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中药灌肠疗法又称肛肠纳药法，属中医内病外治法之一，是在中医理论指导下选配中药煎煮并将药液自肛门灌入，保留在直肠、结肠内，通过肠黏膜吸收治疗疾病的一种方法。
早在东汉末年，张仲景所著《伤寒论·辨阳明病脉证并治》中记载“大猪胆汁一枚，泄汁，和少许醋，以灌谷道内，如一食顷，当大便出宿食恶物，甚效”，开创了中药肠道给药的先河。
中医认为，大肠具有传化糟粕、吸收部分水液的作用。由于肺与大肠通过经脉络属构成表里关系，药物自大肠吸收入体内，通过经脉复归于肺。肺朝百脉，宣发肃降，将药物输布于五脏六腑、四肢百骸，从而达到整体治疗的作用。若病位在肠腑、盆腔等邻近部位，灌肠疗法可使药物直达病所，充分发挥药物的局部治疗作用。
现代医学认为，直肠的肠壁组织是具有选择性吸收和排泄功能的半透膜。另外，直肠有丰富的静脉丛，药物可以通过肝脏门静脉、下腔静脉、淋巴组织循环进入体循环，促进了药物的吸收。
中药灌肠疗法分为保留灌肠法、清洁灌肠法、直肠滴注法，目前儿科临床常选用直肠滴注法和保留灌肠法。直肠滴注法对肛门直肠等局部组织的刺激较其他灌肠疗法小，并且减少了因短时间注入药量过大导致药液溢出肛门的弊端；且药物在肠道内保留时间长，对于久病体虚、耐受性差、需多次反复用药的小儿可用此法。若需短期少次给药或哭闹好动的小儿可选用保留灌肠法。
灌肠疗法具有用药方便，小儿和家长易接受，药物易吸收，肝肾毒副作用小等优点。
（1）用药方便，易为小儿和家长接受。小儿口服给药不易灌喂，小儿在哭闹时易出现呛药、呕吐现象，影响疗效。直肠给药只需让小儿俯卧位，将药液轻轻推入肛门即可，而且药物吸收快、起效快。
（2）药物易吸收。直肠给药是除口服和注射之外的第三种重要的给药途径，肠道的生理特点为药物吸收创造了优越的条件。直肠周围有丰富的动脉、静脉、淋巴丛，肠壁组织是具有选择性吸收和排泄功能的半透膜。婴幼儿肠壁较薄，具有通透性高、肠壁孔隙大、蛋白质结合率低、可使药物分布容积呈增大趋势的优点。据研究，中药灌肠在吸收速度、显效速度上比丸、片、栓、汤剂均快，达峰浓度高，达峰时间短。
（3）肝肾毒副作用小。小儿的肝肾等器官发育还不健全，口服给药需经由肝肾等器官代谢，容易加重肝肾负担；而直肠给药是通过直肠黏膜吸收，直接进入循环，可减少药物对胃肠道的刺激，减轻肝肾负担。