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号称明朝边防“第十镇”的登州城的沦陷，使整个山东地区陷入恐慌之中。崇祯皇帝直到这个时候才知道孙元化等人是何等的无能，他立即下令逮捕误国的孙元化以及张焘等人，并于崇祯五年七月二十三日将孙元化与张焘斩首。
孔有德占据登州以后，马上就开始“大封群臣”的行动。他重新部署、整编部队，并对军官进行封赏。李九成和孔有德自称“都元帅”，作为内应协助孔有德破城的耿仲明则被封为“都督”。然后，他们用收缴的登州巡抚关防印信传檄各州县，妄图引诱邻近诸县一同谋反。在李九成、孔有德等人的号召之下，来自辽东诸岛的辽东军也纷纷易帜参与叛乱，并渡海至登州。其中，原属毛文龙部的旅顺将领陈有时所带领的8000人的队伍最为壮大。值得一提的是，易帜响应叛变的岛兵亦多为毛文龙旧部。孔有德叛军此时气焰极盛，并叫嚣打下最后尚在抵抗的莱州以后，南下攻取南京。
毛文龙碑亭
总而言之，当时局势日益紧张。
朝廷中，主和派显然无法解决山东目前的困境。在这种情况下，朝中主战派渐渐占据优势地位。在主战派的劝说下，崇祯皇帝下定决心，同时调集杨御蕃、王洪、刘国柱三位总兵官，发兵会剿孔部叛军。这三位总兵官的上司，正是庸碌无为的山东巡抚余大成。余大成到达莱州以后，不思如何破敌，亦不敢再提招抚，两难之下居然每日闭门诵经以为避世，被时人嘲讽为“白莲都院”。余大成此举显然无法解决任何问题，同时也给叛军提供了充分的时间招兵买马。
登州城被孔部叛军攻破后的10天时间里，在余大成消极的避战思想下，叛军越发认为朝廷的军队不足为惧，气焰日益嚣张。崇祯五年元月十二日，叛军令尚被羁押在叛军营中的孙元化修书一封给余大成，开始跟朝廷谈条件。他们要求朝廷割让登州以及登州所属的8个县给叛军，叛军则承诺再不侵扰山东，年年向朝廷纳贡，并且听从朝廷调遣。这几个要求看似恭顺，实际上是想让朝廷承认叛军在山东建立“国中国”的最终目的。这种条款明显不能让朝廷接受。但是让人啼笑皆非的是，余大成居然开始认真考虑割地给叛军来达到息事宁人的结果，最终在山东巡按王道纯的极力反对下才作罢。可以说，正是余大成以及孙元化等高层官员的朽化和犹豫，才最终促成叛军势大。
《王琼事迹图》中的明军高级将领形象
崇祯五年元月十一日，也就是叛军修书余大成的前一天，叛军发兵攻打黄县，进一步说明了叛军所谓的“和谈”只是在和朝廷拖延时间。黄县是登州至莱州的最后一道外围防线，其军事意义不可谓不重大。此时的黄县守将是莱州参将张奇功，张奇功本应离任致仕，但是此时正值叛军扰乱，他当即奏请守卫重要的黄县。然而，昏庸无能的余大成却只在黄县部署了300老弱士卒，张奇功无奈之下只能在城内临时招募民兵守城。叛军到达黄县以后，开始了猛烈的进攻。张奇功守城有方，小小的黄县居然抵抗住叛军两天的进攻。元月十三日，在叛军持续攻击下，黄县南门被攻破，守卫南门的民兵也大多溃败。此时，明知大势已去的老将张奇功却依然选择战斗到最后。他奋臂大呼，持刀亲自冲入敌阵，连杀叛军十数人，最终力竭，身死殉国。残忍的叛军因为张奇功死守城池造成了很大的伤亡，气愤之下最后竟将张奇功的遗体肢解。这位老将用自己的生命诠释了忠贞爱国的高尚情操，可惜却因当权者的昏庸，平添了一抹浓重的悲情色彩。
黄县沦陷的消息很快传到莱州，莱州城彻底变成一座孤城。为了表示背城死战的决心，莱州知府朱万年亲自号召全城官民共御强敌。为了表现身先士卒的精神，朱万年亲率兵丁守卫直面敌阵的南门。莱州同知寇化守东门，莱州通判任栋守北门，掖县知县洪恩照守西门。由于登州城陷以后，登州城内的百姓遭到了叛军惨无人道的屠杀。所以，面对即将到来的莱州守卫战，莱州城内的乡绅抗敌情绪十分激烈。在这次守城战中，乡绅亦纷纷出力守卫莱州的东北、西南角。
