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叛军花名册中的9万兵卒，随着孔有德的战败烟消云散。而孔有德剩余的追随者则搭乘180余艘船
，艰难、狼狈地向北逃窜。叛军此时尚有孔有德亲兵700余名，耿仲明亲兵300—400名，又有精通火器的川兵400余名，善放红夷炮的西方人4名，另有数千叛军家属、掳掠上船的人口和无数行李财宝。孔有德此时仍打着“占山为王”的算盘，他趁明军水师因缺乏船只而不得不修理兵船、调集商船之际，于崇祯六年二月二十二日，突率舟师包围旅顺，并以从山东掠夺来的“金帛子女”诱惑旅顺明军，邀其共同反抗朝廷。此时旅顺城中兵力不多，且无粮无饷，旅顺城中的米价更是飙升到一碗米二分银子的价钱，情况可谓十分艰难。但是旅顺的明军却丝毫不为金钱所惑。总镇黄龙命令火器营与招练营派遣兵丁百人轮流出哨，并且让城中和水师中的辽东人、蒙古人大声高歌。这一招明显起到了效果，孔有德以为旅顺城中有数量众多的骁勇兵丁，未敢轻易攻城，黄龙便趁机在旅顺岸边架设大炮用来抵御叛军随时可能发起的进攻。三月初五，明军舟师援军及时赶到，与叛军伪将曾禄战于宗岛。明军击沉叛军战船3艘，生擒叛军将领方胜等17人。此战后，由于海上逆风，明军未能乘胜追击，叛军则逃窜至双岛海域以图再举。此时双岛明军早有准备，以后营都司尚可喜为首的明军将领，在双岛岸边架设缴获自叛军战船上的10余门天字一号大将军炮和灭虏炮，猛烈炮击海上的孔有德舰队。一时间火光冲天，孔有德等人不得不再次遁逃海上。十六日风起，明军舟师抵达叛军老巢龙王堂，明军投掷火球等燃烧火器。叛军措手不及，匆忙率众向东败走。明军乘胜追击，使“贼尸盈海”，并俘获叛军核心人物伪都督毛承禄及家属、伪副将、伪参将等，以及其搭乘船只在内的8艘大船，旅顺之围遂解。
明军一路追击，于三月二十三日追叛军至三山岛，擒获叛军参将高成功等20人。二十四日，又大败叛军于鹿岛。后营都司尚可喜率兵奋勇向前，用火箭击中两艘叛军的精锐西洋炮船，西洋炮船当即燃起大火。明军官兵精神愈奋，叛军惊慌失措，匆忙救火，最终沉没一艘，重伤另一艘，叛军水手尽皆烧死。此战战果颇丰，击沉叛军船只10艘，俘获3艘，除擒获在登州之围中给叛军打开城门的“叛人首恶”内应陈光福之外，另擒获叛军旗鼓、都司、守备、指挥等高级将领。二十九日，明军再次大败叛军于黄骨岛，擒获伪副将苏有功等高级将领十数人，并击沉叛军船只11艘。四月初五，明军复败孔有德于鸭绿江卓山，生擒叛军都司高显阳等36人。终于在最后一战，也就是四月十一日的战事中，明朝围剿叛军于千家庄，“伤贼无算，贼营大恸”。值得一提的是，后来的清初三藩之一，当时还是明朝旅顺后营都司的尚可喜，在海上追击孔有德的历次战斗中皆奋力发炮轰击四处逃窜的孔有德叛军，甚至一炮打沉了载着孔有德家眷的船只。他还身先士卒勇敢拼杀，最后因小腿被孔有德叛军射穿，才退出战场。
旅顺外海图
此战终于摧毁了孔有德的所有野心，让孔有德终于明白自己根本无法在辽东诸岛站稳脚跟。于是他致书明军舟师统帅周文郁请降，声称愿意“修筑南关，恢复金州”来赎罪。但是数次诈降的孔有德的此番说辞，再也不能欺骗任何人。在周文郁部持续不断的炮击下，叛军最终开始往后金方向移动。
崇祯六年四月十一日，自封“总提兵大元帅”的孔有德正式致书投降皇太极。孔有德在信中丝毫不提及自己战败和被追赶的狼狈，而如一名凯旋的战士，傲然道：“本帅现有甲兵数万，轻舟百余，大炮火器俱全。”皇太极得信大喜过望。四月十五日，在后金军的重兵拥护之下，孔有德和耿仲明残部在鸭绿江出海口投降后金。叛军全盛时期有9万余人，投降后金时仅有精壮官兵3643名，但皇太极依然对其极其重视。他力排众议，以后金最高礼仪，率诸贝勒出沈阳城10里，以报见礼相待。皇太极是一代雄主，他并非不知道孔有德书信中的大话，也并不在意孔有德余部是否为残兵。他真正在意的是孔有德投降带去的十数门红夷大炮和熟悉西洋炮法的炮手以及铸炮师。
孔有德等人归降后金以后，不但培养了大量炮手，铸造了数量十分可观的铳炮，还一直替后金在与明朝的战争中充当先锋。崇祯六年六月，后金军以孔有德的火炮手为前锋，攻陷旅顺。崇祯九年，皇太极称帝，改国号为“大清”，封孔有德为恭顺王、耿仲明为怀顺王，地位上与“八和硕贝勒”相当。顺治元年，孔有德等人随睿亲王多尔衮入关，最终定鼎中原。
反观明朝，吴桥兵变以后，山东全境“残破几三百里，杀人盈十余万”，登、莱两重镇“村落为墟”，“城市荡然无复曩时之盛”，并损失了一大批优秀的将领和军士。熊廷弼所规划的复辽三方布置，亦彻底瓦解。山东残破以后，愈演愈烈的农民军起义，导致整个明朝北方的军事力量和社会结构崩溃。最终结果是，明朝在北方已经彻底没有可以抵抗清军的力量。可以说，吴桥兵变后，大明亡国的命运，已然在当时人们的意料之中。
清代八旗甲胄
原始文献：
[1]（清）张廷玉等，《明史》
[2]（明）叶向高、顾秉谦等，《明神宗实录》
[3]（明）不著撰人，《崇祯实录》
[4]（清）毛霦，《平叛记》（清康熙五十五年毛贡刻本），北京师范大学图书馆藏
[5]（清）周骏富，《贰臣传》（国史馆缮本）
[6]（清）张本、葛元昶，《道光重修蓬莱县志》，王文涛（修）
[7]（清）郑锡鸿等，《光绪蓬莱县续志》
[8]（清）杨奇烈，《顺治登州府志》
[9]（清）方汝翼、贾瑚，《光绪增修登州府志》
[10]（清）杨陆荣，《三藩纪事本末》
[11]中国第一历史档案馆，《天聪五年八旗值月档》
现代文献：
[1]中国第一历史档案馆，辽宁省档案馆，编.中国明朝档案总汇[M].桂林：广西师范大学出版社,2001.
[2] 滕绍箴。三藩史略[M].北京：中国社会出版社,2008.
[3] 黄一农。吴桥兵变：明清鼎革的一条重要导火线[D]. 新竹：台湾清华大学历史研究所,2012.
[4] 赵红。明代登莱巡抚考论[D].济南：山东大学历史文化学院,2006.