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中医学发展至今，统一的中医理论体系还未确立。没有正确的理论作指导，实践就带有盲目性。一位中医学者，应当既是实践者，又是理论家，应该具备一整套理论。否则中医的医疗实践就带有一定程度的随意性。中医的辨证核心就是整体观念，整体观是一个抽象的概念名词，其内容是什么应当清楚。
纵观医学，一是哲学医，一是科学医。西医是用科学方法研究而逐步形成，中医是用哲学分析综合推理判断的方法研究人体的。综合分析性越大，科学性就越强。二者是平等的，还是有主次呢？首先要知道，对一个整体要做科学实验，须通过三个阶段：一是把活的物体变成死的，二是把动的变成静的，三是把变化的变成非变化的。由此可想而知，得到的实验结果和运动着的活体相比，就有距离，其中只有70%的正确性。恩格斯在《自然辩证法》中指出：“不管自然科学家采取什么样的态度，他们还得受哲学的支配，问题只在于他们是愿意受某种坏的时髦哲学的支配，还是愿意受一种建立在通晓思维的历史和成就的基础上的理论思维的支配。” 所以说，一个活生生的机体不能用微观和实验来最终解决其理论问题。对立统一规律是宇宙间的基本规律，也是一切事物的根本法则。中医理论运用阴阳二性阐述疾病的本质，运用八纲辨证是符合哲学的。它具有数千年的实践，经过动态的观察和综合分析以辨证施治。所以，哲学医和科学医是不平等的，从哲学的角度看，中医学的辨证施治是领先的。
再看西医学在工具上的弱点。药物是医者用来战胜疾病的武器，亦是临床随手应用的工具。目前，美国淘汰西药350种，我国淘汰127种，剩下的药物就是好的吗？当然不是。如红霉素，在美国经试验，100个应用红霉素的患者中就有52人得黄疸，其中42人为隐性黄疸，可见其对肝脏损害之大。另外，激素有6个方面的弱点：①压制抗体；②溶解淋巴球；③压制纤溶细胞；④压制溶菌素；⑤压制干扰素；⑥引起菌群失调。诸如青霉素的过敏反应，链霉素对听神经的损害，以及众多药物对肝肾的损害等副作用，真是不胜枚举。“医得眼前疮，剜却心头肉。” 随着时代的发展，人类认识的提高，许多药物将陆续被淘汰，这是无可否认的事实。无怪乎，国外一些医学家断言，今后20年内草药将占统治地位。中药应用的大部分为植物药，每味药中有多种成分，一个方剂由多味药物有机结合，具有综合治疗的作用。致病原只能对某一种药物产生抗药性，对成分复杂的汤剂则无法产生抗药性。同时，中药的抗药性和耐药性是微乎其微的，并按寒、热、温、凉划分药性，根据整体状况，对证治疗。
西医学主张搞动物实验。虽然是很科学的，但终不如活着的人体反映得准确切实。如马钱子，人未至中毒量，而狗食之立死；巴豆，人食到中毒致死量时，按比例给老鼠食之则肥。人与动物各具有特异性，人的生理功能绝不是动物的生理功能，只能从中得到启示。中医学经过两千年的人体具体实践，其科学性是毋庸置疑的。研究中医理论推动中医学发展势在必行，必须认真研究中医学的整体观，发展中华民族的医术，使中医学走在世界各国的前列。
辩证法认为，机体在自然界中是一个具有无穷无尽联系的结合体，也是一个纵横交错，多层次，有本质和现象、局部与整体、内容与形式等罗网式的客体，其中每一部分都与整体密切相关，不能分割。正如黑格尔所说：“割下来的手，就失去了它的独立存在，就不像原来在身体上的那样，它的灵活性，运动形态、颜色都改变，而且它就腐烂起来，它的整体存在，只有作为机体的一部分，手才获得它的地位。” 恩格斯在批评形而上学时指出：“无论骨、血、软骨、肌肉、纤维等，不论就机械的组合或是各种元素的化学组合，都不能造成一个动物。” 运用哲学道理来论证问题、辨别是非是有力量的。
列宁说：“身体的各部分，只有在其联系中才是它们本来的那样，脱离身体的手，只是名义上的手，机体只有联系在一起，才具有活生生的意义。” 整体是由部分构成，但它不是各个部分机械的综合。因为整体是由相互联系着的各个部分按着一定的结构形成的。它一旦形成，就产生了整体的性质。而整体的特性体现了质的飞跃，绝非组成它各个部分的特性的相加，这种性质就是整体性。由于整体性的存在，使机体的一切活动统帅到高度意识的指挥下，受中枢神经系统支配调节。支配调节受阻，局部就会发生病变，反之，任何局部发生病变同样影响整体的功能。
