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长三角一体化，说到底就是指在四省市经济区域中，各行政区的政府之间不断消除各种阻碍资源和要素流动的障碍，实现各自针对外部的竞相开放和市场充分竞争的过程。一般而言，阻碍资源和要素流动的障碍，主要有两类：一类是与自然条件有关的资源和技术因素，如较低水平的基础设施，将直接提高一体化的运行成本；另一类是跟体制机制有关的制度因素，如各种阻碍一体化的法律、政策、条例和垄断等，它们直接提高了一体化的制度性交易成本。这样，推进长三角一体化发展就有两个维度：一是要加强以交通、通信等为代表的基础设施建设，实现各区域互联互通，为一体化扫清技术的障碍；二是解放思想，大胆进行制度改革和制度创新，扫清一体化发展的体制机制障碍。
其实，影响地区间各主体的竞相开放的主要障碍，在于政府的超经济强制力量。制度高于技术。基础设施等条件是可以通过投资迅速改善的，企业垄断因素阻碍资源配置的状态，也是可以用反垄断法来打破的，但是很难有一种力量，去主动打破政府出于行政边界的利益考虑而对市场进行的分割。这些阻碍资源和要素流动的政府方面的障碍，绝大多数都是地方政府在经济转轨时期参与市场竞争的过程中慢慢形成的，有的还固化为地方性的或明或暗的规则。所以“解铃还须系铃人”，需要在中央的统一协调下，各地方政府运用竞争政策对照自己过去颁布的各种地方法规、条例、政策和措施，主动拆除与统一市场形成不吻合的制度障碍，在任何新的经济政策出台前，要经过竞争政策的审查。这些事情都是实施长三角一体化国家战略中亟须做的。
根据推进长三角高质量一体化发展中可能遇到的各种显性和隐性障碍，必须按照先易后难的原则，对其进行分类改革和制度创新。一体化发展的推进要有顺序和重点领域，应就具体问题一项一项分析和解决，避免在一体化的广泛领域引发抽象的议论，仅停留在文字和口头上而长期没有实质性的行动。
第一，竞争性产业部门。这个领域推进更高质量一体化发展的重点，不是政府去详细地规划、规定哪个地区布局什么产业，生产什么产品和服务，而是要减少政府管制，实现开放的充分竞争，以竞争实现市场协同，达到资源配置最优的目标。竞争性产业部门如果按照统一规划、协同发展的思路，必然陷入计划经济的窠臼。过去一直有一种流行的分析，认为长三角地区在产业布局上各自为政，重复布点严重，产业结构趋同状况加剧。判断的依据一是认为三大产业结构或者工业结构相似度很高；二是认为各地产业规划的建设目标经常瞄准类似的产业。据统计，过去16个城市口径下的长三角城市群中，各地“十三五”规划选择电子信息业的有12个，选择汽车作为重点发展产业的有11个，选择石化业的有8个，高新技术产业的发展也主要集中在IT产业、生物医药、新材料产业等方面。其实，现在统计上得出产业趋同的判断，依据的是一、二位数的产业分类方法。如果把产业分类精细到四、五位数的水平，即具体的产品层次分类的情况下，根据我们观察，根本不存在所谓的“产业趋同”现象。另外，即使各地的企业在投资领域的项目有所重复，但也是市场竞争无法避免的，是分散决策中的合理现象，也是市场竞争所需要的。市场其实不怕竞争也不怕项目的重复投资，怕的是没有竞争的垄断，怕的是缺乏收购兼并机制，怕的是无法正常退出。这才是问题的根本所在。
第二，公共产品生产领域。这是相对容易实现更高质量一体化发展的领域。在这个领域推进一体化发展的重点工作，主要是在基础设施的超前规划、建设的统一指挥和连接点的互通、管理协调上的一致性等方面。说它相对容易实现更高质量一体化发展，主要原因一是它不能通过市场竞争来提供，而是要发挥政府的有为作用，必须是政府间就公共利益来进行有效的协调；二是在现阶段中国的治理体制中，只要有上级政府来协调推动，一般不会再存在什么大的障碍和摩擦；三是这些基础设施可以用建设成本共担、利益共享的机制来推进。因基础设施建设的统一性、不可分割性特征，各地政府必须主动让渡有关的规划、建设和管理的权力，根据一体化协议交给某个机构统一行使，只有这样才能有效地协调公共利益。如长三角一体化示范区的建设，如果青浦、吴江、嘉善等地不是按照这个原则来规划建设和管理基础设施，那么在横跨三个行政区的边界内运营示范区，必然存在严重的协调和效率问题。
