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《伤寒杂病论》是对汉以前医药学的总结。仲景吸取各家之长，融会贯通，著成《伤寒杂病论》一书，其辨证施治，法度严谨，规模已具，对后世医学的发展产生了深远的影响。其医学成就表现在两个大的方面。
《伤寒杂病论》一书，存药88味，载方112首，是中医医籍中最早系统记载的古典医籍。仲景运用112方把临证许多疾病均给予处方医治。当然，实际推测看来，全部解决是不可能的。但是仲景在临床上得出了一个很好的治病方法，就是组方学。选用88味药物，临证组方，施治各证，药味的变换和药量的变动决定着每首方剂的疗效和性质，为中医学奠定了方剂学基础。
汉以前有组方学是一个传闻，从《仓公传》和出土的东汉竹简上看，无方剂学的记载。以前虽有残缺不全的方剂，但无创方的系统性。由此看来，张仲景应是创系统方剂的鼻祖。仲景方剂的组成非常严格，以桂枝汤为例，桂枝汤将芍药用量加倍，则成为桂加芍药汤，由治表转为治里。因桂枝和芍药互相制约，在桂枝汤中二药配伍，只能在表部起作用，桂枝发散而芍药收敛，如将芍药加倍，则芍药占优势，失去原有的平衡，则转而作用于里部，以治疗腹满时痛。故原文279条：“本太阳病，医反下之，因而腹满时痛者，属太阴也，桂枝加芍药汤主之。” 桂枝汤三阴皆治，关键在芍药的用量，大量作用于里部，中量作用于中部，小量作用于表部，用量的多少同时又决定着在体内潴留时间的长短。由此可见，仲景为后世医家指出了一条组方的路子。组方不精，疗效则不佳。仲景组方严格，选药精良，使当今医者望尘莫及。在《伤寒杂病论》中，不仅药物精选，在药量上亦特别慎重。根据不同病情，处以不同用量，以达到理想的疗效。桂枝麻黄各半汤可引起小发汗，桂枝二麻黄一汤中麻黄仅用麻黄汤中的五分之一量，桂枝二越婢一汤麻黄仅用四分之一量。由此可见，仲景的组方同样有着严格的用量，根据临床具体病情辨证施治，使病者得到准确治疗。
古往今来，学术是人类智慧的结晶，应该是不分古今、中外、尔我，是则是，非则非，永远以先进代替落后。日常生活中，汽车代替牛车，电灯取代油灯，这是一个不以人的意志为转移的客观发展规律。仲景在组方学上是先进的，我们必须继承好，才能谈及发扬。方剂不是随便凑药物，方剂学旨在使数种药物有机地结合起来，发挥一种功能。随便加减药物，在军事学上叫乌合之众，在医药学上叫汇集本草，不会收到良好的效果。科学的发展，开阔了我们的眼界，中药含有许多化学成分，组成方剂会发生难以预料的变化。如同自然界中，碳、氢、氧三种元素化合可产生二亿多种物质一样，另外，这其中还有排列顺序和数量的不同，产生的物质性质也不同。如甲醚和乙醇的碳、氢、氧元素的数目相同，排列不同，则产生的物质截然不同；水中有氢、氧两种元素，氢二氧一才能组成水分子，比例改变则不能成为水，这是大家所熟知的。同样，各种药物组成方剂，无不存在着物理结合、化学化合的道理。药物组成方剂，就再不是药物的性质，而出现的是方剂的性质。如同水土相合为泥，泥中有水有土，但泥的性质，既不同于水，也不同于土，这是两种物质的物理变化。方剂不同于药物的另一方面，就是化学变化。如硫磺有小毒，水银有大毒，结合成朱砂则无毒。各味药物由分散到组成一个方剂，不单是数量的相加，而且是有机的结合，形成一个有机的整体，不是量变，而是质变。通过互相渗透，互相贯通，出现一种功能，叫系统值，而不是药性。这就如同前面提到的水分子一样，氧能助燃，氢能燃烧，结合成水后则能灭火。触类旁通，这就是药物与方剂的根本区别。