张颖清在论述《生物全息论》时，经过动植物的实验证实，“每个独立的部分都是整体成比例的缩小”。每个局部和整体取得联系，都有整体的性质在其内部存在，但都有其特定的条件。多年的医疗实践也证实了这个道理。即每个局部都服从整体，只有整体的协调，才有局部的改善。以此为依据，我在临床上创立的许多方剂，均系协调方。都是以小柴胡汤作调整整体的基础，在此基础上突出局部治疗，构成许多有良好疗效的方剂。
在整体与局部的关系中，局部固然不能脱离整体而独立存在，而整体的特性绝不是各个部分性质的简单相加，人体的整体性联络各个局部，使机体得到有机的联系和统一。局部是整体的依托，整体的概念必须包括局部。但是，如果按整体概念包括部分来理解整体，整体就会解离。黑格尔说：“全体的要领必定包含部分，但如果按照全体的概念所包含的部分来理解全体，将全体分裂为许多部分，则全体就会停止其为全体。”（《小逻辑》）局部贯穿着整体性，构成整体性的所属当然，整体与局部的区分也是相对的，在一定的条件下可以互相影响。整体中每一部分的变化都可引起由量到质的变化。如破伤风、毒蛇咬伤都是由局部到整体的变化，流感的周身不适、高热，到关节酸痛，是由整体到局部的变化。恩格斯就曾指出：“关于自然界所有过程都处于一个系统联系中，这一认识推动科学到处从个别部分和整体去证明这种系统的联系。” 在中医学的辨证施治过程中，根据从局部到整体的有机联系，给予处方用药，这就是我们的整体观念。
人体之所以能够生存、生长、繁殖，是因为有维持整体生活的内部各因素的密切联系，这些重要因素之间相互制约、相互依存，共同维持机体新陈代谢和动态平衡。其表现形式有8个方面。
由于机体内部受到各种理化因素和酶的影响，在体内进行着复杂的分解和化合的变化。由复杂的有机化合物分解为较简单的物质被人体利用，并放出能量，这个过程称异化过程。由简单的分子形成复杂的化合物，这个过程称同化过程。同化和异化维持着人体的生理活动，这些都是通过机体的组织性实现的。生命只有在同化作用和异化作用两种过程经常不断的、相互联系的情况下，才能得以生存，这种组织性一旦打破，机体就会死亡。
机体的层次有系统、器官、组织、细胞、分子、量子。在机体内不同形态的细胞，构成不同的组织，不同的组织形成不同功能的器官，几个形状不同的器官组成一个系统，数种系统综合起来才是一个完整的机体。这些层次结构中间都有它们的规律性和法则性，每个层次之间都在互相区别、互相联系中存在。
对机体结构的功能性过去一直存在着模糊认识。美国普里戈金通过研究给结构的功能性下了定义，即 “耗散结构”，得出 “负熵是正常的，正熵是异常的” 结论。熵是一个科学名词，是物质系统状态量度出现的程度。物质的系统都出现一个量度，如大小、硬度、结合形式等，都是物质的量度。机体的结构必须耗散，消耗能量是正常的，如不消耗能量就会出现正熵，表示异常。对于人体来讲，就会出现病变。能量的正常消耗形成负熵，出现功能作用，这就是通过科学实验得出的结论。
机体的稳态性，即平衡性。法国大医学家伯尔纳曾说过：“所有生命机制尽管多种多样，但是只有一个目的，就是保持内环境的稳定。” 恩格斯亦说：“我们看到最小的部分和较大的器官，在不断运动和正常生活时期是整个机体持续平衡为其结果。” 平衡论就是稳定性，机体必须保持动态的平衡，才能维持正常的生存。否则就会出现病变，一切治疗的目的实际上都在于维持机体的平衡。
机体的组织功能是在相互制约、相互促进的基础上井然有序地向前发展。这是机体的一个特性。虽然组成机体组织的细胞分子不同，但都是有次序的运动。在功能上，心脏的收缩与舒张、肺脏的呼吸、胃肠的蠕动，都是有节律地进行。
机体的骨骼、肌肉、血管、神经和内脏组织器官都有其固定的位置和特有的性质、功能和构造，不可更动和改变。这给临床上根据证候出现的部位、表现的形式而诊断疾病带来了有利的条件，并为西医学的外科手术提供了重要条件。如无机械的固定存在，外科手术就无所实施。
毛主席说：“我们承认总的发展中，物质的东西决定着精神的东西，但也承认精神的反作用。” 这个反作用就是主观能动性，许多疾病的发展预后和人的主观能动性密切相关，许多患癌症、心脏病、肺空洞的患者，根据医学断定为 “不治之症”，由于患者发挥主观能动性，配合正确治疗，最后终于战胜病魔，恢复健康。巴甫洛夫就曾做过这方面的探讨。一次，一位自认是 “癌症” 的患者请巴甫洛夫医治，手术探查根本无癌肿，就用一块狗肉充癌肿，告其癌肿切除，病者疑证全消，安然无恙。时隔6年之后，该患者又请巴甫洛夫治感冒，一位护士私下窃语说：“这就是6年前的假癌症患者……” 被患者听到后记在心中，疑虑不解，40天后竟死去。后来，巴甫洛夫把医务人员不许给患者私报病情作为一条院规固定下来。由此可见，主观因素致病的严重性。主观能动性和病情的转化机理值得研究。
