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随着基督教社会地位的变化，一些原已存在的问题就显得更突出，亟待解决，如经典的确认，教义的统一与系统化，教会组织系统的建立，崇拜形式的确定与统一等。围绕这些问题，在教会内部形成了不同派别的争议。由于罗马统治者的干预，使争论更趋复杂化，同时也为解决上述问题提供了有利条件。7次大公会议就是在这样的背景下召开的。
随着基督教逐渐成为罗马帝国官方意识形态，它就把一切不符合正统教义的教派及神学主张统统斥为“异端”。正统教义中很重要的一条就是“三位一体”，即上帝只有一个，但在一个本体之中包含着三个同等的位格——圣父、圣子、圣灵。“三位一体说”的原始根据是《马太福音》第28章第19节记载的，复活后的耶稣吩咐门徒们说：“你们要去，使万民作我的门徒，奉父、子、圣灵的名给他们施洗。”3世纪中叶，基督教神学家德尔图良首先提出了“三位一体说”，但当时对圣灵并不重视，也未确定三者之间的关系应如何解释。随着教会的发展，如何解释“三位一体”，特别是圣父与圣子的关系，道成肉身的圣子的神性与人性的关系，就成为重要的，也是争论较多的神学命题之一。
318年，利比亚教区主教阿利乌（Arius，约250—336）对“三位一体”提出了自己的解释。他认为基督既是上帝的儿子，他就是“受造物”，不能说他既是受造物又是造物主，也不能说他既是儿子又是父亲，所以圣子应该低于圣父，不能与圣父同体、同性，但他是最完美的“首生的”受造物。阿利乌还认为，上帝是独一的神，不能说基督也是神，不然就变成了多神论，所以他虽然也承认基督具有神、人二性，但他却只强调基督的“人性”。对于圣灵他就更不强调了。
阿利乌的主张得到亚历山大里亚、巴勒斯坦、小亚细亚等东方教会中的部分神职人员的支持。321年，亚历山大里亚主教召开宗教会议把阿利乌派神甫革职，称他们为“异端”。著名学者尼科米迪主教优西比乌支持阿利乌派，他曾试图联合小亚细亚和叙利亚主教对亚历山大里亚施加压力，以恢复阿利乌的职位，但没有成功。两派都通函帝国各地教会互相攻击，各地教会都卷入了这场长期争论。这场纠纷虽然是教会内部矛盾，而且只是神学问题的争论，但显然不利于君士坦丁大帝的统治意图。为此，君士坦丁采纳了西班牙柯都伐主教何西乌（Hosius）的建议，于325年，在离君士坦丁堡50英里的尼西亚城（Nicaea）召开全帝国范围的宗教会议，参加会议的有318名主教，主要是东部教会的主教，罗马主教未出席，只派了两名神甫为代表。
会议由何西乌主持，君士坦丁大帝在开幕时致训词，反对教会分裂，隆重宴请与会代表并举行了盛大的阅兵典礼。会议秉承君士坦丁的意志，在神学争论中反对阿利乌派，起草了《尼西亚信经》以统一思想，平息争端。
《尼西亚信经》原本已失传。据说《信经》原本是以当时巴勒斯坦该撒利亚教会使用的信经为蓝本。现存《信经》是381年君士坦丁堡宗教会议修订的，全文如下：
我们信独一上帝，全能的父，创造有形无形万物的主。我们信独一主耶稣基督，上帝的儿子，为父所生，是独生的，即由父的本质所生的。从神出来的神，从光出来的光，从真神出来的真神，受生而非被造，与父同质，天上、地上的万物都是藉着他而受造的。他为拯救我们世人而降临，成了肉身的人，受难，第三日复活，升天，将来必再降临，审判活人死人。[我们]也信圣灵。
