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众所周知，在转轨经济中影响区域发展的因素有两类：一类是那些自然和技术的因素，如地形地貌、交通运输、基础设施等；另一类是制度、体制、机制、政策等人为的障碍因素。在这两类因素中，前一类因素影响和决定区域一体化发展的成本和效率，只要存在空间区位和技术水平差异，就会有不同发展成本，从而有不同的发展水平差异；后一类泛指体制机制的摩擦成本，也是我们在推进区域一体化发展中真正需要花大力气消除的因素。因为，只有制度和政策的差异，才可以系统地、大幅度地影响和扭曲要素和资源的合理配置，从而形成人为的发展差异。也就是说，区域是不是一体化发展，主要看各个区域是不是充分开放的，是不是存在各种人为的制度和政策障碍；而自然条件和技术因素的限制，不是区域是不是一体化发展的充分必要条件，它只影响一体化发展的效率，从而影响经济发展水平的高低。当然，这两类因素之间也是相互影响的。如交通运输和基础设施的改善，是区域一体化发展的基础，有利于制度分割状态的改进和迅速推进市场一体化；制度障碍的消除和分割状态的改进，反过来有利于推进基础设施跨区域合作，利于技术在更大的市场范围内规模化、集约化地有效利用。
经济体制机制问题的核心是正确处理政府与市场的关系。因此，更高质量地推进长三角一体化，构建各个地区投身一体化建设的动力机制，就是要协调好政府与市场的关系，充分发挥政府和市场次序有别的“双强”作用。发挥政府强力推动作用的目的是营造让市场发挥决定性作用的环境。要在竞争和协商中处理好各自的利益诉求，设计出牵引一体化的动力引擎。
当前，长三角一体化发展上升为国家战略之后，三省一市的合作发展进入崭新阶段。早期各地在互联互通、生态保护、产业创新、市场改革、公共服务等方面取得重要收获的基础上，如何向更高质量一体化的行线推进，使在决策层形成的共识的基础上，同时在执行层面上设计出各方利益共享的机制，这是国家战略得以顺利实施的关键问题，因为只有参与方都能尝到一体化的甜头，才是真正可执行、可持续的一体化。
长三角地区过去的非一体化的表现形式，无论表现为交通运输、基础设施等互联互通的不通畅，还是体制、机制原因形成的市场障碍，直接原因在于“一亩三分地”的地方保护主义。不论是过去还是当前，地方政府出于各自短期利益的“各自为政”都是正常现象，关键是通过制度设计形成各地竞相开放的动力机制。构建这一动力机制的障碍，可能存在于以下方面：
一个地区是否愿意选择一体化战略，往往会考虑本地与周边地区的“扩散效应”和“虹吸效应”哪个更大。如果周边会更多虹吸本地要素，或者本地要素更多会扩散到周边地区，将会表现为区域之间竞争大于合作。过去搞外向型经济，上海与周边江浙地区都把吸引跨国公司制造业作为重要的战略，大家都要吸引加工贸易型的FDI，在这种情况下，上海通过与周边地区互联互通降低整个区域制造业交易成本的动力就减弱了。当前，上海紧抓“四个中心”的核心功能，致力于打造体现国际高端水平的新功能，这种与周边错位发展的战略就为一体化提供了基础。
当今世界高新技术产业的发展，主要集中在信息产业、生物医药、装备仪器、新能源、新材料产业等方面，一个国家和地区的实体经济发展，也主要依赖于这几类产业。这不可避免地导致各地区就这些产业领域竞争，采取各类优惠政策支持这些产业本地化发展。这一点已经为2008年金融危机以来十余年各地发展实践所证明。地方集中资源发展少数热门产业带动区域转型升级，在某种意义上已经成为一种模式定势，要求各个地区有动力通过产业政策协调放弃以政策洼地进行产业竞争，存在相当的难度。