人不是一个独立存在体，而是和自然界有着密切联系的整体。《素问·气交变大论》说：“善言天者，必应于人。”《伤寒论》亦有 “日晡所发潮热” 的记载。下午的申酉二时，叫 “日晡所”。传染病流行，多在下午发烧，此种情况，过去更是多见。根据天文学家的测定证实，申酉二时，太阳释放的电能明显增高，这亦可谓天人相应。再如，风湿性关节炎天气变化时疼痛加重，病危患者朝轻暮重的现象，都与自然界的变化有联系。《伤寒论》61条就记述了阴寒证在气候影响下的变化。阴寒证病人大都晚上加重，不安静，不得眠，多于夜间死。在白天有日光照射，增添阳气，故轻。自然界为一大天地，人为一小天地，有病之身在风雨阴晴、昼夜、四季均有感应，故而人与天地参，称为三才。
构成机体的重要因素，互相关联，互相渗透，互相依赖，组成一个有机的整体。那么整体观与气血及三部的整体性又是怎样的一种关系呢？辩证法认为：自然界是由无穷无尽的相互联系和制约的整体及过程组成的结合体，在主体面前处在一个纵横交错的具有多层次结构的主体网络系统之中的客体。
列宁说：“人的思维由现象到本质，由所谓初级的本质到二级的本质，这样的不断加深下去以至无穷。” 认识事物及过程应运用不同质的概念和范畴。例如构成人的躯体，露于外部的有眼、耳、鼻、舌、身等，藏于体内的有心、肝、脾、肺、肾等脏器，这些实际都是表达概念的。通过思维，可以抽象出身体各部分，再将其有机结合起来，抽象为整体。整体与局部在相互连接上反映有6个方面，即本质与现象反映着客观事物（疾病）和过程的内部联系与外部表现的相互关系；整体与部分反映着事物（疾病）和过程的包含与组合的相互关系；内容与形式反映着事物（疾病）内在要素和外部结构方式的相互关系；原因与结果反映着事物（疾病机体）和过程先后相继、互相制约着的普遍联系；必然性和偶然性揭示事物发展过程中的稳定和偏离的趋向；可能性与现实性揭示事物（疾病）在发展过程中实现转化的根据、条件及其结合关系。这些反映都是客观机体最一般的本质、最普遍的矛盾关系的概括和反映及共同特点。
列宁曾拿河流与水滴的关系打比喻，说明整体与局部的概念，他说：“概念是运动的各个方面、各个水滴、各个河流等的总计。” 又说：“任何比较都不会十全十美。” 因此，要科学确定整体与局部在辩证法成对范畴体系中的地位，要在差别中求同一，从繁复中求同类。在我们了解到机体各重要因素及其机体相互之间的关系后，就可以了解到人体的正常生理活动和异常的病理变化，掌握局部，纵观整体，对整体观就有了全面的认识，我们就有了辨证的基础。
整体的范畴就是三部。三部综合为整体，三部是整体的子系统。表部接触大自然的空气，里部接触从自然界摄取的饮食，半表半里部接触由饮食和空气所产生的气血。饮食的进出、空气的呼吸、气血的运行是构成人体生命的重要环节。人类的生、老、病、死无不与此息息相关，这在后文将详细论述。
我们认为，人体的整体性表现在气血上，通过气血的循环达成机体的统一。气血在辨证上通过阴阳二性的失调，呈现寒热虚实来。其表现在脉象上见于寸口，在三部中形成六病。我们把气血阴阳、脉象表现都概括于三部六病之中。
我们知道，神经、肌肉、骨骼和各组织脏器都有各自固定的位置，有其机械性，是一个有机的支架。气血在体内周而复始的循环，不足一分钟在体内就可循环一周。在机体中，谁也不能给气血划界限。时而在此，时而在彼，此刻是体表之血，彼刻就是胃肠之血。气血运行的部位不同，所表现出的功能则不同。脑得血则思，目得血能视，手得血能握，足得血能行，这就是整体的质。机体各部分都是通过气血联系为一个整体的。如果大脑缺血，则可以使人昏厥，三分钟后可以致死。将大脑离体，心脏供血正常则能活七天。故古人曰：“心者，君主之官，神明出焉。” 所以，我们认为，在人体中，心脏第一而不是大脑第一，因心脏是整体生存的物质基础，思维是气血在大脑反映出的一种功能，故有 “神明出焉”。
在日常生活中，空气和饮食是维持人体生命的基本条件。细菌和病毒等可通过空气进入人体，引起疾病，原虫、虫卵和肠道细菌可通过饮食进入人体，引起疾病。表里二部的各种变化通过气血反映出寒、热、虚、实不同的病理变化，在三部中表现出阴阳不同属性的六组证候群，称之 “六病”。由于 “六病” 的发展转化和临床的辨证施治顺逆，人体皆可由此而生，由此而死。