当时参加会议的主教中阿利乌派占多数，在辩论中占了上风。于是，君士坦丁下令强迫阿利乌派接受《信经》，拒绝签字者立即逮捕。会议强行通过了《信经》，还制定了20条教会法规以扩大正统派主教的权力。此外，会议按帝国行省划分教区，并赋予罗马、亚历山大里亚、耶路撒冷3个教区的大主教以更大的权力，规定主教全由皇帝任免，每年春分月圆后第一个主日为“复活节”等。
阿利乌派的意见虽然在尼西亚会议上被镇压下去，但没有从根本上解决问题。328年，阿塔纳修（Athanasius，约239—373，亦译“亚大纳西”）任亚历山大里亚主教，坚决维护《信经》，与同情阿利乌派的该撒利亚主教优西比乌发生了论战。这时优西比乌已成为君士坦丁大帝的神学顾问，于是在蒂尔召开宗教会议，恢复了阿利乌派的教籍与职位，并把阿塔纳修放逐到高卢地区去。
330年，君士坦丁大帝委托优西比乌编选50部经典，以皇帝的名义颁发作为教会使用的统一经典。397年，第三次迦太基宗教会议才以教会的名义作出决议，确定《新约全书》的内容和目次，成为现在使用的《新约圣经》的蓝本。
337年，君士坦丁大帝去世，罗马帝国由他3个儿子分治，东西方教会也为争权夺利而斗争。342年君士坦丁的两个儿子西部统治者康士坦斯和东部统治者康士坦蒂乌决定在索非亚召开宗教会议，解决教会争端。罗马教会把被东方教会革职的主教复职，派去开会。为此，东方教会主教拒绝参加会议。西方主教则趁机在会议中把一大批东方主教革职，并树立罗马主教的权威。康士坦斯支持西方主教，康士坦蒂乌则支持东方主教，双方矛盾不断加剧。
381年，东罗马帝国皇帝狄奥多西一世在君士坦丁堡召开会议，继续解决阿利乌派异端问题，这次会议后来被称为第二次大公会议。会议重申《尼西亚信经》，加上了“圣灵与圣父、圣子同样具有神性”的提法，从而把圣灵提到与父、子完全同等的地位，确立了“三位一体”的教义。会议谴责阿利乌派为异端，把他们逐出帝国。此后，阿利乌派退出罗马而向东方发展。
由“三位一体”的争论引出的另一个问题，就是基督的人性问题以及由此产生的马利亚是“上帝之母”的争论。428年，安提阿的聂斯托利（Nestorius，约381—451）当上了君士坦丁堡大主教，他主张二性二位说，否认基督的神性与人性结合为一个本体，而认为其神性本体附在人性本体上，因此不同意把马利亚称为“上帝之母”，最多可称为“基督之母”。他的论点遭到亚历山大里亚大主教奚利尔（Cyrillus，约376—444）的反对。双方展开论战。亚历山大里亚早已与罗马结成同盟共同阻止君士坦丁堡的势力。430年，罗马主教西莱斯丁一世（Celestine Ⅰ，422—432在职）在罗马召开地方宗教会议支持奚利尔，以革除教籍威胁聂斯托利，强迫他放弃主张，但聂斯托利置之不理。
431年夏，东罗马帝国皇帝狄奥多西二世在以弗所召开会议解决争端。奚利尔一派的代表最先到会，他们不等对方代表到达，便擅自开会，匆忙通过决议，把聂斯托利定为异端并撤职。几天之后，以安提阿大主教约翰为首的聂斯托利派主教们到齐后，也自行开会，以破坏会议的罪名把奚利尔撤职，历史称这次会议为“小宗教会议”（Concilabilum）。罗马教会代表到会后加入奚利尔派一边，把约翰也撤了职。双方大吵大闹，互相指责。东罗马帝国皇帝狄奥多西二世为保持太平，把聂斯托利和奚利尔两人都撤了职。聂斯托利回安提阿原来的隐修院去，奚利尔则返回埃及，既不服从会议决议，也不服从皇帝命令。
