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长三角区域一体化三十多年来的实践说明，在中央政府向地方政府放权让利、塑造出分散竞争主体的转轨经济体制中，中国经济的市场化程度虽然有了巨大的提升，地方保护主义有所缓解，省间市场一体化水平有所提高，但正如许多国内外研究者所观察到的那样，作为转轨经济体制的固有顽疾——“行政区经济”，即经济运行中的市场行政分割和市场碎片化竞争的问题，在我国经济运行中并没有得到彻底解决，甚至在有些方面出现了新的市场分割形式。
“行政区经济”中的碎片化竞争最有损于资源配置的经济效率，既无法通过强大市场形成对资源吸纳的能力，也无法用统一市场促进企业达到规模经济状态从而增强国际竞争力。党的十八届三中全会指出，“建设统一开放、竞争有序的市场体系，是使市场在资源配置中起决定性作用的基础”。党的十九大报告进一步强调要清理废除妨碍统一市场和公平竞争的各种规定和做法，指出经济体制改革必须以完善产权制度和要素市场化配置为重点，实现产权有效激励、要素自由流动、价格反应灵活、竞争公平有序、企业优胜劣汰。建设统一市场、要素市场化配置从哪里开始做起比较好？在大国经济中当然首推区域市场一体化发展。因为，区域市场一体化发展就是消除区域分割，就是拆除要素流动的各种壁垒，实施相互开放，让产品和要素可以按照市场规律去高效率地配置。这正是全国统一市场建设的核心内容和基础机制。另外，从发展阶段看，像中国这种处于发展中的经济大国，各地情况复杂，区域发展差异很大，全国统一市场建设、要素市场化配置的任务不可能一蹴而就，而必须分区域、分步骤和阶段推进，例如：要首先从长三角这样的文化相通、地域相近、经济发达的区域做起。在推进区域市场一体化的基础上，如果再强调各个一体化经济区之间的相互开放，以此推进全国统一市场的建设，可能就是最优的改革次序选择和工作步骤。
长三角地区作为中国经济最发达的区域，党中央决定首先把其高质量一体化发展上升为国家战略，这是中央对长三角过去二十多年来一体化发展努力和探索的充分肯定，是在中美贸易摩擦的大背景下，国家借助区域协调机制完善中国改革开放总布局、发掘经济发展新动能、发挥中国经济韧性的具体行动。当然，更意味着中国已经准备好了在区域市场一体化基础上，开始了建设统一开放、竞争有序的强大国内市场的行动。
如果说建设统一市场、要素市场化配置要从区域市场一体化开始，那么长三角区域高质量一体化发展应该首先从哪里做起呢？答案是应该从鼓励和支持长三角区域市场一体化开始。主要理由是：
第一，长三角区域一体化发展只有以市场一体化为核心，才可以逐步把处于分割状态的“行政区经济”聚合为开放型区域经济，把区域狭小规模市场演变为区域强大规模市场。长三角地区的加总经济规模虽然在全国各区域处于首位，而且由区域内人均收入水平决定的购买力也不算小，但是就企业发挥规模经济效应所需要的现实市场规模来说，却不算大。这是因为，与全国其他地区一样，因省际行政关系的分割，长三角区域市场并不是统一市场，也不是一个可以被企业高质量利用的一体化的市场。不要说长三角三省一市间，即使在一个省的内部，也存在大量的市场非一体化现象。例如：存在大量的实际产出远低于设计产能的制造企业、港口码头等。如果市场是一体化的，这些产能严重过剩的企业将被并购，从而生存下来的企业达到最佳规模，实现合理的产业分工。
但实际情况是企业间各自为战，竞争性项目缺乏市场协调，省际企业收购兼并阻力重重。显然，如果打破市场分割，实施区域间相互开放，放手让区域内有效率的企业收购兼并低效率的企业，让企业成为市场一体化的决策主体，就有可能真正形成一体化统一的大市场，实现以市场一体化为核心的区域一体化发展。
第二，长三角区域一体化发展只有以市场一体化为核心，才可以据此转换经济全球化的发展模式和机制。在过去以出口导向为特征的经济全球化中，长三角地区对全球市场的利用是十分积极而且充分的，但是对区域的、国内的市场利用，却是非常不够的，尤其是江浙地区的制造业，借助于全面实施外向型经济发展战略，把大量的过剩产能都销售到了海外市场。在当今逆全球化趋势下，国际市场不可能再像过去那样为长三角的经济发展提供增长动力，未来必须利用国内市场，因而培育和形成一个强大的国内市场规模的问题显得越来越迫切和重要。只有通过区域市场一体化的手段和工具聚合起强大的区域市场，以及在此基础上逐步形成国内超级市场规模，才有可能构建起类似于美国那种基于大国经济强大内需的经济全球化模式，并在超级规模的内需支撑下，通过企业间的竞争形成合理的产业分工和企业规模，才能为实现基本现代化而需要的持续的经济增长提供动力机制。