第三，民生性消费领域。这个领域的更高质量一体化发展，其实质效应是缩小地区间、城乡间在公共福利上的差距。因此它涉及最广泛的既得利益群体，也是最难以实现的领域，需要十分慎重。尤其是与户籍、地方财政投入有关的各种本地居民的福利，如教育、医疗、养老、基本住宅等领域的一体化，现在基本上没有可以立即实施的社会条件。这些领域直接涉及本地居民个人利益。在供给资源较为丰富的发达地区，公共资源会在所谓的民生一体化中变得拥挤不堪，大城市的本地居民利益也会迅速被稀释，从而一定会遭到本地居民的强烈抵制和反对。因此一体化战略在现阶段，不能脱离现实发展阶段制约，不能从均贫富的理念和要求出发陷入盲动，不可能在发展差距很大的地区间搞民生的“一样化”，更不可以是“一起化”。地区间民生发展水平差距的平抑，要通过生产率差距的缩小和分配调节逐步来实现。
第四，投资活动领域。投资可以实现增量资本或存量资本的股权联合，因而可以作为实现一体化发展的有效工具。就增量资本来说，各地以政府为主的投资，或政府投资引导民间投资的活动，可以在企业一级实现地区间就某一项事业的实质性联合，为通过企业内部的治理机制实现区域高质量一体化奠定现实的微观基础，如可以考虑在长三角一体化示范区内，由上海领头四省一市政府带领企业共同投资举办科技创新企业；可以在沿“一带一路”走出去的过程中，引导和帮助长三角地区的民营企业联合起来投资经济技术开发区，以此来达到国际产能合作的目的。就存量资本来说，鼓励企业在长三角区域内的收购兼并，除了可以消除区域内长期存在的严重的产能过剩问题外，还可以实现产业发展和市场运作的实质性一体化。
第五，科技创新合作。长三角高质量一体化发展的一个重要目标，是试图利用一体化发展中的统一大市场的功能，以及各地资源互补的能力来实现创新驱动发展。这样，科技创新合作就应该是长三角一体化的重要内容，也是从高速度发展进入高质量发展的基本要求。国家已经赋予上海要建设有世界影响力的科技创新中心的重任，仅仅依靠上海现有的科技资源和人才力量，是不容易实现的。如果能够在长三角一体化中充分利用江浙皖的科教资源、人力资本和产业基础，实现这一目标的时间进程将会被大大压缩。但是我们应该看到，科技创新合作是外部性最大的事情，制度设计稍有疏忽，就很容易出现搭便车的情况，从而使合作进程受阻。从西方发达国家企业间进行科技创新合作的实践看，真正成功的案例并不多，可总结的经验或规律也很少见。这提示我们，对长三角科技创新一体化的问题，要有严密的机制设计，对政府出面干预研发合作的实际效果，也要有清醒的预判。
第六，地方政府的制度创新。从根本上说，要实现共同发展、协调和协同发展，最重要的是四省市地方政府要在中央指导下，建立一个具有实施竞争政策功能的新机构，这个机构从精兵简政的角度看，可以由现在各地的法院通过合作形成，作为具体的执行机构。竞争政策是保证统一市场顺利运行的最根本规则，也是市场一体化基础制度，其他的经济政策必须首先服从竞争政策的要求。在竞争政策指导下，一是可以对一体化区域内的市场竞争有效规范，保护竞争而不保护竞争者，从而提升长三角竞争效率；二是可以对区域内政府管辖的某些具有半竞争性事业竞争整合，发挥规模经济和范围经济的作用，如对长三角区域内的港口码头、机场等，可由上海相关主体出面按照股份公司原则整合。2002年，上海港“租借”洋山港，由上海方投资为主，在2005年建成了上海洋山深水港一期；2006年宁波港、舟山港合并。这些已经收到了1+1＞2的巨大效果。这两个行政区在港口业务上的一体化尝试，突破了行政区划对于港口业务乃至经济事务的掣肘。如果上海港、宁波舟山港、南京港、连云港等进一步实现一体化，将会收到更高质量一体化的效果。