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2015年7月4日，在德国波恩召开的第39届联合国教科文组织世界遗产委员会的会议上，主办方宣布将中国申请的土司遗址列入世界遗产名录。这次申请的土司遗址包括湖南永顺老司城、湖北唐崖土司城和贵州播州海龙囤三处遗址。从13世纪到20世纪初，中国政府以土司制度管理偏远地区，朝廷任命当地乡绅名士为世袭土司，统治当地。这三处土司遗址是中国土司文化中规模最大的建筑遗址，是这三个土司的行政、军事、文化中心。
我国西南地区拥有大量少数民族聚居地，但如何有效管理这部分地区，对中央政府来说，历来是个难题。在宋朝及宋之前，中央政府一般采用羁縻的方式来统治。不过由于羁縻制度的弊端，加上西南地区历来由当地少数民族中的乡绅名士统治，其势力根深蒂固，中央政府的控制力向来不足。到了元代，相应的土司制度应运而生，这一制度也被其后的明清两朝所沿袭。大明朝廷在西南广设土司，遍布云、贵、川、湖、桂五省，如广西全省只有苍梧一道无土司。尽管土司制度和之前的羁縻制有些渊源，但两者有着本质区别。
与以往当地土著自为君长的情况相比，土司承袭必须得到中央政府的批准，因此土司制度的诞生，标志着中央政府对少数民族聚居地区的管理方式产生了重大变化。根据规定，土司需定期缴纳贡赋，如地方上的特产马匹、茶叶、粮食、木材等，并按时缴纳赋税。土司们在当地得遵守朝廷礼制，不得僭越，并要受到当地流官的约束，领有驻防守御之责；如果某地发生战事，土司要整饬兵马听候朝廷调遣。除此之外，土司还要定期朝觐天子。朝廷对土司朝贡一事一向比较重视，如果贡品未能定期到达或者贡品质量有问题，便会严厉惩罚土司；相应地，朝廷对土司也会进行象征性的赏赐，如赐予服饰、冠带、钞锭等物，以彰显朝廷权威和对土司的控制。明太祖朱元璋认为，这些少数民族不好管理，主要是因为所处地理位置险要且偏远，当地百姓好勇斗狠，若要驯服他们，就要宽猛适宜，事之委曲。对朱元璋来说，并不需要郡县其地；对土司而言，则需借助中央政府的公信力，确立自己在当地的权威。同时，土司还要表达自己对朝廷的忠心，让其放心，以利于自身的发展。所以无论是对朝廷还是对土司，实行土司制在当时都是一种双赢。
明朝在西南地区设置的这些土司，分文职土司和武职土司两大系统。武职土司包括宣慰司、宣抚司、安抚司、招讨司、长官司和蛮夷长官司；而一些军民府、土州、土县，设官如一般的府州县，则属于文职土司系统。另外，还有一种卫所土司，因部分实土卫所
领内有大量少数民族聚集地，朝廷就设“某卫军民指挥使司”或“某军民千户所”来治理。
明初，朝廷根据功绩多少来区分土司的等级次序，并任用当地土著酋长首领作为土司长官。终明一代，设有11个宣慰司、10个宣抚司、22个安抚司、1个招讨司、169个长官司和5个蛮夷长官司。
从级别品秩来看，宣慰司和府、直隶州级别略同，地位高于宣抚司，但两者并不是上下级的关系，互不统属。宣抚司有的直隶于布政司，如永宁宣抚司；有的隶属于卫，从而间接隶属于都司的，如酉阳、石砫二宣抚司（二者均属重庆卫）。
至于安抚司，它可隶属于宣慰司、宣抚司，其下可辖长官司，但级别较之前两者更低一级。比如隶属于湖广都司的施州卫军民指挥使司下辖三个宣抚司，其宣抚司下又辖安抚司，安抚司下还辖长官司或蛮夷长官司。又如高罗安抚司隶属于忠建宣抚司，而高罗安抚司又分领木册长官司。至于长官司的地位则大致相当于县。
明太祖朱元璋
在这些土司的官员编制中亦有流官的存在，以宣慰司为例：正官有从三品宣慰使一员、正四品同知一员、从四品副使一员、正五品佥事一员；首领官有从七品经历一员、正八品都事一员。前者正官属于土官，后者首领官专司当地户籍、人口、赋税、田地等事宜。同知、副使、佥事等属于正官编制中的佐贰官，即副职。这些佐贰官朝廷有时也用流官担任，和首领官共同受吏部选用，不过大多数情况下还是由当地土著任职。至于宣慰使、宣抚使这样的正职则一般归兵部管辖。在文职土司中，佐贰官就以流官为主了。