一个好的方剂，是经过多次临床检验，优者继承，劣者淘汰，而最终证实其疗效的。治疗各种病证，须经周密的辨证施治，选用最佳的有效方剂。各个方剂中，药味和药量都具有一个最佳比例，治疗有一个最佳效果。随便更改其中的药味和药量，就会改变方剂的性质和作用，失去原有的平衡，这就是我临床治病一方到底的思想基础之一。
仲景的组方学，具有很强的实践性，这与当时的社会环境有着密切的联系。在汉代，没有专门的药店，医师和徒弟自备药物，到病者家中行医，治好后再走，或住进一个村庄，住一段时间再转移。那时，医药不分家。这样对药物的组方、用量有详细的估计和精选，对用药后的病情转归有全面的观察。所以说，《伤寒杂病论》著述的基础是来自实践，从《伤寒杂病论》始，辨证有法，组药有方，非此方不能治此病，非此病不能用此方。方证结合严格，两相呼应，相得益彰。这是当代医者难以做到的。当今之医，门诊看病，用药效果只凭患者自报，许多情况并非真实，影响着医疗实践中实事求是的探讨。特定的历史环境促进仲景的学术建树，其实为我辈先师。我辈应下功夫，沿着这条道路去研究，最后一定会得出方剂学的真谛。
仲景组方用药的原则大致有六类，从中可以得出仲师命名方剂的原则。
一方中突出一味药的主导作用，其他各药起辅助作用，则以其主药命名方剂。如麻黄汤、桂枝汤、葛根汤等。
一方中运用数种药物的联合作用，通过各药的相互作用，达到治病目的，则以各药名称共同命名。如麻黄杏仁石膏甘草汤、麻黄附子细辛汤。
一方中通过几味药的相互作用，达到一个治疗的相互作用，则以共同达到的作用命名。如承顺胃气的三承气汤，泻心火的大黄泻心汤。
一方中联合用药以达到治愈某证的目的，则以其所治病症命名，如治疗厥证的四逆汤。
一方中，数种药物结合，组成一种治法，对此治法采用取类比象的方法，给方剂命名。如清泄三阳之热的白虎汤，取其白虎肃杀威慑之意；汗、清并举的大青龙汤，取其青龙行云布雨之意。
一方中数药为伍，煎后呈现特殊的色泽，则以汤剂色泽命名。如赤石脂、干姜、粳米三药煎后呈粉红色，艳如桃花，故命名为桃花汤。
方剂的命名原则至今值得我们借鉴。仲景继承古籍，吸取先哲所长，结合亲身体验，组成方剂学，充实了自己的学术思想。总结前人，启发后人，无疑是对中医学不可磨灭的贡献。
东汉末年的疫疠流行，众多的病者被夺去生命。仲景面对现实，发愤读书，凭着自己的实践与天才，通过研读《素问》《九卷》《八十一难》等医籍，继承前人经验，吸取精华，结合自己的切身体会，在《伤寒杂病论》中肇基了辨证论治之大法。读过《伤寒杂病论》的人，细细思索觉得《伤寒论》的许多具体内容来自《内经》，但没有《内经》的原文，这说明仲景在继承方面很会读书。不注一字，尽得风流。治学严谨，实令人崇尚。他精究医籍，细思师传，勤求古训，博采众方，通过大胆设想，融为一体，创立了辨证施治独特的理论体系。在辨证上留给我们的就是六病辨证。可是，自宋代朱肱起，释为六经辨证，这是千古谬误，后文将会述及。我们所以叫六病辨证，是因为仲景在《伤寒杂病论》中全文称病，将大题小目均叫 “病”。采取 “孔步我步，孔趋我趋” 的态度，并非颂古非今，而是尊重历史事实。
仲景之法，实为千古之法矣，虽逾一千余年，实无一人能过之。因此，其为辨证论治的奠基人也。