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滥觞于明中叶的儒学流变，首先当然是相对于理学而言。作为儒学的一种形态，理学注重心性的辨析和义理的探求，但其末流往往导向了空疏玄虚。有鉴于此，明中叶至晚明的一些思想家已开始由形而上的义理之学，转向形而下的考据之学。这里首先值得一提的是杨慎（1488—1559）。杨慎对理学追求所谓“高远”的思辨路向甚为不满，并曾作了如下批评：“故高远之蔽，其究也，以六经为注脚，以空索为一贯，谓形器法度皆刍狗之余，视听言动非性命之理，所谓其高过于大，学而无实。”
理学以高远为进路，以性命之理为追求的对象，其结果则往往流而为空索无实。与理学相对，杨慎要求从训诂入手，以把握经义，而训诂又必须知古人之法：“予谓解圣贤之经，当先知古人文法。”
这里已表现出以实证的研究拒斥理学思辨的趋向，事实上，杨慎也确实一再要求研究朱熹以前的经学，所谓“必求朱子以前之六经”
便表明了这一点。
杨慎之后，陈第（1541—1617）进一步提出了“读经不读传注”
的主张。不读传注，意味着超越对经典的随意诠释，回到原始的经典本身。而在经典的研究方面，陈第首先将具体的音韵考证提到了重要的地位，要求通过了解文字的古音，以把握其古义。就研究方法而言，陈第已总结出“本证”与“旁证”相结合的原则。本证，即以本书同类之韵为证，如以诗之韵证诗经之音义；旁证，即以其他文献来印证。陈第运用本证、旁证以考证古音，并由此揭示经典中字、义的原始含义，这种方法，后来被广泛地运用于考证之中。
与陈第几乎同时，焦竑（1540—1620）也将注重之点转向了实证性的研究方式。焦竑对小学尤为重视，认为圣学应当以小学工夫为根基。焦竑关于小学的界说，不同于宋儒。宋儒虽亦注意到小学与文字训诂的联系，但往往较多地将其理解为“洒扫、应对、进退之节，礼乐、射御、书数之文”
，后一意义上的小学，常常与伦理行为、道德实践交错在一起。与之相对，焦竑更多地侧重于小学层面的文字之学义：“小学，谓文字之学也。”
这一意义上的小学，其具体内容主要包括训诂、音韵、文字，它在相当意义上已属于具体科学（语言学）的范畴。焦竑主张以小学为把握经典的根基，已开始把经学研究与具体科学的研究联系起来。
明清之际，随着社会历史的剧烈变迁、西学的东渐、实学思潮的涌动、理学末流空谈心性之蔽的日渐呈露，思想家也开始对儒学本身进行反省。这种反省首先取得了理学批判的形式。如前所述，在杨慎、陈第、焦竑那里，已可以看到对宋儒“束书不观，游谈无根”的批评，明清之际的思想家则进一步对理学存在的合法性提出了质疑。在顾炎武关于理学与经学关系的论述中，便不难看到这一点：
理学之名，自宋人始有之。古之所谓理学，经学也，非数十年不能通也。……今之所谓理学，禅学也。
质言之，儒学的本来形态是经学，而不是理学；儒学只有回到经学的形态，才能获得合法性，这里已内含从理学返归经学的要求。这一主张当然并不是明清之际首次提出，在杨慎、陈第等人那里已可以看到如上的趋向，归有光于明嘉靖隆庆年间，亦提出了类似的看法：“天下学者，欲明道德性命之精微，亦未有舍六艺而可以空言讲论者也。”
不过，明中叶以来的这些观点虽然为尔后的经学复兴提供了历史的前导，但在当时并没有产生重要的反响。唯有到了明清之际，以深入的历史反省为前提，从理学返归经学的呼声才得到了普遍的思想认同。
从理学到经学，其间虽然只有一字之差，但却蕴含着重要的视域转换。理学以心性的形上辨析为主题，表现出明显的思辨趋向。与之相对，明清之际思想家所理解的经学，则以文献的考订、字义的训释等为入手工夫，它所推重的，首先是实证性的研究。顾炎武指出：“读九经自考文始，考文自知音始。”
考文主要涉及文字训诂，知音则指古音韵的研究，二者都属于所谓小学。联系前文理学即经学的命题，我们可以看到如下的逻辑思路：由形而上的理学，返归原始的经学，并进而将经学建立于具有实证性质的小学之上。
对经学的如上倡导当然并不限于顾炎武。黄宗羲、方以智、毛奇龄等，从不同的角度提出相近的要求。江藩在《国朝汉学师承记》中便将黄宗羲与顾炎武相提并论，认为清代的经学，“二君实启之”：
有明一代，囿于性理，汩于制义，无一人知读古经注疏者。自梨洲起而振其颓波，亭林继之。于是承学之士，知习古经义矣。……读书论道，重在大端，疏于末节，岂若抱残守缺之俗儒、寻章摘句之世士也哉！然黄氏辟《图》、《书》之谬，知尚书古文之伪；顾氏审古韵之微，补左传杜注之遗。能为举世不为之时，谓非豪杰之士耶？国朝诸儒，究六经奥旨与两汉同风，二君实启之。
