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1 包括肠鳃纲和羽鳃纲，外形上差别很大，肠鳃纲像蚯蚓，羽鳃纲像苔藓虫。
2 身体分为吻、领和躯干3部分，咽部具鳃裂，无围鳃腔。
3 具口索。
4 背部神经索中空。
5 直接发育或间接发育，无性生殖。
6 全部是海产。
1 历史观点
（1）半索动物应列入动物界中最高等的脊索动物门，因为半索动物与脊索动物的主要特征基本符合。
（2）半索动物不应列入动物界中最高等的脊索动物门，因为半索动物具有一些非脊索动物的结构，口索很可能是一种内分泌器官。
2 现代观点
半索动物门是非脊索动物和脊索动物之间的一种过渡类型，因把应作为独立的门。根据如下：①半索动物和棘皮动物都是后口动物；②中胚层都是由原肠凸出形成；③柱头虫的幼体与棘皮动物的幼体形态结构非常相似；④脊索动物肌肉中有肌酸，非脊索动物肌肉中有精氨酸，而海胆和柱头虫的肌肉中，两者都含有，表明亲缘关系较近。