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系统论即系统方法论，是20世纪30年代的产物，是一种新型的科学方法论，因发展迅速，引起了现代科学家的普遍重视。中医理论的现代化，也要借助这种方法论。下面就系统论的观点和中医辨证的联系方面，做一些探索性的阐述，与同道商榷。
系统论认为，系统是由相互联系、相互作用的若干要素所组成的，它具有一定的整体综合功能和属性。系统方法就是从组成系统的整体和各要素的相互联系和相互作用中，揭示被研究对象的本质及其规律性。系统方法论起源于20世纪30年代奥地利理论生物学家贝特朗菲的《有机论》，它本是一门生命科学的系统方法论。按其性质来说，应当被医学界所重视，只因近代西方医学重视微观分析，而忽视整体联系，因此，对系统方法论不予重视，以致系统论与医学近乎绝缘。
事实上，系统方法论是医学和哲学的 “中介环节”，类似中医辨证的观点。贝特朗菲在《有机论》中说：“生物体不是一个部件杂乱无章的堆积物，而是一个有机的统一体，这种有机体具有一种新质，即系统质。” 如三部的自动组合，它不同于各部分质的相加，而是系统各要素集成化的产物，它在结构上可以没有具体的物质形态，可能只作为系统状态的一般特征而存在。因此，往往不能直接观察到，只有借助系统分析才能揭示它。如表部肺与皮毛的自动组合，以适应外界的空气；里部食道、胃肠等的自动组合，以适应饮食；半表半里部，心胸、静脉、动脉、淋巴管的自动组织，以适应血液循环。三部从系统论的观点来看，它是整体中的子系统，因此，不能从整体中孤立开来研究。
三部在机体中遵循着一定的顺序性和动态平衡性向前发展，保持各部特有的功能。三部不是哪一部占优势，而是全面、协调、均衡地保持各自的生理规律。表部肺的节律性呼吸，皮毛的机械性舒缩，里部的顺序性消化吸收和扩散，半表半里部规律性的周而复始的循环，凡此种种，都可表明三部的系统顺序性和平衡性。西德理论物理学家哈肯，在他写的《协同论》中称此为 “目的点” 或 “目的环”，认为大系统功能结构特征是各系统功能结构协同作用的结果，系统只有在 “目的点” 或“目的环” 上才能显示它的稳定性。在表部，肺与皮毛的功能是适应空气，它们的一切生理活动都是为了达到正常适应和利用空气，否则就会呈现病态，这就是表部的目的点。有节律的呼吸，呼出二氧化碳，吸进氧气，皮肤以热开泄，冷闭缩，以调节体温，共同司理表部新陈代谢为其目的环。在里部，食道、胃、小肠、大肠的功能是适应饮食，一切生理功能都为适应饮食而存在，否则会出现吐、泻，这是里部的目的点。胃肠有节律的蠕动，以吸收水谷精微，排出糟粕，保证里部的正常新陈代谢是其目的环。在半表半里部，心脏、血管的一切功能是适应血液循环，它们的动态活动都是以达到血液正常循环为目的点。心血管的功能通过血液向各组织器官输送营养，载走组织代谢产物，以保证半表半里部的新陈代谢为目的环。机体中只有目的点的正常适应，目的环的正常运行，才能体现出整体的稳定性。
法国生理学家伯尔纳说：“所有的生命机构尽管多种多样，只有一个目的，就是保持内环境中生活条件的稳定。” 伯尔纳发表他的观点前4年，恩格斯就写道：“在活的机体中，我们看到一切最小的部分和较大的器官的继续不断的运动，这种运动在正常的生活时期，是以整个机体的持续平衡为其结果。” 我们中医学倡导的 “阴平阳秘，精神乃治”，正是机体平衡稳定学说的高度概括。
