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慧远（334—416），东晋名僧，亦是南方佛门领袖，俗姓贾，雁门楼烦（今山西宁武一带）人，早年追随道安，后居庐山，建立著名的庐山僧团。慧远不能算是觉贤一系，但觉贤一系与之关系很深，如果没有他的支持和帮助，觉贤一系是不可能生存发展的。且觉贤最重要的弟子慧观原本是慧远的弟子，觉贤本人亦被列入以慧远为首的“十八高贤”，因此将慧远禅学列在此章，与觉贤一系并述。
在禅学方面，慧远继承了其师道安的思想，力图将小乘禅数之学与大乘般若思想结合起来，禅智同修，理行俱备，空有双融，对大小乘各家禅法兼收并蓄，不偏宗一派。道安法师为佛门领袖，重视大乘般若思想，创“性空宗”，但他又非常重视小乘禅数之学，特为当时已存的安译及其他禅经作注写序，加以弘扬，并力求二者之间的贯通与融合。道安的这一思想对慧远有很大的影响，后来慧远基本上是按照这一原则倡导、弘扬大小乘禅学的。
慧远对小乘五部禅法在中国的弘传具有巨大的贡献。小乘禅法早已通过安世高、竺法护等传至中土，后来又有鸠摩罗什应弟子之请编译各种禅经，但由于译介者并非真正的禅师，没有师承，所传禅法也自然缺乏实用性，不可真正用于实修。佛陀跋陀罗来华之后，这一问题得以解决。但不久罗什一派又捏造罪名，摈斥觉贤，使其被迫出离长安。在这关键的时刻，慧远伸出救援之手，先是迎请觉贤师徒到达庐山，又派弟子到长安为之洗刷罪名，“解其摈事”，使觉贤师徒避免了分崩离析、无处立足的命运。慧远又请觉贤译出《修行方便禅经》（《达摩多罗禅经》），并亲自为之作序，加以弘扬，从而使系统的禅法得以在中土植根，并逐步发扬光大。慧远此功，实不可没。
慧远所作《庐山出修行方便禅经统序》
，一方面概述了禅经的内容和传承，一方面也述及了慧远本人对禅法的理解。在禅法的传授方面，他与僧叡、慧观等人的观点一样，认为禅法需要系统的传承，师承相当重要，因此对于鸠摩罗什的编译禅经明确地表示了自己的不满。他谈到“每慨大教东流，禅数尤寡，三业无统，斯道殆废。顷鸠摩耆婆宣马鸣所述，乃有是业，虽其道未融，盖是为山于一篑”，首先他对禅数之学的地位抬得很高，认为禅数不昌，就会使三业（身、口、意三业）无统，佛道废退，又明确地指同鸠摩罗什所编禅经“其道未融”、不圆满、不完善。在罗什与觉贤两系的斗争中他明确地站在觉贤一边，认为在禅法方面（不涉义理）罗什是根本比不上觉贤的。
接着他又明白地表示了对觉贤的赞美，“欣时来之有遇，感奇趣于若人。舍夫制胜之论，而顺不言之辩。遂誓披僧那，（以）至寂为己任。怀德未忘，故遗训在兹。”大意是说欣逢现在来的觉贤（“若人”）是遇到过明师，故使人对之产生奇趣，他舍弃了足以辩论取胜的空论，而顺行不言的大辩，发大誓愿出家为僧，以达到完全清净寂灭的涅槃之境为己任，顷怀先师的道德而不敢忘记，故在此宣示先师遗训。说明觉贤学有师承，坚持实修而不好巧辩（暗刺罗什没有师承，自作主张，汇编禅经）。
在序之首尾，慧远还表达了自己的禅学思想。他在开头指出：
夫三业之兴，以禅智为宗。虽精粗异分，而阶藉有方。是故发轸分逵，途无乱辙；革俗成务，功不待积。静复所由，则幽绪告微（大正藏《达摩多罗禅经》前附序作“幽诣造微”，可能更加准确），渊博难究。然理不亡昧，庶旨统可寻。试略而言，禅非智无以穷其寂，智非禅无以深其照。然则禅智之要，照寂之谓。其相济也，照不离寂，寂不离照，感则俱游，应必同趣，功玄于在用，交养于万法；其妙物也，运群动以至一而不有，廓大象于未形而不无，无思无为，而无不为。是故洗心静乱者以之研虑，悟彻入微者以之穷神也。