以弗所会议虽然是以谴责聂斯托利派为主题，但两派斗争并未结束。433年，双方在政府干预下不得不互相让步，暂停论战。安提阿派不再支持聂斯托利，奚利尔派则表示同意安提阿派的信经格式：“所以我们承认我们的主耶稣基督……完全是神，也完全是人……因为两性联合在一起，所以我们承认一位基督……圣童贞女是上帝的母亲，因为称为道的上帝成了肉身，成了人，藉着她的怀孕把他自己与由她所产生的肉身联合了起来。”这个妥协显然对奚利尔派有利，因为他们达到了排斥聂斯托利的目的，并使东方教会接受了他们所主持的以弗所会议，罗马教会就更不用说了。所以，这次以弗所会议被认为是第三次大公会议。
聂斯托利派并未罢休，直到435年，皇帝才以诏令的方式把聂斯托利派定为异端。
433年安提阿与亚历山大里亚两派之间的妥协只是暂时休战。444年，亚历山大里亚大主教奚利尔去世，丢斯库若（Dioscarus）继任亚历山大里亚大主教。446年，夫拉维安（Flavian）继任君士坦丁堡大主教。这时，有一个奚利尔派的修道主教（隐修院院长）优迪克斯（Eutyches，378—454）宣称：“我们承认我们的主在联合之先（即在神成人身之先）原有二性，但在联合之后，便只有一性了。”448年，君士坦丁堡大主教夫拉维安召开地方宗教会议，把优迪克斯定为异端。亚历山大里亚大主教丢斯库若抓住这个机会向夫拉维安发动攻击。夫拉维安与优迪克斯都向罗马主教利奥一世（Leo Ⅰ，440—461在位，这时，利奥一世已自封为教皇）写信争取他的支持。利奥一世于449年6月复信表示支持君士坦丁堡，主张在基督里有两个完整无缺的本性：“在每一个本性和实质之共有性均无所贬抑的情形之下，两下集合拢来在一个位格里面。”亚历山大里亚大主教则极力维护优迪克斯，在他的请求下，皇帝狄奥多西二世于449年8月在以弗所召开宗教会议。丢斯库若主持会议，会上提出的口号是：“将那些把基督的本性分成两半的人劈成两半。”会议恢复优迪克斯的职务，判决“二性论”者为异端，废黜君士坦丁堡大主教夫拉维安及6位东方教会的重要主教，并禁止宣读利奥一世向会议提出的《利奥大卷》。此次会议混乱不堪，双方大打出手，据说，君士坦丁堡大主教夫拉维安在会议上身受重伤，不久就死了。丢斯库若虽然大获全胜，但亚历山大里亚与罗马的联盟却从此决裂了。此后利奥一世称这次会议为“以弗所强盗会议”，宣布会议无效。
450年，支持“以弗所强盗会议”的皇帝狄奥多西二世去世，继任皇帝马西安（Marcianus Flavius，约396—457）支持另一派。451年，马西安等在君士坦丁堡附近的卡尔西顿（Chalcedon）召开会议。参加会议的共520多位主教（一说共600位主教），除利奥一世的代表和两位非洲主教外，其余主教全部来自东方教会。会议将主持“以弗所强盗会议”的丢斯库若撤职并驱逐出境；会议重申《尼西亚信经》和《君士坦丁堡信经》（381），谴责关于基督只有神性没有人性的说法，并组成了一个委员会来修订《信经》。信经中关于基督位格的解说，基本上按照利奥一世向449年会议提出的《利奥大卷》写成的，主要内容为：基督的神性与人性是同等完整的；按其神格而言，他与父同体，按其人格而言，他与世人同体，但无原罪；按神格而言，他在万世之先，为父所生，按人格而言，他在末世之中，为救世人，由“上帝之母”童贞女马利亚所生；这同一个基督、圣子、主是独生的，处于两个性质之中，二性互不混淆，互不变换，互不割裂，互不分开；二性不因联合而失去区别，每一性的特点反因此得以保全并汇合于一个位格、一个本体之中……