医圣张仲景通过他临证的生动直观和抽象思维，在 “勤求古训” 的基础上悟出了三部辨证。三部是组成人体的三大系统，在整个机体上既互相联系，又各自区别。而仲景在他的长期临证实践中，证实了这一点。因此在当时已有经络学说而不得脏象学说的基础上，用三部学说观点扩大了辨证范围，并提高了论治效率；树立了理、法、方、药的典范，从而达到了整体系统辨证论治的目的，在当时来说，《伤寒论》是一个创举，仲景也当为系统方法论的一个伟大先驱。
《伤寒论》的辨证方法如同种地，在古代用人力或畜力所耕种的面积是较小的，所收获的果实是较少的，现在用机械耕种，所耕种的面积是较大的，所收获的果实是较多的。以此为喻，在中医经络学说的理论体系是一个独立的系统，针灸治病是循经取穴，脏腑定位所治的面较窄，而治愈的范围也较小。仲景通过深思熟虑，认清了这种情况，创出了系统性大面积的汤方治疗，通过汤液的吸收和扩散，可使药力由上及下，由里达表，使药效沟通上下，网络全身，达到整体治疗的目的，从而提高治愈率。由此而见，经络学说和《伤寒论》学说显然是两种不同的学说，其概念和辨证方法有着质的区别。
机体划分三部六病是在三部上表现出不同质的证候群。以里部而论，里部是由平滑肌组成的一个系统，是由多种脏器组成的一个部，是人体不可分割、不可缺少的一个部。病邪侵入时，同一部会出现两种不同性质的反应，虚则太阴，实则阳明。阳明病是里部表现热力增高，吸收功能亢进，大便秘结的阳性反应；反之，热力降低，吸收减退，大便溏泄的阴性反应则叫太阴病，这种不同质的病理变化是客观存在的。所以说，阳明病、太阴病是里部的两种不同质的病理表现名称，代表着不同质的两组证候群，而不是经，更不是经络。如果病邪在表，则为太阳病厥阴病，而与太阳经、厥阴经就毫无关系。讲系统论，三部就是三个系统，不是单纯的几个脏器的简单相加，也不是几个脏器的自身功能，而是通过互相连接、互相渗透、互相贯通、互相促进、互相制约、互相依存，构成统一的机体，不可分割，这就叫作系统性。系统新质和系统性就是把许多功能构成一个整体功能，没有这个系统新质和系统性，在里部就不可能出现太阴病和阳明病，只有连成系统，才会出现实则阳明，虚则太阴。里部这个系统，是一条线连起来的整体，《伤寒论》讲“胃家” 是讲家而不是讲个，消化系统的活动是相关联、相一致的，是系统的功能，而不是消化器官的单摆。三部在体内组成三个系统，表部太阳病、厥阴病，里部阳明病、太阴病，半表半里部少阳病、少阴病，分别代表每个系统病性的寒、热、虚、实。六病不是经络，不是六经，它们之间有着根本不同，不能指鹿为马。自宋以后，朱肱首先以六经解释《伤寒论》，一直延续至今，仲师本无此义，后人却别出心裁，另立新说，实不知其理由何在。《伤寒论》全书371处言病，而不言经，可明其义。不言六病，言六经，实为千年之错，误人不浅。
仲景经过临床生动的直观和抽象的思维，而悟出三部六病这个富有哲理和系统性的辨证方法，扩大了辨证的视野。在临证具体实践中，三部体现了系统论，六病反映的证候体现了信息论，方剂的治疗体现了控制论的理论思想，令人耳目一新。正如贝特朗菲所说：“孤立的各组成部分的活动的性质和方式加起来不能说明高一级水平的活动的性质和方式，不过，如果我们知道各组成部分及它们之间存在的关系的全部情况，则高一级水平就能从各组成部分推导出来。” 有关 “三论” 在 “三部六病” 学说中的具体体现，后文将逐步述出。“三论” 是目前科学领域中新兴的思想方法，和中医学的辨证方法相结合，深思之后，颇受启发。