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学校管理的突破口是学校管理体制的变革，当下有关现代学校制度的争鸣，其焦点也是学校管理体制的变革。当前对学校管理体制的研究中，比较有代表性包括褚宏启的《我们需要什么样的现代学校制度》
、张东娇的《学习型社会后发展学校执行力建设及其保障》
、程凤春的《学校达成有关各方满意的两种模式》
、张天雪的《公民社会理念下的学校治理与校长权力》
。这些代表性的文章分别从不同的角度论述了学校管理体制的建设，囊括了现代学校制度、学习型学校、学校文化、学校办学规模、学校教育的经营与服务、校本发展与校本管理以及校长的职业化与专业化等学校管理体制的不同方面，对学校管理体制理论研究和实践提供了较好的借鉴。综合国内诸多学者的观点，在学校管理体制方面存在着以下几个问题：
一是学校要从“功能制学校管理”转变为“责任制学校管理”。学校自主管理的权力是由学校主管部门授予的。其权限取决于教育行政与学校行政之间管理权力的划分。教育行政部门管理权力的下放与学校自主管理权力的获得，最初产生于从“功能制学校管理”到“责任制学校管理”的转变。在从“功能制”管理转为“责任制”管理以后，为使学校的“责任制”管理有别于公司、企业的责任制管理，防止学校管理偏离教学中心以至官僚化，一般规定，在设置学校董事会的情况下，学校董事会无权干预学校教学事务；同时，认定校长首先是教师，并且还该是“教育者”。不仅从有丰富教学经历的教师中遴选校长及其他参与管理教导、事务的学校行政人员，而且要求校长和其他学校行政人员按规定承担教学工作。
二是学校法人责任制，是学校管理的法律保证。不仅私立学校如此，公立学校同样按法定程序设立，有一定的组织机构和独立支配的财产。它不仅对教育行政部门负责，还不得不面对社会。只有成为法人，才能以自己名义享有民事权利，承担民事义务。至于学校在事实上是不是成为独立的民事权利的主体，又同一定的法系及与此相关的教育行政体制相关。但是，校长与学校董事会之间学校管理权限的划分又是一个难题。实行“责任制”学校管理，首要问题是，谁是学校管理责任的主要承担者，即谁是学校法人代表？这可能有两种不同的选择：或以校长为法人代表，或以学校董事长为法人代表。在设置学校董事会的情况下，校长与学校董事会之间的管理权限如何划分？
三是学校行政层级之间管理权限的划分也是一个比较重要的问题。学校主管部门或学校董事会把学校行政管理权力只授予校长，还是授予以校长为首的学校行政机构，学校行政层级如何设置，次级行政机构的权力如何？在现代学校管理体制改革的经验中，不仅广泛吸收教师参与学校管理，而且为学生提供参与学校管理的机会。除了教育行政管理与监督、学校自主管理以外，还尝试建立学校的社会管理与监督。