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早期基督教教会没有统一的组织与领导。随着教会特权的增多，教会内部为争夺领导权的斗争也日益加剧，各主要教区的主教互不相让。445年，罗马主教利奥一世要求西罗马帝国皇帝瓦伦丁尼三世（ValentinianusⅢ，419—445在位）发布诏令授予罗马主教特权，规定罗马主教制定的一切应成为全教会的法律，如果有某个主教拒绝服从罗马主教的传召，该省总督有义务强迫其前往。皇帝的命令成为罗马主教自封为教会最高首脑的法律依据。但各地主教拒绝接受罗马主教的权威，仍然认为所有主教的地位都是平等的。针对445年的诏令，东罗马帝国皇帝马西安于451年在卡尔西顿召开第四次大公会议，会议决议的第28条就是规定君士坦丁堡大主教与罗马主教在教务上具有同等权力。对此，罗马主教利奥一世拒不接受。6世纪中叶以前，罗马主教不仅未能在东部教会，而且也没有在西部教会中树立起最高教会权威。直到560年，西部教会才承认罗马主教的领袖地位。1054年，东西方教会分裂以后，罗马主教垄断了Pontifex或Papa（“教皇”或“教宗”）的称号，“教皇”的涵义也逐渐明确化了。“教皇”（中国天主教的正式译法为“教宗”）一词系译自拉丁文Papa，意为“爸爸”。罗马教皇的全称是：“罗马城主教、罗马教省都主教、西部宗主教、梵蒂冈君主、教皇”。
8世纪下半叶，教皇秘书处伪造了君士坦丁大帝致罗马主教西尔维斯特一世（SilvesterⅠ，约314—335在职）的一封信，信中说：为了感谢西尔维斯特治好了他的麻风病，使他皈依基督，他承认圣彼得的教区高于帝国及皇帝，罗马主教有权管辖耶路撒冷、君士坦丁堡、亚历山大里亚、安提阿四大教区，并把“罗马城和全部意大利、整个西部地区行省、地区和城市”的世俗统治权赠送给罗马主教，史称《君士坦丁的赠礼》。教皇根据这个文件向东方四大教区和西欧各国君主提出权力要求，扩大自己的权势。12世纪时，有人开始怀疑《君士坦丁的赠礼》的真实性，到1440年，意大利人文学者罗伦佐·瓦拉（Lorenzo Valla）等证实该文件确系伪造。
9世纪中叶出现了一本教会法令集，据称它出于7世纪西班牙塞维利亚主教伊西多尔（Isidorus Hispalensis，约560—636）之手，故称《伊西多尔教令集》。这本《教令集》汇集了当时流传的自克雷芒一世（ClemensⅠ，约88—99在职）至格列高利二世（GregoryⅡ，715—731在职）历任罗马主教的书信和一些会议文件。《教令集》载明，根据教会传统，未经罗马主教同意不得开除任何主教，不得召开宗教会议，不能决定宗教问题，主教可直接向罗马教会上诉。《教令集》声称，教权高于政权，各地主教只服从罗马教会，不服从政府。《教令集》是中世纪教会为加强教皇权势、摆脱世俗政权的控制、维护主教职权和教会财产的文献依据，是教权与皇权斗争的有力武器。从12世纪起，《教令集》的真实性受到怀疑。到15—17世纪，经考证，其中的《君士坦丁的赠礼》等40多份文件确属伪造，罗马教廷不得不承认其为伪书，故称之为《伪伊西多尔教令集》。
圣像破坏运动使罗马主教与东罗马帝国皇帝彻底决裂，转而谋求法兰克人的支持。