政府扶持本地企业发展的一个重要手段，是对本地市场进入限制以及在政府采购方面倾斜，例如：规定出租车市场只能使用本地生产的汽车，限制外地啤酒产品进入本地市场等，有的还以特种行业为由限制外地企业进入。利用本地市场保护扶持少数企业发展，虽然可能搬起石头砸自己的脚，但仍有地区信奉市场保护能够快速见效，这种短视的地方政府可能没有动力加入统一的大市场中来。
各个区域在机场、港口、重大科技仪器和实验室等具有公共产品性质的基础设施的选址和落地方面存在竞争，地方政府在一种具有利益边界明确的制度结构下的市场竞争，必然是寻求地方行政区域边界内的垄断利益最大化和成本最小化，表现为公共产品尽量在本地实现“外溢”，而建设成本最好是由中央政府或别人承担。这导致公共产品除了盲目竞争和重复建设之外，在选址和建设方式等方面也是为了本区域的利益最大化，而不是从长三角一体化的整体角度配置公共资源。
在构建长三角一体化的动力机制上，“强政府”和“强市场”的作用都要发挥，但位次有别。更好发挥政府作用的目的，是营造发挥市场作用的环境，这表现为以下两个方面。
第一个方面，在一体化的过程中只有首先发挥政府的强力推动作用，才能充分发挥市场的作用。这是因为：
（1）地方保护的市场壁垒只有政府才能形成，也唯有政府才能打破。也就是说，从阻碍统一市场建立的因素来看，在几乎所有影响市场运行格局和效率的因素中，不论互联互通的有形壁垒还是体制机制壁垒，只有政府的行政权力才有可能长期地、有力地、大幅度地扭曲、分割和限制市场。因此，就通过区域一体化形成统一市场、清除市场壁垒、公平竞争发展环境、提高资源配置效率的目标来说，首先需要政府自身的改革，尤其是要协调和平衡好产业政策与竞争政策之间的关系。
（2）地方追求自身利益所进行的独立决策，难以避免社会成本的发生，因此有限的中央政府和长三角层面上的干预是必需的。长三角一体化需要在全国统一的法律和政策体系的规范下，逐步修正和统一各成员地区的地区性法规和政策，废除与一体化有冲突的地区性政策和法规。在现阶段，表现为需要减少相互之间负外部性的干扰，协调各地既有的经济社会发展战略，以有意识地适应区域经济一体化的需要。
第二个方面，在政府建立初步竞争规则之后，应当让市场发挥更大的作用。当交通基础设施等公认的一体化领域达成共识之后，政府为推进区域一体化发展提供外在环境的任务初步完成。在更深层次利益调整过程中，唯有市场机制才能自动产生经济一体化发展的内生效应。当前一体化过程中发挥市场机制的作用主要体现在以下方面：
（1）确保微观主体在长三角一体化中的利益诉求。创造各类平台和氛围，让基层政府、广大企业等利益攸关方在长三角一体化问题上充分发声，表达各自的利益，从而保证一体化的思路和方案从最初设计开始就是符合市场内在规律的，有利于推进执行。
（2）以市场化的原则协调和处理一体化过程中的地方利益冲突。包括机场、港口等基础设施的地点选择和差异化定位、重大科研平台的落地方式、创新载体合作模式等深层次一体化合作中的问题，均涉及各个地区重大利益调整乃至矛盾冲突，解决这些问题依靠行政命令即使暂时能够达成平衡，也无法得到微观层面持续执行。只有让相关主体按照市场的原则，以价格机制作为主要调节手段充分地讨价还价和动态调整，形成的方案才具有生命力。
（3）充分发挥企业在长三角经济一体化中的作用。在各地政府对企业跨区域行为限制进一步减少的过程中，行政区划形成的天然障碍能够由企业的一体化来克服。随着体制机制的改革打破影响区域间生产要素自由流动的障碍，企业会最敏锐地捕捉到长三角区域内的商业机会，整合区域内的资源。当所有的企业都根据长三角各地比较优势进行企业层面的资源配置时，一体化的格局就将自然形成。