此段大义，是述禅智并重，定慧双开。虽然众生根性天分不同，但都必须依照系统方法次第修行，这样才不会乱套，也能事半功倍。守静返本，则其造诣极高，明察幽微，即便是学识渊博者，也难以明了，表示习禅入静的意义，以述寂而能照、由禅而智之义。下面明述寂照相关之理。禅即是寂，为寂灭之体；智即是照，有照察之用。习禅无智，就不能达到真正的清净寂灭；智若无禅，就不能完全发挥照知之用。二者是相济相成的，不可分离。二者相互结合，能够妙应万物，能使种种运动着的事物归于寂静的一体，而了知群有无常变动，空而无实，故知其不有（表示寂），能明察未有形体的大象、知其不无（表示照），达到无为而无不为的高级境界。因此练禅者以禅智并用来静心摄意，学智者以寂照双行来穷神知化。
慧远这种用寂照相即解释禅智并行，以体用动静来阐发止观定慧的思想具有开创性的意义，通过这一解释，使小乘禅数得以与大乘般若相融合，同时也使印度佛教转换为宜于为中国人所接受的、融入中国文化大河的中国佛教。后世天台宗、禅宗亦多以此融通止观，倡定慧双修。在序文最后，慧远通过对觉贤前辈的赞美表达了自己的禅学思想：“非夫道冠三乘，智通十地，孰能洞玄根于法身，归宗一于无相，静无遗照，动不离寂者哉？”这表明慧远总合三乘、汇通各家、动静合一、寂照双行、从而归于一味，至于究竟的思想。
尽管慧远具有汇通大小乘禅教而自为一体的思想，但由于当时佛教在中国还处于初传阶段，对许多派别、经典的理解还不可能做到完全深入，慧远的汇通大小乘禅教也只是停留在理想的阶段，并未变成现实。事实上慧远没有建立起自己的禅法，虽然他对觉贤所传禅法甚为服膺，但终未依之进行实修，这是由于佛大先所宗的五门禅法需要依照次第长期苦修，慧远没有时间和精力专务禅修，而达摩多罗禅法又需要对大小乘禅法和教义的真正融通，且尚未有完备的介绍（觉贤所传重在其师佛大先所认可的小乘禅法）。因此慧远最终选择了简明易行的念佛三昧进行修习，以期事半功倍，早生净土。
相传慧远曾邀集十八高贤成立“白莲社”，入社者达一百多人，同期净土，共念弥陀。莲社之立未必为实，但慧远修念佛三昧，愿生西方净土，则是历史事实。他曾作《念佛三昧诗集序》
，表达了自己的净土思想。他认为，三昧即是“专思寂想”，专思即一心不乱，寂想则神气虚灵，由此长期修习，则有凝神移性之用，更何况天分极高的人能够“己居坐忘”，禅寂至极，而且智慧极高，暗合大方，以此禅智，收获肯定更快更大。他还认为，菩萨初得果位时只是得清净寂灭之体，淳熟之后，引发神通，就能长短互变，大小相违，使日月星三光回光移照，令天地卷曲进入己怀，表明他对神通变化也相当重视。
三昧虽然多种多样，但“功高易进，念佛为先”。这是因为念佛三昧所缘之境是穷玄（智）极寂（禅）、神变无方的佛，由佛本愿之力，能令入定者忘却世俗知见，依待所缘诸佛而成能照之鉴，由此本心鉴照之用能现万象，不用耳目即能明察一切。由此虚灵能照之体，就能悟觉万法真相湛然一体，“清明自然”，知此能闻无声玄音之心，就能消除尘累，畅散滞情。由于念佛三昧还具有简明易修的特点，只要清心正向，专念佛土，昼夜用功，精勤不懈，就定能产生效用。此诗集中的作者，都是如此修行的“奉法诸贤”。念佛三昧又具有适用性强，上下九流皆可修习的特点，并且可以相互提携，共同修习。修习者应当前追先进，以求其牵引帮助（“拔茅之兴”）；下引后学，加以鞭策激励（“垂策其后”）。由此可知，其中诗文，非但有绚丽的文采，而且有超引众生同入净土的妙义。以上所述，为慧远序文大义。从中可以发见慧远对念佛三昧的理解及对其各种特点的揭示。念佛三昧本为大乘初期禅法，汉时已由支谶传入中国，但并未造成太大的影响。经过慧远的大力提倡，念佛三昧及净土法门才开始成为为僧俗所惯用的修习的方法，净土一门影响日巨，导致后来摆脱禅定而自成一个专修法门，因此后世净土宗推慧远为初祖是有一定道理的。