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在推重西方科学的逻辑方法、实证原则的同时，明清之际的思想家对西方科学往往也有所批评。王锡阐在比较中西历法时，曾指出：“夫历理一也，而历数则有中与西之异。西人能言数中之理，不能言理之所以同。”
这里，值得注意的并不是明清之际学人对西方历法的具体评价，而是其中所流露的对“同”的关注。“同”所表征的，主要是普遍性的品格，理之所以同，似乎已超越了具体的经验之域。不难看出，相对于科学对特殊对象的把握，对理之所以同的追问，多少蕴含着一种形而上的指向。
对“理之所以同”的关注，当然并不限于个别思想家。与王锡阐相近，方以智在肯定西方的质测之学的同时，也曾对西学提出责难：“彼详于质测，而不善言通几，往往意以语阂。”
通几所涉及的，就是最普遍层面的理之同，亦即形而上之域。在方以智看来，西学固然长于具体经验领域的研究，但对形而上问题的探讨（通几）并不足道，而这种以普遍之理为对象的通几之学对方以智来说又是极为重要的方面。事实上，在方以智那里，通几诚然不能脱离质测，但它本身往往有时而渗入质测之中。以声、光等自然现象的研究而言，方以智虽然读过介绍西方光学的《远镜说》，但在具体解释时，却诉诸“气”这一传统哲学的范畴：“气凝为形，蕴发为光，窍激为声，皆气也。”
声、光本属具体经验领域的物理现象，气作为本体论或宇宙论的范畴，具有某种形而上的性质：它无所不在而又构成了万物的本源；以气解释光与其说是一种质测（科学）层面的规定，不如说是通几（哲学）的界说，这里似乎多少可以看到质测之学形而上化的趋向。
就更广的视域而言，在西学东渐之初，东西学人便开始从不同角度对中国传统的形上学与西学作种种的沟通。徐光启在介绍利玛窦所传入的西学时，曾指出：
顾惟先生之学，略有三种：大者修身事天，小者格物穷理，物理之一端别为象数，一一皆精实典要，洞无可疑。
这里的格物穷理主要指质测之学（科学），利玛窦本人亦以格物穷理指称西方科学：“夫儒者之学，亟致其知，致其知，当由明达物理耳。物理渺隐，人才顽昏，不因既明，累推其未明，吾知奚至哉！吾西陬国虽偏小，而其庠校所业格物穷理之法，视诸列邦为独备焉。”
以格致称科学，已启近代之先绪。但同时，格物穷理又常常被用来表示“费禄苏菲亚”，费禄苏菲亚即Philosphia的音译，意为哲学，如徐光启与毕方济合译的《灵言蠡勺》，即以“格物穷理”译“费禄苏菲亚”。这样，在明清之际，格物穷理既是一个实证科学的概念，又被规定为一个形而上的范畴；概念的这种交融固然与“格物穷理”本身的多义性相联系，但它同时亦折射了某种沟通形而下与形而上的理论意向。
实证科学与形而上学的如上沟通，亦体现于对逻辑与数学的理解之中。明清之际西方的逻辑学已通过《名理探》等著作而传入中国，这种逻辑固然首先被视为质测之学的新工具，但也往往同时被引向心性之学。李天经在阐释《名理探》的意义时，便指出：
三论明而名理出，即吾儒穷理尽性之学，端必由此，其裨益心灵之妙岂浅鲜哉。
此所谓三论，即《名理探》中直（概念）、断（判断）、推（推理）三论；穷理尽性之学，亦即传统儒学的心性形而上学。在李天经看来，名理探（逻辑）之所以重要，缘由之一即在于它是研究心性的必由之路。在这里，裨益心灵已不仅仅是一般意义上的逻辑思维训练，而是同时与形而上的思辨纠缠在一起。类似的看法亦见于明清之际的另一些思想家，如徐光启在论几何学的意义时，便将其与德性的涵养联系起来，认为“学此者不止增才，亦德基也。”
在此，作为穷理之学的几何方法，便同时具有了一种形而上的意义。
对逻辑、数学的如上理解，已涉及质测与通几的关系。方以智在反对“扫质测而冒举通几”的同时，又从一个较为普遍的层面，对二者的关系作了概述：“不可以质测废通几，不可以通几废质测；或质测，或通几，不相坏也。”
质言之，通几与质测相容而不相害。不过，通几与质测虽不可偏废，但又往往有所侧重。在更具体的讨论二者关系时，方以智进而指出：“质测即藏通几者也”，“通几护质测之穷”
。在此，通几似乎从双重意义上表现出其主导性：一方面，一切实证研究（质测）都包含着通几，换言之，通几作为内在的因素制约着质测；另一方面，具有普遍涵盖性的通几又可以克服质测的局限（护质测之穷）。在质测与通几的统一中，后者已呈现出某种优先性。
通几之学的优先性，使实证科学的研究有时也不免被注入形而上的内容。阮元在概述戴震的科学研究时曾指出：“庶常（戴震）以天文、舆地、声音、训诂数大端，为治经之本，故所为步算诸书，类皆以经义润色，缜密简要，准古作者。”