这个《信经》就是整个教会公认为解决了基督论问题的正统教义。这是皇帝和教皇为了各自的目的而共同争取来的一次教义胜利，历史上称这次会议为第四次大公会议。这次会议对罗马教会固然有利，但同时也作出了一条决议，即宣布君士坦丁堡大主教与罗马主教在教务上有同等权力。利奥一世对此提出了抗议。另外，这次会议打击了亚历山大里亚的权威，一些坚持“基督一性论”的教会继续各行其是，加速了东方教会的分裂。
卡尔西顿大公会议以后，西方教会自然坚决拥护按照《利奥大卷》制定的卡尔西顿教令，但东方教会却在很大程度上持保留态度。在许多东方教徒看来，基督就是上帝，所谓“两种性质”不论怎样解释，基督仍然只是半个上帝。他们坚持基督只有神性，所以被称为“基督一性论者”，主要分布在埃及、叙利亚一带，在波斯则有聂斯托利派，他们的口号是“上帝曾被钉在十字架上”。
457年，基督一性论派的提摩太（Timothy）任亚历山大里亚大主教；461年，基督一性论派的彼得任安提阿大主教。于是埃及与叙利亚教会联合起来共同反对君士坦丁堡，特别是安提阿大主教彼得把《三圣颂》改为：“圣哉上帝，圣哉强健者，圣哉永远不死者，你替我们被钉在十字架上。”最后一句“你替我们被钉在十字架上”是彼得擅自加上的，这一行动使正统派与一性论派的对抗更加激烈了。
482年，东罗马帝国皇帝齐诺（Zeno，474—491在位）为了使混乱的教会重归统一，颁布了《赫诺提肯谕》（Henoticon，即《合一谕》），得到君士坦丁堡教会的支持，事实上取消了卡尔西顿会议所规定的教义，对一性论派让步，因而被西方教会所诅咒。484年，罗马主教斐理克斯二世（FelixⅡ，483—492在职）把君士坦丁堡大主教阿卡西乌（Acacius，471—489在职）革除教籍，并宣布与东方教会断绝来往，史称“阿卡西乌分裂”。直到519年，东罗马帝国皇帝查士丁一世（Justin Ⅰ，518—527在位）正式重申确认卡尔西顿声明，分裂才告结束。这样做虽然缓和了东西方教会的矛盾，但君士坦丁堡却与埃及、叙利亚教会的关系更加疏远，使东方教会日趋分裂了。
527年，查士丁尼一世（Justinianus Ⅰ，483—565）登上东罗马帝国皇帝的宝座。查士丁尼一世在位期间武功显著，曾统一了意大利与北非。同时，他本人也是一个神学家，在位期间把教会完全置于自己控制之下。他想重新解释《卡尔西顿信经》，使信经本身既不受损失，与亚历山大里亚的奚利尔派神学相吻合，又与聂斯托利派、安提阿派不发生矛盾。这样，既可争取一性论派，使东方教会感到满意，又因为不反对卡尔西顿会议，而不开罪于西方教会。最后，查士丁尼一世采用了“上帝受苦”的说法来阐明“三位一体”中有一位在肉身受苦的意义，并决定利用政权强制贯彻他的神学主张。544年，他召开了有名的“三章”辩论大会，谴责坚持“基督二性论”的主教德奥道罗、狄奥多莱、依巴斯3人的3篇文章。553年，查士丁尼一世召开君士坦丁堡第二次公会议（即第五次大公会议）旨在结束“三章”案的争议。会议通过“上帝受苦”之说，强迫罗马主教维吉里（Vigilius，537—555在职）接受，并决定君士坦丁堡教会的地位在罗马教会之上，造成了表面统一、内部不和的局面。
