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军事系统研究方法是从一系列实用学科借用来的，如数学逻辑、控制论、博弈理论等，遵循上述军事系统研究的基本原则并综合使用这些方法可以取得理想的结果。
在控制论中，系统的运行是由输入、过程、输出、限制和反馈（逆向联系）等共同决定的。系统发挥作用的形式是过程改进的基础，可供改进的部分有输入、过程、输出、限制和逆向联系（反馈）。
采用控制论方法进行军事系统分析的一般过程如图1-3所示。
图1-3 采用控制论方法进行军事系统分析的一般过程
过程的输入是指所有的物质部分及能源、劳动力、资金和其他资源，也就是劳动对象和劳动工具。过程是指所有的输入部分在系统工作时所经历的全部转换、变化。
过程的输出，首先是指实现过程所达到的那个目标；其次，输出还包括未耗尽的资源、资料和材料部分，它们可以重新参加输入过程。未耗尽的各种资源重新回到输入过程叫作逆向联系。逆向联系从一个方面反映了作为劳动对象的输入组成部分的变化，这种变化是系统发挥作用的结果。
限制是指军事系统工作的要求和上一级系统给本级系统的条件。
第一个限制是军事系统首先给它的从属系统提出目标，从属系统的目标是上一级系统目标中的一个分目标。
第二个限制是军事系统各组成部分之间协作所采用的作用原则和方法。每一个子系统的过程实现不是随意的，上级系统中使用的方法是子系统构建和发挥作用的原则。
军事系统发挥作用的原则反映了它们的外部联系，被研究系统所采用的方法决定了其内部联系，系统发挥作用的原则和方法应该是协调一致的。
在内部联系的构建和作用中，任何与由上而下原则的偏离，均可能导致系统过程的错误，从而导致系统过程失去稳定性。
第三个限制是作用于输入的资源。这里的资源包括物质资源、劳动资源、信息资源及时间资源。
另外，还有来自周围环境方面的限制，军事系统外部环境的改变会影响被研究系统的性质，这些限制包括军事系统作用的时间和地点、同一级别相邻系统的作用、敌对（对立）系统的作用等。
军事系统一般可以预先确定过程的质量标准，即军事系统的功能效率和经济效率。功能效率是指在实际条件下军事系统达到预定目标的程度，经济效率是指实现预定目标所耗费的资源。
根据功能效率和经济效率指标，可以对重新设计的军事系统方案进行比较，或者对现有军事系统完善的合理性进行评价。一般情况下，计算出具体军事系统中上述量化指标是非常困难的，计算精度取决于对被分析军事系统的建模水平和相关数据的可信程度。