此所谓经义，也就是形而上的经学义理。天文、舆地、步算（推步、历算）本来属实证科学之域，但在戴震那里，这些领域的研究却同时渗入了形而上的义理。这固然与戴震兼治哲学的背景有关，但其中亦可以看到实证科学与思辨走向的纠缠；后者从另一个侧面表现了明清之际对科学某种形而上的理解。
与科学的形而上理解相辅相成的，是对科学普遍作用的确信。梅文鼎在谈到历法时，曾指出：
心之神明，无有穷尽，虽以天之高、星辰之远，……而人辄知之；辄有新法以追其变，故世愈降，历愈之密。
“心之神明”表征着理性的认识能力，“新法则”可以看作是科学发展的新形态。在梅文鼎看来，历算对天文现象的把握是一个无止境的过程，天象不管如何变化，都可以在历算理论的发展中得到解释。广而言之，科学的作用范围是无限的：所谓“心之神明，无有穷尽”，已从理性认识能力的角度确认了这一点。
对科学作用的确信，不仅体现于质测之学与对象的关系中，而且也展开于质测之学与其他知识领域的关系。作为明清之际科学思潮的延续，实测之学常常被用于经学研究。焦循在这方面提供了颇为典型的一例。焦循对中西数学都作过相当深入的研究，并撰有数学专著多部。在他那里，数学方法既被用于天文等现象的探索，也被用于经学，特别是易学的研究。在自述其治易过程时，焦循写道：“夫《易》，犹天也。天不可知，以实测而知。……十数年来，以测天之法测《易》，而此三者，乃从全《易》中自然契合。”
《易》作为六经之一，更多地表现为人文的经典，“测天之法”则属于实证科学的研究方法。焦循“以测天之法测《易》”，其意在于以实证科学的法来研究作为人文经典的《易》。在传统的易学研究中，常可以看到所谓象数之学，其中往往充满了神秘的比附，焦循要求以实证的态度治《易》，无疑包含着拒斥这类象数比附之意。但从更广的思维趋向看，以测天之法治《易》，显然亦意味着实证科学方法的某种泛化：在测天与测《易》的沟通中，实测的方法超越了实证研究之域，而扩展到了一般的知识领域。科学的这种泛化，在一定意义上已开近代之先声。
与焦循相近，戴震也表现出将实证科学方法普遍化的倾向；在其哲学研究中，我们便不难看到这一点。戴震在哲学上的代表作是《孟子字义疏证》，相对于中国哲学史上某些其他论著，该书更多地展示了逻辑的严密性，而所以能如此，很大程度上便在于戴震尝试将几何学的方法引入此书。戴震对几何学有深入的研究，在为《四库全书》所撰的《几何原本提要》中，戴震对《几何原本》作了很高的评价，而在《孟子字义疏证》中，戴震也多方面地运用了几何学的方法。全书每一章都先立界说（下一定义），以《性》章而言，开宗明义即：“性者，分于阴阳五行以为血气、心知、品物，区以别焉。举凡既生以后所有之事，所具之能，所全之德，咸以是为其本，故易曰：‘成之者性也’。”
总的界说之后，又自设问答，逐渐展开其多方面的含义；整个推论过程，基本上合乎利玛窦在《译几何原本·引》中所说的“论题之首，先标界说；次设公论，题论所据，次乃具题。题有本题，有作法、有推论，先之所征，必后之所待。”“一先不可后，一后不可先，累累交承，至终不绝也。初言实理，至易至明，渐次积累，终竞乃发奥微之义。”这种研究和论述方法在推进哲学思维的严密化方面，无疑有其不可忽视的意义，但将作为具体科学的几何学方法引入哲学领域，则又表现为科学向形上学的趋近。西方近代哲学史上，斯宾诺莎亦曾以几何学的公理化方法来展开其《伦理学》，在这方面，戴震似乎已表现出某种近代的思维趋向。
可以看到，明清之际及其后的思想家在从思维方法等方面引入、阐释西方实证科学的同时，又表现出将其提升和泛化的趋向。这一思维进路的缘由是多方面的，其中既有“技进于道”、追求普遍之理的传统形而上学之制约，又与西学输入的历史特点相关。就总体而言，西学的传入一开始便呈现实证精神与形上神学相互纠缠的格局，往往一书之中而二者并存，如利玛窦的《天主实义》虽以介绍天主教义为主，但亦兼及有关天体的天文学说；再如《寰有诠》，它首先无疑是一部神学著作，但其中又渗入了注重逻辑推论的思维趋向，李之藻在译序中指出：“所论天地万物之理，探源穷委，步步推明，由有形入无形，由因性达超性。”
在此，神理的阐释与严格的推论似乎并行不悖。另一方面，科学的著作，也往往受到神学的纠缠，后者的典型之例，便是在引入西方的天文学时，与教义相抵触的哥白尼学说始终没有得到正面的、系统的介绍。西学东渐的这一背景，无疑从一个方面构成了明清之际实证科学与形上之学彼此趋近的历史根源。而从更普遍的层面看，明清之际由肯定西学之“用”到关注思维方法，再到科学的泛化，似乎又预示了近代科学思潮的历史走向。