尽管这些流官品级低下，但除了主持文书工作以外，他们还肩负着监视当地土司的任务。所以一般而言，土司们并不敢在他们面前过于嚣张，有时还是愿意遵纪守法的。
著名文臣将领王骥在“三征麓川”后，就备受当地少数民族敬仰，在他们心目中其威望可比三国时的诸葛亮。所以至今云南滇西傈僳族中仍然有着神化王骥的崇拜仪式，即通过“上刀山下火海”的仪式来庆祝王骥的寿诞。
土司们也响应朝廷请求，在当地修路设驿，促进了西南少数民族地区的交通发展。比如洪武年间的贵州宣慰使奢香夫人在当地设置了9个驿站，连通四川、湖广、云南三省，形成了长达四百余里的驿道。驿道的开辟吸引了大量汉族移民，不少汉人还在土司政权内部任职。现在贵州的穿青人，就有一种说法认为他们是古代汉族移民的后代。
朝廷在哪些地区设宣慰司和宣抚司等，有着自己的考虑，简单来讲，就是恩威并济，让少数民族互相制衡。地方上，少数民族实力强劲的区域，朝廷便设置宣慰司；实力次一点儿的则设宣抚司。朝廷对土官向来是比较厚待的，比如彝族首领霭翠及其妻子奢香夫人归附时，进贡了大量马匹，朝廷也以锦绮钞币作为赏赐。在厚待的同时，朝廷也利用各土司之间错综复杂的关系周旋其中，不断削弱其实力。有土司叛乱时，朝廷常常征调另一土司所部土兵编入平叛大军，一方面固然有其作战骁勇的因素，另一方面则是趁机损耗土司的实力。不过对于和朝廷积极合作的土司，朝廷一般会保留土司传承，如石砫、酉阳宣抚司；而对于那些采取不合作态度、积极反抗的，待其覆灭后便抓住契机推动改土归流政策，如永宁宣抚司和播州宣慰司。也有部分地区采用了折中的方法，即上级地方官采用流官的形式，底下仍然保留一些小土司，属于不完全的改土归流，如云南的临安府，其下属的阿迷州即设土知州。
奢香夫人雕像，位于贵州大方县奢香博物馆
王阳明画像
所谓“改土归流”，也就是废除土司，取消少数民族在当地所有的军事、财政、人事等特权，改用流官，由中央直接掌管该地的人口、赋税和军事。改土归流从明至民国，是个不断发生流血冲突的过程。
应该说改土归流是大势所趋，但明朝由于在建国初期的战略需要和国力因素，以及对当地土著豪强和元朝残余势力的顾及，而未能全部设置流官治理。这显然是为了避免大规模动乱，对此应予以理解。
到了明朝中后期，大部分西南土司都有劣迹在身，土司和当地三司、抚台、按台等流官的冲突也逐渐增多，这些朝廷命官见状往往轻言改土归流一事，进一步加剧土司和中央政府的矛盾。王阳明被贬龙场驿丞期间，深入了解西南土司情势后，认为对这些少数民族当以“教化”为主，关键是得其心，才有利于稳定，而非妄行改土归流之事。故王阳明在当地兴建书院，致力于推广儒学教育，甚得当地少数民族百姓的敬仰。
明代的少数民族人民由于长期居住于深山恶水之地，不与外人相通，因此其社会习俗和外人迥异。他们大多民风彪悍，生活淳朴，无骄侈奢诈之习，总的说来社会经济发展水平并不高。明代也沿袭元代在这些地区设立社学的政策，教化当地百姓。比如说在广西，每个州县都设有社学，大县多达十余所，就算是小县也至少有一所。王阳明就曾这么描述贵州的社学之兴：“村村兴社学，处处有书声。”
当然，这样的情况离不开之前朱元璋对教育的大力支持。他在洪武八年，就命天下倡立社学，以此作为教化土著、改变旧俗的主要推动手段。儿童进入社学读书起初属于自愿性质，贫困家庭自便，但一些土司对其抱有强烈的抵制态度。有土司禁止部落中子民读书习字，犯者族诛，如思南宣慰使田宗鼎就严禁领内百姓子弟读书。受此刺激，有关政策逐渐变为在部分地区强令适龄儿童就学读书，违者惩罚其父兄，到后来就和现在的九年制义务教育一样，属于强制性政策。弘治十年（1497年），朝廷再一次强令天下各府州县设立社学。弘治十七年（1504年），朝廷规定，15岁以下幼童必须入社学读书，且入学幼童不分贵贱贫富。这些命令明显带有强迫意味，也由此可见朝廷一直不遗余力地在少数民族地区推行文化教育，并且意识到只有让他们对大明、对国家产生认同感，才能真正一劳永逸地解决反复无常的土司问题。所以朝廷为防止出现承袭土司者不开化的现象，规定不入学者不能承袭。