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在《求解“柯尔施问题”——论马克思学说跟哲学和科学的关系》一文中，徐长福先生指责柯尔施忽视了马克思本人对哲学本身的局限性的看法。徐文宣称：“在马克思形成自己学说的过程中，他对自己学说的性质及其跟哲学和科学的关系有过一个较为明晰的看法：哲学是一种抽象的思辨的学问，科学才是真正的知识；哲学随着黑格尔哲学的瓦解而终结了，他所创立的学说是科学而不是哲学。”
徐文进而将马克思的知识观分为三个阶段：首先是“哲学-知识”观时期，截止于《〈黑格尔法哲学批判〉导言》，认为哲学是时代精神的精华、文明的活的灵魂，能够用普遍理性的必然法则去批判现实，而实证的主张总是意味着对现存事实的接受；其次是从“哲学-知识”观向“科学-知识”观转变时期，见于《1844年经济学哲学手稿》《关于费尔巴哈的提纲》《神圣家族》等，认为哲学与科学、思辨与实证是对立的，开始贬低前者并推崇后者；最后是“科学-知识”观时期，见于《德意志意识形态》开始的所有著作，认为思辨的哲学将由实证的科学所代替，真正的知识只能是对经验材料的抽象和概括。
徐文进一步判断，即使在“科学-知识”观时期，马克思也未能真正与哲学划清界限，比如对辩证法的运用就表明其以“科学”的名义所建树的思想中，还存在着隐性的哲学。因此，徐文“把马克思的学说看成一种介于哲学与科学之间的学问。如果以古代的知识形态和当代的知识形态为参照，那么这种学问就可视为西方近代以来知识观转型的一种过渡形态”。
徐文充分肯定马克思学说中哲学和科学关系的复杂性，强调我们今天对其的继承和发展应明确区分二者：凡属科学的内容要接受实践检验，与时俱进；凡属哲学的内容，要注重分析和确证其独特性和有效性等。我们认为这一观点是积极的、建设性的，但是徐文在知识观上将马克思与孔德、斯宾塞和狄尔泰相提并论，客观上还是将哲学与科学对立而不是统一起来，未能跳出经典作家一些针对性表述的特定语境，不利于确立马克思主义哲学的学科地位和历史意义。
在《“柯尔施问题”的现象学解——兼与徐长福先生商讨》一文中，邓晓芒先生认为马克思从一开始就对哲学的“缺陷”是十分了然的，即哲学不能停留于其理论形式，而应在人们的实践生活中赋予其感性内容。邓先生断言：“对于青年马克思这样一种带有吊诡性质的态度，如果不紧贴黑格尔‘否定的辩证法’的内在精神，而只从外在的用语和概念辨析上作知性的解读，是无法把握到位的。马克思在具体的哲学观点上前后当然经历了巨大的变革，但在对哲学的这种看法上，我认为他是前后一贯的，没有什么‘三阶段’。”
这就是说，哲学在本质上就不同于非批判地看待对象的知性科学，它作为烧向现实的火焰也即实践哲学，在马克思那里是前后一贯的。这种实践哲学才是《德意志意识形态》中所谓“实证科学”的确切含义，因为“马克思和胡塞尔一样，都认为自然科学也好，社会科学（如‘国民经济学’）也好，在当前的经验实证的形态下都还缺乏自己的根基，都尚未成为‘严格的科学’；只有为它们奠定最直接、最无可怀疑的基础（这在胡塞尔就是‘直观的明见性’，在马克思则是‘感性活动’），才能实现真正的‘严格科学’或真正‘实证科学’的理想”。
那么，马克思和恩格斯为什么将自己的哲学说成科学？邓先生认为这是由于在古希腊以来的西方传统中，哲学一向就被视为最高的科学、科学之科学。
邓文对徐文的批评是颠覆性的。徐文将马克思主义视为西方近代以来知识观转型的一种过渡形态，这实际上是说：马克思主义是一种还不成熟的现代知识形态，对于哲学方法辩证法的运用难免降低了它在现代知识形态中的地位。这一观点也是分析马克思主义等国外马克思主义流派的基本立场，其根本问题在于将马克思主义混同于现代知性科学，导致很难将斯密等人的政治经济学和马克思主义的“政治经济学批判”区分开来。邓文指出：“国民经济学家就‘把工人只当作劳动的动物，当作仅仅有最必要的肉体需要的牲畜’，他们哪怕掌握了大量的经验数据，却仍然不是彻底‘实证’的；马克思的政治经济学‘批判’则是要从这种片面的、抽象的（即抽掉了人的感性的）‘科学’底下挖掘出‘人’的内容，使之成为真正‘实证’的，即能够被每一个人、尤其是劳动者的亲身体验所证实的科学，成为能够与人的异化、人的美感的丧失、商品拜物教对人性的扭曲等等相印证、因而能够体现出经济学事实的内部规律性（自由人的关系的规律性）的科学，这就是一种植根于人的感性之上并能激发和指导人去‘改变世界’的自由实践的人学。”
如果说在现代知性科学中难以找到辩证法的位置，那么在逻辑与历史相一致的马克思主义理论中，唯有辩证法的思维方式才能够动态地揭示人类实践生活的本质。
笔者认为邓文对马克思主义学科性质的理解是深刻的。马克思告别黑格尔主义的思辨哲学转向“真正的实证科学”，不是转向孔德、斯密等人那种现代知性科学，而是建构了一种对现代知性科学入乎其内又出乎其外的社会科学批判理论，其成熟形式就是以“政治经济学批判”为副标题的《资本论》。这一新哲学范式的原则和方法的奠立可以追溯到《1844年经济学哲学手稿》。
然而，将马克思主义称为实践哲学或实践唯物主义难免会受到质疑。一方面是文本根据问题，使用了经典作家在后期明确拒斥的“哲学”概念；另一方面是诱导部分学者重蹈思辨哲学脱离现实的覆辙，段忠桥先生就此批评说：“主张实践唯物主义取向的学者虽然大谈实践是马克思主义哲学的本质特征，但在他们的相关论著中却几乎从不涉及当今中国或世界面临的重大现实问题，从而给人留下‘实践唯物主义’实际上最不关心实践这样一种印象。”
这两种质疑都是站不住脚的。第一，经典作家后期虽然拒斥“哲学”概念，却一再肯定辩证法，可见其所拒斥的“哲学”是狭义的。第二，国内主张实践唯物主义的学者固然不乏“躲进小楼成一统”的，但敢于直面民主、法治等重大现实问题的学者李德顺、邓晓芒等也都是该学派的主要代表。
可见，马克思主义作为历史科学，已经打破了旧的学科壁垒，对传统的哲学和科学实现了双重超越，事实上建构了一种跨学科的新型理论形态，也可以说是一种包含经验实证科学于其中的广义的哲学。鉴于这一新型理论形态立足人类实践生活，对理论本身采取批判态度，各学科应从马克思主义视角来澄明本学科的前提和界限。同时，我们也可以从哲学、经济学和社会学等视角去把握马克思主义在不同学科内的革命意义，但不能将马克思主义还原为传统的哲学、经济学和社会学等单一学科。下面我们以哲学学科为例，简要说明马克思主义在其中带来的划时代变革。