，找出改进完善军事系统途径的一系列研究和分析方法。
通常依据研究对象的系统特征，确定系统研究的原则。系统具有集合性、整体性、层次性、关联性、目的性、适应性等众多特征，开展系统研究应该遵循以下基本原则。
（1）军事系统研究的第一个原则是必须集中关注系统的整体而不是系统的个别组成部分，这也反映了系统作为整体对象的性质，关于研究对象的整体性观念是所有系统研究的出发点。
在军事系统中，其整体性是由系统的目的性来决定的。系统的各组成部分（子系统）所要完成的任务就是系统要实现的总目标。系统各组成部分之间建立的所有联系都是为了实现总目标。子系统的任务作为下一级子系统的目标。其任务结构示意图如图1-2所示。
图1-2 军事系统的任务结构示意图
（2）军事系统研究的第二个原则是必须关注研究对象的动态过程。不仅关注研究对象的具体过程，还要关注达到目标的总体过程。军事系统中的过程应该看作系统与外界环境相互作用的反应，特别要注意建立反映军事系统稳定发挥作用、实现系统目标的过程模式。
（3）军事系统研究的第三个原则是对研究对象进行结构分析，即研究军事系统的组织结构。系统组成部分的数量、名称和复杂性，以及组成部分的层次分布，各组成部分之间联系的性质和特征，系统外部联系的性质，隶属组成部分的数量和功能—以上这些就构成了军事系统的组织结构模式。