739年，罗马主教格列高利三世曾请求法兰克人派兵抵抗伦巴人的入侵，但未成功。751年，新伦巴王艾斯图尔夫（Aistulf，749—756在位）夺取了拉文那，对罗马构成直接威胁。754年，伦罗人向罗马进逼，罗马主教斯蒂芬二世（Stephen Ⅱ，752—757在位）亲自前往巴黎向法兰克王丕平（Pepin，741—768）求援，为丕平加冕并封他为“罗马人的行政官”。丕平于754年和756年先后两次出兵意大利，最终迫使伦巴王交出拉文那总督管辖区和彭塔波利斯。丕平就把这两块地方赠送给罗马主教，史称“丕平的赠礼”，教皇国由此诞生。教皇既是宗教领袖，又成为世俗君主，于是权势大增。而教皇为丕平加冕之举使教皇自认为有废立皇帝之权，为日后的教权与皇权之争埋下了根源。
771年，丕平的儿子查理统治法兰克，史称“查理曼”（Charlemagne）。772年，查理曼对萨克森发起了长达30多年的战争，终于在804年征服萨克森，在那里设立主教区，建造隐修院，强迫萨克森人信奉基督教。查理曼对征服之地一律强制推行基督教，于是，弗里西亚、巴伐利亚以及奥地利大部地区都皈依了基督。
799年，罗马主教利奥三世被罗马贵族驱逐，逃往帕德伯（Paderborn）请求查理曼保护。查理曼率兵恢复了利奥三世的主教位。800年圣诞节，查理曼在圣彼得大教堂礼拜时，利奥三世突然将罗马皇冠加在他的头上，查理曼遂成为“罗马人的皇帝”，法兰克王国也就成为“查理曼帝国”了。
查理曼把战争中夺得的大部分土地分封给自己的部属，逐渐形成封建庄园，各庄园主力图控制自己领地内的教会。另一方面，教会的主教和修院院长也通过各种方式占有了大片土地，成为另一种类型的庄园主。为确保主教在世俗领地中的教权，查理曼规定各地方主教有按立神甫之权，并有权在本教区内巡查执行惩戒。他还把“什一税”（居民将收入的1/10交付教会）定为法律。查理曼统治时期，主教均由皇帝任命（称“主教叙任权”），选立新教皇也须经皇帝批准。与此同时，查理曼还非常重视文化建设，他任用神学家及教育家阿尔琴（Alcuin，约735—804）做主要文化顾问，兴办宫廷学校、修院学校及图书馆，组织人力大量抄录古典文献，从当时西欧文化最发达的爱尔兰修院中聘请一批学者到学校中任教，在学校中开设“七艺”：即语法、修辞、逻辑、几何、算数、天文、音乐七门课程。查理曼的努力，使自6世纪以来因蛮族入侵遭到破坏的欧洲文化得到一定的复兴，史称“加洛林文化复兴”（查理曼大帝的名字“查理”拉丁文为Carolinus，因此，他建立的王朝被称为“加洛林王朝”，“加洛林文化”之名也源于此）。
814年，查理曼去世，帝国很快分裂，国力大衰。教皇失去了法兰克人的政治支持，被罗马贵族所控制。这时，日耳曼人逐渐强大起来。919年，萨克森公爵亨利一世（HenryⅠ，919—936在位）登上日耳曼王位，他先制服了国内其他诸侯，然后向外扩张，征服了易北河以东的斯拉夫各族，击败了匈奴人的入侵，迫使丹麦臣服。亨利死后，其子奥托一世（OttoⅠ，936—973在位）联合主教和修院院长，共同对抗诸侯联盟。他控制了主教和修院院长的叙任权，大批安插自己的亲信，并赐予大片领地及领地内的行政权和司法权。这种权力称为“奥托特权”。奥托同教会结成同盟，在教会的支持下，巩固了自己的政权，教会则借助奥托的力量，扩大自己的影响。
奥托一世稳定了国内局势后，便向意大利扩张势力。951年，他首次进入意大利，征服了意大利北部地区。961年，教皇约翰十二世为摆脱罗马统治者贝伦加尔二世的控制，向奥托求援。奥托再次进军意大利，帮助教皇赶走贝伦加尔。教皇为奥托加冕，封他为“神圣罗马帝国”皇帝。神圣罗马帝国皇帝名义上继承了罗马帝国和查理曼帝国的传统，是基督教各国的领袖，实际上他的统治权只限于德意志兼意大利。