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按其本义，经学首先代表了一种正统的意识形态，作为意识形态，它主要体现了一定时期人们的愿望、理想、评价准则、文化模式、行为目标等，而后者无疑属于广义的价值理性。相对于经学的意识形态内容，音韵、训诂、校勘、天文、历算等具体科学，以及博考精思、严于求是的方法论思想，则更多地体现了理性的工具功能。清代学者将具体科学及实证方法引入经学，以此作为治经的手段与工具，似乎表现出融合二者的趋向。事实上，在经学实证化之后，我们看到的正是工具理性向价值理性的渗入，而这种渗入本身又蕴含着多重意义。
一般而论，实证的走向总是与形而上的超越之维相对。肯定实证研究的价值，往往逻辑地导向否定形而上学。与宋明理学家时时流露出浓厚的形而上学兴趣不同，清代学者更倾向于从事拆解形而上学的工作。戴震对宋儒将天理形而上学化提出了批评：“宋儒合仁、义、礼而统谓之理，视之‘如有物焉，得于天而具于心’，因以此为‘形而上’，为‘冲漠无朕’；以人伦日用为‘形而下’，为‘万象纷罗’。盖由老、庄、释氏之舍人伦日用而别有所贵，道遂转之以言夫理。……六经、孔、孟之言，无与之合者也。”
理学家将仁义等当然之则加以超验化，使之成为至上的天理，这既是对价值理性的强化，又表现出崇尚形而上本体的取向。在戴震看来，这种形而上的本体不外是思辨的虚构。他对形而上与形而下作了如下解说：
形谓已成形质，形而上犹曰形以前，形而下犹曰形以后。阴阳之未成形质，是谓形而上者也，非形而下明矣。
这里体现的，是一种拒斥形而上学的立场，它不仅展示了一种本体论的观点，而且具有某种价值观的意义。就后者而言，对形而上学的排拒，即意味着将注重之点由超验的领域转向具体的对象，这种思路与近代具有科学主义倾向的实证论颇有相通之处。
如前所述，与消解形而上学相联系，经学的实证化同时又使经学在研究方式上，或多或少趋近于近代科学，它在某种意义上为中国近代对实证科学的普遍推崇和认同作了理论的准备和历史的铺垫。事实上，近代具有科学主义倾向的思想家（如胡适）在提倡科学精神、引入近代科学方法之时，便常常将这种精神及方法与清代学者的治经方法加以沟通，以获得传统的根据。这种现象从一个侧面表明，中国近代对科学的礼赞和认同并非仅仅是近代西学东渐的产物，它同样有着传统的根源。
然而，具有历史与理论意味的是，在经学的实证化过程中，文字、音韵等科学本身似乎也经历了由“技”到“学”的演化。在传统儒学中，语言、文字、天文、历算等本来属于具体的“技”或“艺”，清代学者在从理学返归经学的前提下，进而以小学（语言文字、音韵学等）、天文、历算等具体科学为治经的主要手段，并将科学的治学方法与经学研究融合为一，与之相应，科学也开始作为经学的一个内在要素而获得了自身的价值。这一转换过程，与明清之际西方科学的东渐彼此相关，它一方面从经学内部促进了具体科学的成长，并形成了附庸蔚为大国的独特学术格局；另一方面也使科学的价值地位得到了提升：作为经学的内在要素，文字、音韵、天文、历算等具体科学已开始从“技”，步入“道”的领域。这种演化过程似乎又蕴含着在另一重意义上承诺形而上学的趋向，事实上，清代学者便一再批评“但求名物，不求圣道”
，即反对仅仅停留于实证研究，而未能进而把握普遍之道，这里已多少可以看到将名物训诂等实证研究与形而上追求沟通起来的意向；后者既与明清之际西学东渐的趋向前后相承，又预示了近代科学观念的变迁。