反击，最后的疯狂

长达7个月、数度令人绝望的莱州守城战终于以朝廷的胜利而告终。消息传到京师，全城百姓的欢呼声震动天地。崇祯皇帝亦大喜过望，当即派发饷银两万两，充作解除莱州之围的犒赏。辽东援军亦乘胜追击，接连收复被叛军攻陷的城池。而就在朝廷上下欢欣鼓舞之际，叛军的大本营登州城却是一片愁云惨淡。损失大量兵力和辎重的叛军当下便杀死被囚禁在此的谢琏解气，一代名臣就此陨落。八月二十八日，辽东军主力到达登州附近的新城镇，一切似乎又回到原点。三十日，明军主力到达白马塘。叛军眼见明军步步跟进，决定倾巢出动，号称10万大军，设伏于茂林两旁。此时明军前锋奇兵祖大弼等人经过叛军伏击地而不觉，叛军收拢包围圈，将祖大弼、靳国臣和吴襄等高级将领团团包围。叛军已经将命运压在这最后一战上，所以攻势异常凌厉。祖大弼等几位高级将领的被围，使明军军心出现不稳，在此千钧一发之际，明军监军高起潜急命前锋部队往回突围，并同时命令后军向前压上。就这样，明军前军和后军反而对埋伏的叛军形成反包围，同时高起潜调遣另一路骑兵袭扰叛军左右。在绝对的兵力和兵威优势下，明军连续冲破叛军6个大阵，叛军全线崩溃。此役，明军共斩得首级1.3万多颗，俘虏800余人，另有无数叛军投海而死。此战彻底摧毁叛军的有生力量。叛军残部突围以后，踉跄向登州回奔。明军则乘胜追击，大军追击叛军直抵登州西门之外。

九月初一，明军完成了对登州城的合围。登州城三面临海，作为叛军的大本营，粮草十分充足，且城中红夷大炮屡屡挫败明军的进攻，十分不易攻打。所以明军一面修筑墙围防止叛军自陆路逃窜，一面在城外堆垒比城墙还高的炮台，日夜炮击城中。明军的炮弹穿墙透屋，叛军死伤极大。

十一月初三，叛军首领李九成亲率主力偷袭明军大营，但叛军的偷袭计划被明军掌握，明军将计就计合围了袭营的李九成部，最终阵斩了李九成。李九成堪称叛军的头脑，他的死终于让叛军失去反扑的勇气，终日在城中大哭以度日。原先投降叛军的明军将领也暗地里准备倒戈，诛杀孔有德，但最终事情泄露，14名将领被杀。孔有德虽然逃脱暗杀，但他“自此日疑其党无固志矣”。

在明军凌厉且持久的攻势之下，叛军不但没有投降朝廷，反而做困兽之斗，顽强地抵抗着明军一次又一次的进攻。时间转眼到了崇祯六年，登州城内物资已经所剩无几，城中的叛军开始杀人为粮，以尸油作为蜡烛与明军死战，但“终无降心”。

二月十三日，明军开始攻击叛军所盘踞的岛屿。孔有德眼见大势已去，乘船北遁。此后经过数月的准备，明军舟师部队共计5000人亦已调集完毕，叛军明白明军是想封锁登州大城背面靠海的登州水城，彻底隔绝叛军逃跑的陆路与海路。此时明军舟师气势汹汹，而叛军眼见最后的逃生通道要被明军切断，主要将领孔有德也已乘船遁去，于是叛军首领耿仲明、毛承禄等人在崇祯六年二月十六日放弃登州城，乘着夜色以单船悄然向北方逃窜。剩下的登州大城叛军眼见无法继续守城，便搭设天桥，从城上由天桥撤往登州水城，然后焚毁天桥以固守水城。明军随即从登州南门进城，收复了登州大城。明军虽然以极小的代价收复了登州大城，但是真正的激战还在后面。

叛军在靠海的登州水城收缩兵力，继续凭借地势和火器对明军做着激烈的抵抗，一时间炮矢如雨。就在双方胶着之际，二月十七日，抚院中军刘良佐突生奇策，他命令正面攻城的明军不断击发大炮轰击城内。猛烈的炮击使城内叛军无法露头，于是监军太监高起潜亲率另一小波明军乘着夜色来到登州水城的西南角永福寺内，连夜用铁锹挖掘洞穴。黎明前，明军已挖掘到城墙根，洞穴深丈余、宽两丈。高起潜随即命士兵在洞穴内放置两箱火药，共1500余斤，并布置数门灭虏炮、一门大将军炮，更用火药将炮口塞满，用火药做引线导出洞穴并点火引燃。最后只听得一声巨响，登州水城西南角被炸开一面宽五丈的陡坡。眼见时机成熟，刘良佐急命辽东夷、汉兵丁以及川军、山东军一拥而上，以期夺取城墙。城头叛军见明军蜂拥而上，急忙投掷火罐等燃烧物，明军死伤惨重，奋力攻打一昼夜却未能克城。

时间在慢慢流逝，如果等叛军修复好西南面的缺口，那么战事将重新进入胶着状态，这对明军十分不利。到了二月十八日黎明，叛军已经击退明军数十次登城进攻。兵法云：“一鼓作气，再而衰，三而竭。”眼见明军士气持续低落，此时抚军朱大典、监军杨作楫、中军刘良佐三人亲临阵前督军，刘良佐手臂中箭不退，杨作楫更是亲率军士登城作战。明军大受鼓舞，军官纷纷亲自带队，四面围攻登州水城，一时间杀声震天，炮石如雨。

辰时（早上7—9点），在激烈的厮杀中，山东援剿总兵邓玘率领亲兵率先登城，身中三箭，所幸“甲坚未透”。因为邓玘骁勇绝伦，牢牢占据城墙。终于，在中午时分，叛军溃败，从城墙撤退。明军总算控制住登州水城的城墙。

成功夺下城墙后，登州大城的明军却发生混乱。连月的战争使明军精神高度紧张，再加上天寒，这让川军一些兵丁开始在城中抢夺百姓衣物，更有甚者掳掠妇女悄悄出城。如果不加以控制，胜利的明军很可能就会演变成毫无纪律的乱兵。在此情况下，抚军朱大典仗剑站立在城头，手刃趁乱抢掠的两名兵卒以明军法，明军才逐渐恢复纪律。

叛军从城头撤下以后，继续在城中和明军巷战。监军高起潜命令明军弓箭手舍弃弓矢，挟长枪与叛军接战（明军弓箭手亦是长枪手）。在狭窄的巷弄中，叛军根本无法抵挡不断推进的密集长枪阵，最后不得不收缩兵力，退守蓬莱阁。

蓬莱阁是登州水城中地势最高的建筑，叛军居高临下地向明军发射大炮，并分批前往登州水城的水门，企图乘船逃走。此时明军也赶到水门，焚烧了叛军船只数十艘，将叛军逼回蓬莱阁中。

最后，城中只有蓬莱阁的叛军尚在负隅顽抗，明军抓住叛军的心理，趁机招降叛军。蓬莱阁中的叛军最终投降明军。此战叛军被俘者千余人，投海死者四五千人，自此明军完全收复山东全境。