1 20种常见氨基酸的结构特征
不同的氨基酸主要的区别在于侧链R基的不同,因此20种常见氨基酸可按R基的性质进行分类:
图1-1-1
图1-1-2
图1-1-3
图1-1-4
图1-1-5
2 三字母符号
三字母符号一般由氨基酸英文名称的前三个字母组成。
表1-1-1 氨基酸三字母表
3 单字母符号
有6种氨基酸是其英文名称的第一个字母(C、I、H、M、S和V);英文首字母不唯一的氨基酸,常用首字母代表最常见的那个氨基酸。
表1-1-2 氨基酸单字母表
4 氨基酸侧链的极性和电荷
20种常见氨基酸可以通过R基的性质分为5种:
R基是非极性的、疏水的。
①丙氨酸、缬氨酸、亮氨酸和异亮氨酸:在蛋白质分子内借疏水作用形成稳定结构。
②甘氨酸:是氨基酸中结构最简单的,是唯一的不含手性碳原子的氨基酸,不含有旋光性。
③甲硫氨酸:或称蛋氨酸,侧链中含有非极性的硫醚基,是体内代谢中甲基的供体。
④脯氨酸:是一种亚氨基酸。
苯丙氨酸、酪氨酸和色氨酸:具有芳香族侧链,侧链为非极性的、疏水的。
丝氨酸、苏氨酸、半胱氨酸、天冬氨酸和谷氨酰胺。
赖氨酸、精氨酸、组氨酸。
天冬氨酸、谷氨酸。
5 氨基酸的分子结构通式
图1-1-6
6 分子结构中的4个基团
在20种常见氨基酸中,除脯氨酸及其衍生物之外,其余氨基酸在结构上的共同点是与羧基相邻的α-碳原子上都有一个氨基,因此称为α-氨基酸。连在α-碳上还有一个氢原子和一个不同的侧链(R基)。α-氨基酸在中型pH介质中,α-羧基以-COO - 形式、α-氨基以-NH 3 + 形式存在。
1 氨基酸等电点的概念及计算
氨基酸处于净电荷为0的兼性离子状态时介质的pH称为等电点或等电pH,缩写为pI。
对于侧链中不含可解离集团的中性氨基酸,如甘氨酸、丙氨酸等,其等电点为:
其中,pK 1 为α-碳上-COO - 解离时介质的pH,pK 2 为α-碳上-NH 3 + 解离时介质的pH。
2 不同酸碱性氨基酸等电点(pi)的计算方法
pI与离子浓度基本无关,只取决于等电兼性离子两侧的pK a 。
3 氨基酸的四个重要化学反应原理及应用
氨基酸的化学反应主要指其α-羧基、α-氨基和侧链官能团所参加的反应。
表1-1-3 氨基酸的化学反应
4 非标准氨基酸的定义及在生物体中所起的重要作用
(1)定义:非标准氨基酸即非蛋白质氨基酸,是相对于组成蛋白质的20种常见氨基酸而言,指除组成蛋白质的20种常见氨基酸以外的含有氨基和羧基的化合物。非蛋白质氨基酸多以游离或小肽的形式存在于生物体的各种组织或细胞中。
(2)作用:非蛋白质氨基酸不参与蛋白的组成,多是重要的代谢物前体或代谢中间物,它们不是蛋白质的结构单元,但在生物体内具有很多生物学功能。
①L-型α-氨基酸的衍生物:尿素循环中的L-瓜氨酸和L-鸟氨酸。
②D-型氨基酸:D-Glu、D-Ala(存在于肽聚糖中)、D-Phe(存在于短杆菌肽S中)。
③β-氨基酸、γ-氨基酸、δ-氨基酸:β-Ala(泛素的前体)、γ-氨基丁酸(神经递质)。
5 氨基酸的解离
所有氨基酸都含有碱性的α-氨基和酸性的α-羧基,既可发生酸性解离也可发生碱性解离,因此氨基酸为两性电解质。氨基酸的解离常数可以用测定滴定曲线的实验方法得到,一般用K 1 表示α-碳上-COO - 解离常数,K 2 表示α-碳上-NH 3 + 解离常数,K R 表示氨基酸侧链R基的解离常数。解离原则:先解离α-COOH,随后其他-COOH;然后解离α-NH 3 + ,随后其他-NH 3 + 。总之羧基解离度大于氨基,α-C上基团大于非α-C上同一基团的解离度。
1 酪氨酸(Tyr)、色氨酸(Trp)和苯丙氨酸(Phe)的紫外吸收特征及其应用
在近紫外区(200~400nm)只有芳香族氨基酸有吸收光的能力,因为它们的R基含有苯环共轭π键系统。
(1)酪氨酸的最大光吸收波长(λ max )在275nm;
(2)苯丙氨酸λ max =257nm;
(3)色氨酸的λ max =280nm。
氨基酸通过紫外吸收光谱测定,可以阐明氨基酸结构和化学方面的许多细节。蛋白质中由于含有这些氨基酸,所以也具有紫外吸收的能力,一般最大吸收在280nm处,因此可以利用分光光度法测定蛋白质的含量。
2 氨基酸的光学特性与构型
氨基酸的紫外吸收光谱测定为阐明氨基酸结构和化学方面许多细节提供依据。参与蛋白质组成的20多种氨基酸在可见光区都没有光吸收,在红外区和远紫外区(λ<200nm)都有光吸收,在近紫外区(200~400nm)只有芳香族氨基酸有吸收光的能力。
构型是指分子中原子的固定空间排列。α-氨基酸除甘氨酸之外,其α-碳原子是一个手性碳原子,旋光异构是由于分子具有手型引起的,因此都具有旋光性,有L和D两种构型。蛋白质中发现的氨基酸都是L型。但实验表明D型氨基酸构成的多肽也是具有活性的,如作为某些抗生素的细胞壁。