对外准备妥当以后，朱万年开始稳定城内民心。除了张贴告示表明与城共存亡以外，他更用实际行动展示自己的决心。在战事不利、人心惶惶的时刻，自然有人想举家逃难。朱万年张贴告示的当天，就有丁忧在家的朝中大臣范相公（真名不详，官职应比朱万年高）因为害怕叛军陷城，连忙请了抚军的令箭，收拾好家财准备自南门逃出。朱万年听闻此事以后，不等范相公出门，便率先赶到范相公住所，劝说道：“我已经张贴告示以表示背城死战的决心，按照规定乡绅都不允许出逃以稳住民心。”范相公狡辩说：“我只是丁忧在家而已，并不算是乡绅，缘何不能出城？”眼见苦劝不成，朱万年将自己的官帽狠掷在地上，说道：“我既然是这一城的知府，自有守土之责。如今城中我说了算！轮不到你来僭位与我争辩！”说罢朱万年亲率20多个读书人手持棍棒站在南门，并说道：“再敢有人想出莱州城，直接乱棍打死，不用负担任何责任！”范相公气急，他并不相信官职比他低微的朱万年胆敢阻拦他，况且他手里还有抚军的令箭。于是午后，范相公拖家带口一共30人，还乘了两顶轿子准备强行出门。手持棍棒守卫南门的读书人正是血气方刚的年纪，面对范相公的蛮横无理，纵然是朝中重臣又如何！于是这些生员一拥而上，将范相公所乘的轿子打得粉碎，范相公的家眷也被这些读书人打得头破血流。最终，范相公和他的家眷只能互相搀扶着狼狈回了城。可此时正值大战前夕，谁都不知道留在城里会有一个什么样的结果。所以虽然有范相公的前车之鉴，但是打算逃跑的人依然不绝，最后还是在朱万年的高压政策下，百姓逃跑出城的情况才慢慢好转。
此时，叛军正快速接近莱州城，朝廷方面也进行了相应的调遣。崇祯五年元月十七日，朝廷罢斥了昏庸无能的山东巡抚余大成，任命徐从治为山东巡抚，谢琏取代孙元化为登莱巡抚。这二人在明末的剿匪战场上都是坚决的主战派。所以，徐从治和谢琏的走马上任，也被认为是吴桥兵变中明军掌握主动权的转折点之一。他们以及其他有为的将领将在莱州城上演一场悲壮的保卫战，同时也让莱州城成了绝大多数叛军的坟场。
元月二十二日，总兵官杨御蕃等人率援军抵达莱州城，明军与叛军正面作战的时刻终于到来。经过一番修整和部署以后，在莱州民众的欢呼和期盼中，总兵官杨御蕃、王洪、刘国柱尽全鲁之兵，誓师东征，向登州方向开进。二十八日，明军到达新城，并在城外列阵。此时叛军有骑兵5000人、步卒10000余人，反观明军，虽然号称三位总兵官东征，但是总兵力只有5000人，人数上已然处于劣势地位。杨御蕃和王洪各自列阵，王洪率领的天津兵驻守新城附近的山上，居高临下，与杨御蕃部互为照应。
双方僵持两日，到了三十日中午，叛军遣兵7000余人冲击杨御蕃军阵，杨御蕃亲自率领兵丁隔着营壕与叛军对射。到了夜幕时分，叛军眼见无法突破杨御蕃阵前的壕沟，于是留下2000骑兵困住杨部，其余叛军转而攻打山上王洪所部的天津营。到了晚上一更时，双方完成列阵。二月初一，叛军又督发步兵万余，架设红夷大炮与大将军炮重叠围攻王洪的天津营阵地。天津营在实力悬殊的情况下逐渐不支，王洪遂派陈奇功与叛军讲和。夜幕中，杨御蕃军向山头远望，只见双方信使往来不绝。然而，用惯了讲和伎俩的叛军显然并没有议和的心思，而是在为新一轮的攻击做准备。不出所料，叛军在天津营毫无防备的情况下，突然部署大炮四面击打王洪部。王洪麾下天津兵怯不敢战，全军崩溃。王洪不但不能约束部下，甚至自己亦奔马向西逃窜，其部就此溃败。消灭王洪部后，叛军占据了山上的王洪大营，完成对杨御蕃部的合围。当日，叛军居高临下，用红夷大炮5门、大将军炮300余门从四面炮击杨御蕃军阵。同时，叛军又派遣奸细烧毁朱桥镇沿途的明军粮草。杨御蕃部彻底陷入孤立无援亦无食的境地。在叛军占据绝对优势的猛攻下，杨御蕃部居然坚持了一日一夜而不崩，这足以证明杨御蕃非凡的统兵才能。
明军列阵放枪图
明代铁头盔
到了第二日，也就是二月初二凌晨，眼见继续拖延下去一定是必败结局，杨御蕃决定背水一战。于是，杨御蕃趁叛军正值骄纵轻敌之时，亲率兵丁与叛军对射，架设大炮轰击叛军军阵，打死叛军数百人。回过神来的叛军打算再次包围杨御蕃部。虽然此时叛军阵脚已乱，但杨部也彻底到了弹尽粮绝的境地。在连日的战斗中，由于发射频率过大，杨御蕃部的30余门大型火炮已经炸膛了24门，再不突围恐怕凶多吉少。
于是二月初二清晨，他突率全军纵骑直扑叛军中心大营。杨御蕃部拼命呐喊，杀声震天，并举火器四面乱击。由于连续取得对明军的军事胜利让叛军的营防十分懈怠，再加上突如其来的袭击让叛军摸不清冲入己方大营的明军到底有多少人，这使叛军极其混乱。杨御蕃率领部下奋力扑杀，最终打开一个缺口，成功突围。此战杨御蕃部在十分被动的情况下，依然取得斩首敌军首级129颗，抢夺叛军旗帜14杆的战绩。此后，杨御蕃有秩序地向莱州方向撤退。