第五次大公会议之后，东西方教会对《卡尔西顿信经》仍然各有自己的解释。到6世纪末，东罗马帝国教会已是四分五裂，形成了耶路撒冷、君士坦丁堡、亚历山大里亚和安提阿四大中心，分庭抗礼。到了7世纪，伊斯兰教兴起，穆斯林先后占领了大马士革、耶路撒冷、安提阿、亚历山大里亚，并多次围攻君士坦丁堡。在这种情况下，教会又为联合作了一次努力，但却引起了另一个新的争论，即基督是否具有两种意志，即神的意志和人的意志，还是只有一种神的意志。649年，罗马主教马丁一世（MartinⅠ，649—655在职）在罗马召开会议，宣布基督有两种意志。争论进行了约50年。681年，皇帝君士坦丁四世（Constantine Ⅳ，668—685在位）在君士坦丁堡召开第六次大公会议，会议确认基督有两种意志，只是人的意志听命、从属于神的意志。
第五次公会议（553）和第六次公会议（681）都没有制定惩戒规条。692年，皇帝查士丁尼二世（Justinianus Ⅱ，685—695，704—711在位）下令在君士坦丁堡召开会议作为第五、六两次公会议的补充，因此，这次会议被称为“五六会议”。到会代表全是东方教会的主教。会议确认君士坦丁堡主教区与罗马主教区享有同等特权；准许执事和长老娶妻，斥责罗马禁止神职人员结婚的措施；禁止教会仿效罗马风俗在大斋节内每星期六禁食；禁止用西方教会以羔羊的图像为基督象征的惯例，改用人的图像。这些规定又加深了东西方教会之间的裂痕。
早期基督教的教父们是反对偶像崇拜的。自4世纪起，大批异教徒皈依基督教，使基督徒们的思想状况大为复杂起来，尊敬圣徒遗物和圣像的风气开始流行。信徒们崇敬的不仅有圣徒的遗体（干尸），还有人们认为确实与耶稣、使徒以及古代圣徒有关的物品；除崇拜圣物外，还要朝拜圣地。君士坦丁大帝就提倡圣物崇拜，他亲自下令在罗马修建纪念彼得的大教堂，还和他母亲赫伦娜（Helena）前往耶路撒冷朝圣，并找到了所谓“钉死耶稣的十字架”，把它带回来奉为圣物（后来教会规定9月14日为“举荣圣架节”，即源于此）。
除崇拜圣物外，信徒们还认为已死圣徒可以在上帝面前替人祈祷，他们的“代祷”比信徒自己的祷告更为有效。所以，他们除自己向上帝祈祷外，也向圣徒祈祷，求他们为自己代祷。于是，一些圣徒就逐渐成为人们的保护神。童贞女马利亚的地位又高于众圣徒，被尊为一切受造物中的第一位。431年，以弗所公会议决议奉她为“圣母”。
圣徒是崇拜对象，天使就更应受崇拜了。众天使中最受人崇拜的首先是天使长米迦勒（Michael），因为他战胜了撒旦（参见《但以理书》第10章第12节，第12章第1节；《启示录》第12章第7节）。君士坦丁大帝在君士坦丁堡为他建造了一座教堂，5世纪初，罗马教会也为他建造了一座教堂，并把9月29日定为“圣米迦勒节”。天使加百列（Gabriel）也很受崇敬，因为他曾向圣母马利亚报告由圣灵怀胎的福音。
后来，圣像崇拜之风愈演愈烈，特别是在深受希腊文化影响的东方教会中更为流行，甚至成为一种聚敛财富的手段。当时，修道院遍布帝国全境，拥有大量土地与财产，并享有免纳赋税、不服兵役等特权，直接影响了政府的经济收入；而且圣像崇拜也似乎抵消了对皇帝权威的崇敬。于是，皇帝下令指责圣像崇拜为偶像崇拜，应予废除。
