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1世纪以后，基督教在向西传入希腊罗马的同时，在罗马帝国的东部也获得很大发展，在亚细亚，两河流域，阿拉伯半岛以及北非都取得了很大成功。3世纪前后，在安提阿、亚历山大里亚、君士坦丁堡、耶路撒冷等传教中心相继建立了4个大主教辖区（牧首区），以后又陆续成立了若干个独立教会。由于上述地区处于罗马帝国东部，教会在神学思想、礼仪、制度、习惯等方面都受到希腊和拜占庭文化的影响，具有一些不同于以罗马教会为代表的西部地区教会的“东方”特色，因而这一地区的教会习惯上被称为“东派教会”，或“东方教会”。
相传君士坦丁堡教会是由使徒安得烈建立的，最初君士坦丁堡的主教与其他东派教会主教的地位是平等的，但由于君士坦丁堡是东罗马帝国的首都，君士坦丁堡主教在皇帝对教会的控制活动中居于特殊的中介地位，所以君士坦丁堡主教逐步拥有了高于其他主教的某些特殊权力。381年，在第二次大公会议上确认君士坦丁堡主教为首席主教，拥有“普世牧首”的尊号。但在当时，这一尊号主要是名义上的，东方教会的重大事务，一般仍要由来自各地教会的主教们召开大公会议解决。著名的7次大公会议中有4次（包括最后3次）都是在君士坦丁堡召开的。8世纪以后，随着拜占庭帝国专制制度的强化，君士坦丁堡主教日益成为帝国维护其统治利益的工具。君士坦丁堡主教以“普世牧首”的地位支配，干预东方其他教会的事务，站在维护拜占庭帝国的立场上与西部的教、俗首脑多次发生冲突，向西部扩大影响，扩展势力范围，以配合拜占庭帝国争取控制西部的努力，这些做法是导致1054年东西方教会发生分裂的重要因素。
安提阿教会是东方最古老的教会之一，据说著名的使徒彼得、保罗、巴拿巴等都曾到安提阿传道。基督教早期教父依纳爵（Ignatius，约35—107）曾任安提阿主教。3世纪后安提阿学派曾是古代重要的基督教神学学派之一，阿利乌派在此地曾很活跃，主张“嗣子说”（认为耶稣为上帝嗣子）的保罗（Paulus Samosata）曾任安提阿主教，另外古代教会著名的神学家、布道家路济安（Lucianus，约235—317）、金口约翰（Joannes Chrysostom，约347—407）、主张“二性二位说”的聂斯托利等也曾在安提阿活动过。从3世纪起安提阿设立了独立的都主教府，以后设立“牧首”，成为东派教会中地位仅次于君士坦丁堡的牧首区，辖区包括叙利亚、小亚细亚、美索不达米亚、巴勒斯坦、塞浦路斯等地。330年，君士坦丁大帝建立新都，安提阿主教区原辖的小亚细亚部分转归君士坦丁堡主教管辖。431年以弗所大公会议后，安提阿教会信徒大部分脱离正统派参加聂斯托利派，塞浦路斯教会也被公会议批准脱离安提阿主教管辖成立独立教会。451年耶路撒冷牧首区成立，巴勒斯坦地区又被划出。6世纪时，“基督一性论派”在安提阿又很活跃，持一性论的彼得（绰号“漂布匠”）曾两度担任安提阿主教。一性论派与活动在这一地区的聂斯托利派彼此互相攻击，同时二者又都被正统派教会视为异端而遭到镇压。教会内部的冲突大大削弱了安提阿教会的势力，以后聂斯托利派向东方发展，而一性论派则建立了以雅各·巴拉丢（Jacob Baradaeus，—578）为首的雅各派教会（Jacobite），在叙利亚一度有很大影响。638年，信奉伊斯兰教的阿拉伯人占领了安提阿，基督教受到种种限制。1054年，安提阿教会与君士坦丁堡教会一起与罗马教会决裂。
据传亚历山大里亚教会创建于1世纪，马可为亚历山大里亚的第一位主教。著名教父奥利金（Origen，约185—约254）曾任亚历山大里亚神学院院长多年，他所主张的基督是次一等的神和受造之物的理论在此地教会中有一定影响。4—5世纪，亚历山大里亚教会与君士坦丁堡教会曾多次发生纠纷，早期的阿利乌派异端就发生在这里。328年，反对阿利乌派观点的阿塔纳修担任亚历山大里亚主教，他坚持《尼西亚信经》的立场，与支持阿利乌派的君士坦丁堡主教优西比乌多次发生争执。亚历山大里亚主教原辖非洲东北部各教会，当时这里的官吏和主教都分别由君士坦丁堡的皇帝和主教委派，这引起了当地人的不满。5世纪时在该教会内部出现了一个反对外人统治的派别——科普特派（Coptics，“科普特”原意为埃及人），当基督一性论派在卡尔西顿会议上被指控为异端，遭到镇压时，科普特派却接受了他们的主张，他们把正统派称为麦尔契斯（Melchites），甚至刺杀了当时的正统派主教波特流斯（Proterius），另立提摩太（Timotheus，绰号“猫者”）为主教，以后一个时期内科普特派和正统派各立自己的主教，东罗马皇帝调和两派纠纷的努力也未获成功。6世纪中叶，埃及教会终于分裂为持基督一性论的科普特教会和正统派教会，正统派主教仍居亚历山大里亚，科普特派主教则住在附近的一所修道院中。641年阿拉伯人侵入埃及，科普特派因反对东罗马帝国的统治、帮助阿拉伯人而受到后者的宽容，阿拉伯人承认其教会和主教的合法地位，但在教堂建筑、信徒的日常生活等方面也受到一些歧视性的限制。而正统派教会因与阿拉伯人发生冲突，致使主教被迫逃往君士坦丁堡，主教职位长期空缺，正统派教会受到怀疑和歧视，信徒有的被迫逃亡，有的改宗科普特派。直到727年，正统派始选立科斯莫斯（Cosmos，绰号“制针匠”）为主教，他几经交涉，申明自己的正统地位，最后终于得到确认，教会财产被发还，亚历山大里亚主教区（牧首区）才得以重新建立。以后的主教多由耶路撒冷牧首或君士坦丁堡牧首委派，虽保持有四大牧首中位列第二的名誉，但由于许多信徒皈依伊斯兰教或改宗科普特教会，亚历山大里亚牧首区的势力已大受削弱了。
耶路撒冷教会的产生渊源于早期基督教社团的活动，据《福音书》记载，耶稣曾在此地传教，据说耶稣的兄弟雅各曾是耶路撒冷最早的主教，一般认为耶路撒冷教会最初的成员都是信奉基督教的犹太人。在许多基督徒眼里，耶路撒冷是当年耶稣传教、受难、复活的圣地，前往朝拜者很多，尼西亚会议主张给此地的主教以特殊的尊敬。451年卡尔西顿公会议出于同样理由决定正式建立耶路撒冷牧首区，辖区由安提阿牧首区划出，包括巴勒斯坦、阿拉伯半岛等地区。637年，信奉伊斯兰教的阿拉伯人围攻耶路撒冷，当时的牧首索夫罗纽（Sophronius）向阿拉伯人首领欧默尔（Omer）献城投降，换取准许基督徒保留教堂，享有宗教活动自由的回报，但要交纳人头税。随着伊斯兰教势力的强大，被伊斯兰教视为第二圣地的耶路撒冷的地位也越来越为阿拉伯人关注，致使耶路撒冷牧首区受到各种限制，甚至曾有60余年的时间没有牧首，11世纪西部教会借口夺回圣墓，发动了十字军战争。