这里的“与两汉同风”，指出了清代经学上承两汉经学的特点。黄宗羲的治学背景和学术路向与顾炎武当然存在种种差异，但二者在注重实证的研究上，却又有一致之处。与顾炎武一样，黄宗羲认为经学之中仍有很多问题“至今尚无定说”，从而肯定了经学研究的必要性；同时，又强调经学研究应当剔除各种附会，还经义之本来面目。
尽管黄宗羲并没有放弃形而上的思考，但在注重实证性的研究上，却不同于宋儒的心性之学。
与顾炎武、黄宗羲同时代的方以智重质测之学，亦兼及经学考据，其《通雅》一书，便以训诂考证等为内容。《四库全书总目》对方以智在清代经学中的地位予以了相当高的评价：“明方以智博极群书，撰《通雅》五十二卷。是书皆考证名物、象数、训诂、音声……风气既开，国初顾炎武、阎若璩、朱彝尊等沿波而起，始一扫悬揣之空谈，……而穷源溯委，词必有证，在明代考证家中，可谓卓然独立矣。”
这种穷源溯委、词必有征的名物考据，在研究对象与方法上，与晚明和清代的经学研究无疑有一致之处。此外，在经学考据的倡导与确立方面，毛奇龄也是一位值得注意的人物。与明清之际其他思想家相近，毛奇龄对理学，特别是程朱也持批评的态度，而其治经则重实证。阮元曾对毛奇龄作了如下评价：“国朝经学盛兴，检讨（毛奇龄——引者）首出于东林蕺山空文讲学之余，以经学自任，大声疾呼，而一时之实学顿起。当是时，充宗起于浙东，胐明起于浙西，宁人、百诗起于江淮之间。检讨以博辨之才，睥睨一切。论不相下，而道实相成。迄今学者日益昌明，大江南北著书授徒之家数十。视检讨而精核者固多，谓非检讨开始之功则不可。”
“实学”与“空文讲学”的对立，体现了两种治学方式的分野，毛奇龄在实现学术走向的转换上，显然扮演了与顾炎武等相近的角色。可以说，顾炎武、黄宗羲、方以智、毛奇龄等继陈第、焦竑之后，从不同的方面奠定了经学考据的基础。
由明清之际的思想家所奠基的经学考据，在乾嘉时期得到了进一步的发展，所谓乾嘉学派，便是对这一时期具有相近学术倾向的学术群体之概称。尽管清代考据学本身亦有学术旨趣上的差异，所谓吴派、皖派之分，便表明了这一点；但在注重实证上，却又彼此相近。戴震曾对清代的经学考据治学特点做了概述：
数百年以降，说经之弊，善凿空而已矣。……后之论汉儒者，则曰：故训之学云尔，未与于理精而义明。则试诘以求理义于古经之外乎？若犹存古经中也，则凿空者得之乎？呜呼！经之至者，道也；所以明道者，其词也；所以成词者，未有能外小学文字者也。由文字以通乎语言，由语言以通乎古圣贤之心志。譬之适堂坛之必循其阶，而不可以躐等。
以理精义明相标榜而却不免导向凿空，这是理学的特点，戴震在另一处更明确地指出了这一点：“宋以来儒者，以己之见，硬坐为古圣贤立言之意，而语言文字实未之知”
；所谓理即在古经之中，实际上也就是要求由凿空的理学，回归本然的经学，而治经学的入手处，则是具有实证科学意义的小学。类似的看法亦见于阮元：“圣贤之道存于经，经非诂不明。”
以上的逻辑思路可以概括为：理学—经学—小学，它使明清之际已开其端的视域转换，取得了更明确的形式。
乾嘉学派可以看作是清代学术的主流，与之并存的还有浙东史学等。浙东史学的代表人物之一为章学诚。章学诚对当时的主流学术有所批评，认为乾嘉考据学派囿于名物训诂，以致“无所为而竞言考索”
。不过，他并不因此而否定考据的意义。事实上，浙东史学的奠基人黄宗羲同时亦为乾嘉学派的理论源头之一，这种历史联系也决定了章学诚与乾嘉学派在治学方法上往往有趋近的一面。在章学诚看来，通经明理，亦不能离开名物训诂：“治经而不究于名物度数，则义理腾空而经术因以卤莽，所系非浅鲜也。”
更为值得注意的是，章学诚还着重将经与史联系起来，以史规定经：“六经皆史也。古人不著书，古人未尝离事而言理，六经皆先王之政典也。”
六经皆史之说，当然并不是章学诚首次提出的，在章学诚之前，王阳明等已有类似提法，然而，正是在章学诚那里，六经被明确地理解为历史文献的载体，所谓六经皆先王之政典，也就是把六经视为古代先王治国政绩的记录。从逻辑上看，六经的以上历史内涵，决定了治经也总是与史实的研究相联系。六经向史实的这种还原，同时也意味着消解六经的形而上内容。这样，尽管章学诚批评乾嘉学派停留于训诂考订，并表现出对明道与经世致用的关注，但“六经皆史”的命题在扬弃经学的形而上性质这一点上，与乾嘉学派“经非训诂不明”的看法，无疑又有相通之处，二者似乎从不同的侧面展示了经学实证化的走向。