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东、西方教会之间的分歧由来已久，其中有文化传统方面的原因，也有历史、地理等方面的原因，但直接原因则是双方领导集团为争夺教会的最高统治权不断发生冲突，终于在1054年彻底分裂。
东、西方教会在文化传统上是很不相同的。东部教会是希腊文化传统，西部教会是拉丁文化传统，由此形成了神学、教义、礼仪、习俗等方面的差异。东部教会比西部教会更注重外在礼仪，例如，在圣礼方面，西部教会规定为七件（洗礼、坚振、圣餐、告解、终傅、神品、婚配），东部教会则认为，除这七件外，其他宗教行为都具有圣礼性质。东部教会在希腊化文化影响下惯用希腊哲学的观点和方法来论证神学，往往带有神秘主义色彩，强调神迹、个人与基督的交通，认为得救的直接方法是当修士，因此，一般平信徒（包括皇帝在内）在临终前都要当一段时间的修士，以便死后能进天国。故而东部教会修道之风比西部盛行，修士的权势也比西部大，而且他们一般不大关心现世问题。西部教会在罗马拉丁文化的影响下注重律法，他们把基督的福音看做新律法，并由此发展“原罪”、“救赎”等教义神学，注重伦理、道德和现实问题，关心如何使人的“本罪”得赦免。在“圣三一”的神学问题上，东部教会继承希腊哲学关于世界只有一个本原的思想，强调圣灵“由父出来”。西部教会则遵循奥古斯丁关于“圣灵是父与子之间的爱”的学说，强调圣灵是从“父和子”出来。双方经常利用神学分歧指责对方为异端，藉以确立自己的正统地位，夺取教会领导权。
自君士坦丁大帝4世纪迁都以后，东部教会始终处于罗马皇帝的严密控制之下。皇帝有权召开宗教会议、任免主教、惩处教士，主教的指令须经皇帝批准才能发布，教俗两权都集中在皇帝一人之手。西部教会则不同。由于蛮族入侵，西罗马帝国灭亡，而东罗马帝国的统治者又远在君士坦丁堡，无法对西部教会实施有效的保护与统治，因此，罗马主教具有很大的世俗权力。早在5世纪中叶，罗马主教利奥一世就拒不接受卡尔西顿大公会议（451）关于君士坦丁堡主教与罗马主教在教务上具有同等地位的决议，并提出“彼得优越论”来论证罗马主教是普世教会的当然领袖。6世纪末，罗马主教格列高利一世取得罗马城的统治权，与世俗君主分庭抗礼，并自尊为“上帝众仆之仆”，位在众主教之上。726年，东罗马帝国皇帝利奥三世发动圣像破坏运动时，罗马主教坚决反对，并进而支持皇帝的敌人。为此，皇帝剥夺了罗马主教对意大利南部和西西里岛的管辖权，导致罗马主教与皇帝彻底决裂，转而寻求法兰克人的支持。
857年，东罗马帝国皇帝迈克尔三世（Michael Ⅲ，842—867在位）废黜君士坦丁堡大主教依纳爵（Ignatius），另立平信徒佛提乌（Photius）为大主教。依纳爵向罗马主教尼古拉一世申诉，尼古拉一世借机进行干预，要求皇帝恢复依纳爵的职位，并提出归还意大利南部和西西里的管辖权。皇帝不予理睬。863年，尼古拉一世召开宗教会议，宣布将佛提乌革职。佛提乌则针锋相对，指责西部教会为异端，如在《信经》中加入“和子”的字句、星期六斋戒、大斋期喝牛奶、吃奶油和乳酪、要求神职人员独身、只准主教行施坚振礼等。867年，佛提乌在君士坦丁堡召开宗教会议绝罚罗马主教。在开展传教活动方面东、西方教会也不断发生摩擦，争夺对新成立教会的控制权，使东、西方教会的矛盾更加激化。
11世纪中叶，罗马主教联合诺曼人和日耳曼人把东罗马帝国势力挤出意大利南部并任命罗马教会教士担任意大利南部及西西里岛主教。君士坦丁堡大主教迈克尔·塞鲁拉里（Michael Cerularius，1043—1058在职）采取针锋相对的做法，也往那里派遣主教，双方对峙。1053年，迈克尔·塞鲁拉里撰文攻击罗马主教，并指责西部教会在圣餐中使用无酵饼。1054年，罗马主教利奥九世派枢机主教洪贝尔和洛林的弗里德里希为使节前往君士坦丁堡商讨解决分歧的办法，遭塞鲁拉里拒绝。洪贝尔遂将绝罚塞鲁拉里的“教皇通谕”放在索非亚大教堂的圣坛上以示决裂。塞鲁拉里立即召开宗教会议，宣布洪贝尔是“渎神的人”，“像野猪一样，为了推翻真理，自黑暗的西方来到虔诚之国”，并将利奥九世及其使节开除出教。东西方教会就彻底决裂了。
东部教会标榜自己的“正统性”自称“正教”（Orthodoxia），因为是东部教会，又称“东正教”，又因为在崇拜仪式中采用希腊礼仪，所以又称“希腊正教”。西部教会则强调自己的“普世性”，自称“公教”（Catholicity），因为其领导中心在罗马，所以又称“罗马公教”，汉语又译做“罗马天主教”。