第三，长三角区域一体化发展只有以市场一体化为核心，才可以据此虹吸全球先进的创新要素，发展中国的创新经济，实现产业链向中高端攀升，实现高质量发展。长三角过去的比较优势是物美价廉的生产要素，利用其加工制造出口长期获取低附加值收入。由于国际代工的产品都是跨国公司事先研发和设计好的，代工厂只需要按图纸生产制造就可以了，因此代工厂并不掌握创新的技术和诀窍。现在长三角低价要素这个优势，随着国内生产成本的提高和外国企业的进入正在逐步地衰减。新的比较优势正在崛起，它就是随着区域市场一体化进程加快而日益壮大的国内市场规模。这种强大的区域统一市场或国内强大市场，既有利于促进中国企业取得规模经济效应和国际产业竞争力，又有利于中国企业走出去投资办企业，还有利于中国企业利用自己的巨大需求把研发、设计等知识密集环节向国外企业发包，在这个过程中学习外国企业的知识和技术。总之，可以有利于中国企业广泛吸收东道国的知识资本、技术资本和人力资本，形成新的全球分工或产品内分工格局，使中国企业从GVC低端的成员，成为全球创新链中的一个有机组成部分。
第四，长三角区域一体化发展只有以市场一体化为核心，才可以使长三角地区突破分割治理的传统模式，进入经济一体化协同治理的新阶段。生产要素市场化配置，即在更广范围内实现自由流动与组合，尤其是劳动力的自由流动与竞争性配置，是市场一体化的核心和重要内容。只有以劳动力为中心的生产要素实现了市场化配置，区域经济一体化才能真正实现，否则任何所谓的一体化都是不完整的，都没有摆脱“分割式治理”的基本特征和属性。而且，所谓的“分割治理”，其实主要就是对生产要素市场化配置进行行政限制。在此基础上所展开的区域发展竞争，也主要体现在要素流动不充分条件下的高速度、高投入、低质量的经济发展。市场一体化基础上的区域间协同式治理，就是要求各地以区域统一开放市场建设为目标，坚决破除本位主义的思维定式，在统一规划管理、统筹土地管理、制定促进要素自由流动的制度、创新财税分享机制、推动基础设施共建共享、统筹协调公共服务、联防共治生态环境等方面，合力探索有利于长三角一体化发展的治理结构和治理机制。
根据阻碍区域市场一体化的因素，推进长三角区域一体化高质量发展最重要的问题可能有如下几个方面：
第一，过去提倡和鼓励地方政府间的竞争发展，现在实施一体化国家战略要提倡和鼓励地方政府间的合作协调发展。地方政府间的竞争是中国过去经济发展的重要动力，但是它却是导致市场行政分割和市场碎片化问题的关键因素。解决“行政区经济”这个问题的关键还在于：一是要改革对地方政府官员的业绩考核评价体系，把实现一体化发展而不仅是生产总值、财政收入等作为区域内官员的主要业绩，以此扭转其行为准则和外在压力机制。二是要限制地方政府参与市场活动、干预市场的权力边界。这个权力应该主要局限于对市场的公共利益调节，而不能成为市场营利活动的追求者。三是可以根据一些具体的一体化发展协议，通过各地政府协商方式，让渡某些公共权力给相应的长三角一体化机构，把竞争转化为合作。
第二，推进市场的一体化，要从区域内具体的项目做起，要学习欧洲人搞欧共体时的那种务实精神，避免在范围广泛的领域中进行抽象的议论，避免议而不决。欧共体当年就是从煤钢、原子能利用委员会的协调功能开始的，一直发展到成功建设欧元体系。长三角地区市场一体化需要协调的领域非常广泛，可以本着先易后难的原则，从破除政府公共项目的合作障碍开始，如消除“断头路”、建设区域轻轨、港口码头的委托管理或股权一体化等，逐步往消除户籍障碍、教育等民生一体化这些难点方面努力。在长三角区域内的民众都逐步得到了市场一体化的好处后，自然都会衷心拥护这个国家战略，因而这个战略推进起来力度就会更大，更容易成功。
第三，在推进区域市场一体化中，要注意发挥企业尤其是企业集团的主体作用。一是要鼓励区域内企业的收购兼并活动。微观层面的收购兼并活动，把区域间企业的市场协调方式，转化为企业内部的协调方式，会导致强烈的一体化效应，因而是长三角区域市场一体化的最有效的工具。二是要发挥大企业或企业集团在建设产业集群中的一体化作用。产业集群模糊了行政区域的界限，是市场一体化的空间载体。产业集群也可以实现按经济区域“极化-扩散”增长的现代生产力配置方式。例如：如果我们在长三角宁杭沿线建设基于生态走廊的科技创新产业集群，那么沿线一体化发展的高技术产业将会覆盖苏浙皖三省。三是要依据国内企业之间的产品内分工，构建链接各区域的一体化的价值链。例如：基于市场公平交易的价值链，半紧密型形式的被俘获的价值链，以及紧密型是纵向一体化的企业集团等。依据这些价值链，可以把长江经济带开发战略与“一带一路”倡议结合起来，在企业抱团“走出去”的过程中，共同投资“一带一路”沿线国家，转移中国丰富的有竞争力的产能。