726年，皇帝利奥三世（Leo Ⅲ，717—740在位）以地中海一个小岛上火山爆发是上帝对敬拜圣物的震怒为理由，下令废除教堂及修院内的一切圣像及圣物，涂去墙壁上的壁画，把圣像、圣物等收归国有。这项命令遭到教会和部分信徒的激烈反对，政府出动军队强制执行废除圣像的诏令。有的地方，群众借机抢劫教堂和修院，因而与信徒发生械斗。希腊和基克拉季斯岛的教会被迫造反，拥立科西玛为皇帝，派舰队进攻君士坦丁堡，被利奥三世击溃。除意大利等地远离君士坦丁堡鞭长莫及外，利奥三世在其他各地用暴力镇压拥护圣像派，逮捕其代表人物，没收其财产，处死反抗者。威尼斯、拉文那、罗马等地的拥护圣像派则趁机驱逐帝国官员。君士坦丁堡大主教也企图摆脱皇帝的控制，但于730年被皇帝废黜。731年，罗马主教格列高利三世（Gregorius Ⅲ，731—741在职）在罗马召开会议，将一切反对圣像崇拜的人革除教籍，并停止交付拜占庭国库的贡金。作为报复，利奥三世则把全部西西里及意大利南部地区划出罗马主教辖区之外。
754年，皇帝君士坦丁五世（Constantine Ⅴ，740—775在位）在君士坦丁堡召开宗教会议，东部教会主教被迫出席。会议宣布圣像崇拜就是偶像崇拜，肯定皇帝有权干预教会，继续强制执行废除圣像崇拜的措施，把破坏圣像运动推向高潮，很多修院被封闭或变为兵营，大批修士被迫还俗，大量教产收归国有，镇压反抗者。这次会议自称为第七次大公会议，但罗马教会不予承认。
针对这种情况，罗马主教于769年又在罗马召开会议，绝罚反对圣像崇拜的人。从此，西部教会完全摆脱了东罗马帝国的控制，转而谋求法兰克人的支持。
780年，年幼的君士坦丁六世即皇帝位，皇太后艾琳（Irene）摄政。艾琳是个支持圣像崇拜的人，于是宗教政策为之一变。787年，艾琳在尼西亚召开宗教会议，会议谴责754年的君士坦丁堡会议是亵渎上帝的异端，下令恢复圣像，宣布所有图像、十字架、《福音书》、圣徒的干尸及圣物等都应受相当的敬礼，不是敬拜这些物品，而是敬拜它们所代表的神。这次会议恢复了圣像崇拜，但没有恢复一切被封闭的修院，也没有落实发还教产的决议。会议对西西里岛和意大利南部的归属问题避而不谈，因此，罗马主教虽派使节出席了会议，但对会议持保留态度。圣像破坏运动持续了100多年，最后以所谓“神像的完全胜利”而告终。在整个斗争过程中，罗马教会始终站在圣像崇拜者一边。所以787年的尼西亚第二次公会议被公认为第七次大公会议。
843年，东部教会在女皇戴奥多拉（Theodora）的支持下决定把反对圣像崇拜者革除教籍。后来，东正教为纪念这一重大胜利，把大斋节的第一个主日定为东正教节。
在圣像破坏运动时期，有一个很值得一提的人物，他就是大马士革的约翰（约700—753）。他是一个热烈拥护圣像崇拜者，他从基督论的角度来论证圣像崇拜的合理性。他认为，基督作为道成肉身的人，是有形象的；如果承认基督的人性是具体的历史中的存在，并承认基督的人性与神性结合在一个位格中，那么，敬拜基督的图像与敬拜《福音书》是相同的，因为图像是用绘画来描绘基督的形象，而《福音书》是用文字来描述基督的形象。约翰的主要著作是《知识的泉源》（The Fountain of Knowledge），12世纪时被译成拉丁文，对欧洲的经院哲学产生了一定的影响。