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上述分析表明，这些年来长三角地区差距持续缩小，经济联系更加活跃，区域产业分工合作水平进一步提升，市场整合度不断提高，科技创新能力显著增强，基础设施及基本公共服务明显改善，体制机制不断完善。但是，长三角地区一体化在深化发展进程中还存在一些深层次问题，并未得到根本的解决（孔令池等，2019）。
第一，上海作为“龙头”的扩散效应不足，安徽尚未深度融入长三角地区。从理论上看，上海的“龙头”作用，就是要体现在核心区域的扩散效应，带动落后地区的经济发展。但是在实践中，上海经济的“极化效应”目前还远大于其“扩散效应”。从经济联系强度指标来看，江苏、浙江、安徽对上海的经济联系量均不高；从可达性指标来看，江苏的可达性优于上海。可见，目前上海作为“龙头”的扩散效应不够突出。此外，安徽对上海和浙江的经济联系程度并不高，交通可达性最差，且在高质量一体化发展的各项指标中，绝大多数指标值均落后于沪苏浙。因此安徽目前尚未深度融入长三角地区。
第二，要素市场一体化发展滞后于商品市场。从市场分割指标来看，长三角地区的消费品市场的分割指数，低于资本品和劳动力市场的分割指数，即商品市场一体化水平高于要素市场。尤其是，劳动力市场的相对价格方差波动幅度较大，发展不够稳定，处在不断调整中。劳动市场一体化可以通过区域劳动力的集聚和扩散，推动劳动要素的优化与重组，对于促进区域一体化发展具有重要意义。加快推进长三角地区劳动市场一体化，关键在于推动劳动力要素市场运行机制的创新，特别是要破除限制劳动力流动的户籍制度和不均等的公共福利制度，深化教育、医疗、养老等公共服务机构的跨地区服务，鼓励劳动力的跨区域自由流动，实现劳动力与生产空间分布的协调一致。
第三，尚未充分发挥整体联动效应，优势产业重合度依然较高。从克鲁格曼专业化指标来看，长三角地区产业结构层次上的差异开始逐渐显现，地区间产业结构专业化分工趋于合理，产业一体化发展取得了一定的成效。但是，专业化指数偏低，地区间专业化分工水平不高。从结构相似性系数指标来看，长三角地区产业结构趋同化现象依然比较突出，尤其是江浙皖同构现象较为严重，地区间低水平同质化竞争较为激烈。从区位熵指标来看，长三角地区产业布局各有优势，存在一定的互补性，但优势产业重合度依然较高。浙江省几乎所有区位熵大于1的制造业行业均与江苏省重合，江苏省几乎所有区位熵大于1的高端制造业行业均与上海重合。
第四，地区间创新人才投入差距扩大，产学研协同创新潜力较大。从规模以上工业企业R＆D人员全时当量占就业人员比重的变异系数来看，长三角地区创新人才投入差距有缓慢扩大的趋势。从资金往来的情况来看，长三角地区研究与开发机构和高等学校R＆D经费中企业资金的比重并不高，产学研协同创新潜力较大。未来长三角应以深入实施创新驱动发展战略为主线，以构建区域技术转移体系、创新资源共建、共享、共用为抓手，加快区域协同创新网络建设，努力将长三角建成具有全球影响的科技创新高地和产业高地。
第五，地区间铁路交通网密度差异较大，亟待打通省际“断头路”。从变异系数来看，铁路交通网密度的变异系数远远高于公路交通网。可见，长三角地区间铁路交通网密度差异较大。公路交通网密度的变异系数始终维持在较低水平，但值得注意的是，长三角地区交通一体化不能仅仅停留在表面、量变的阶段，还需要进一步打通省际“断头路”，不断提升省际通达力，统筹推进铁路、公路、港航、机场等基础设施建设，推进区域资源优化配置，构建互联互通、协同合作、服务共赢共享的现代化综合交通体系。
第六，社会领域信息化协同和融合发展水平较差。从变异系数来看，长三角地区信息基础设施建设和信息化应用的内部差异不断缩小，为信息一体化水平的提升提供了技术支撑和方向引领。但是，在推动区域政务数据开放共享，形成社会民生、航运交通、城市安全等重要领域信息化应用全面对接，如加强医疗卫生、社会保障领域信息一体化建设、加强环境治理信息共享、完善交通智能化服务等方面亟待进一步提升发展水平。
第七，省际贸易强度偏低，地区间对外贸易发展差距较大。从省际贸易依存度指标来看，江苏和安徽应该更注意防止地方保护和市场封锁，促进贸易往来和一体化发展。从国家铁路行政区域间货物交流情况来看，苏浙沪地方政府在相对封闭的条件下，推行自给自足，降低了省际的贸易强度。从对外贸易依存度指标来看，对外贸易的区内差异较高，应该注重建立以“我”为主的价值链分工体系，促使苏浙沪皖合理分布于全球价值链的不同环节，共同参与全球产业竞争。从外资依存度指标来看，外商直接投资的地区分布相对平衡，地方政府应避免为争夺相对有限的市场和资源各自为战、恶性竞争。
第八，社会保障的内部差距扩大，文化基础设施的内部差距较大。从变异系数来看，城镇常住人口养老保险和基本医疗保险覆盖率的变异系数增长较为明显，表明长三角地区社会保障的内部差距呈现扩大的趋势。未来长三角应致力于社会保障的互联互通，提升跨区域社会保障服务便利化水平。此外，人均拥有公共图书馆藏量的变异系数明显高于其他指标，也在一定程度上反映了长三角地区文化基础设施的内部差距较大，但是差距在不断缩小。
第九，生态环境相对脆弱，是高质量一体化发展的短板。从单位GDP耗电量、单位GDP废水排放量、单位GDP固体废物排放量、PM2.5、PM10、酸雨发生率等指标看，长三角三省一市节能减排、环境质量不容乐观。未来长三角地区一体化发展应更加注重坚持生态优先，强化生态系统和生态空间保护，严格保护跨省界重要生态空间，加快形成保护和开发的良性循环，深入推进大气污染协同防治，强化区域环境协同监管，进一步完善区域环保合作机制，研究建立多元生态补偿机制等，促成优质生态产品供给能力不断提升，基本建成与世界级城市群相适应的自然生态、人居环境和区域风貌。
第十，区域合作不断走向纵深，但依然存在体制机制不健全等现实挑战。真正可能长期地、持续地扭曲一体化进程的主要力量，可以归结为制度方面的阻碍因素。经过多年努力，长三角在跨地区协调机制建设方面已经取得了较为显著的成绩，但也面临政策配套、立法和资金等保障机制不完善、利益协调机制不健全等现实挑战。中央政府主导性的地区政策所形成的地区差异，以及由地方发展政策创造出来的差异等，是时下中国制度形成非一体化格局的主要因素。