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通过专门调查委员会进行的反思，基本上是宏观层面的，关注的是一般性规律，意义重大，但是它们不能取代具体政府、具体部门、具体组织的总结和反思。各地、各部门、各组织的特点不同，资源有别，面临的主要矛盾和矛盾的主要方面可能有差异，所以它们都应该主动、积极地从此次疫情应对中汲取经验教训。必须认识到，在很多时候，应急事件的应对只是少数政府或部门的事情，例如当疫情在社区层面就能够得到有效控制时，事件应对往往就是卫生部门和当地政府的职责。但是一旦疫情超出一定范围，变成全国性或世界性的应急事件时，其应对就不是某一个部门的职责，而成为所有政府和部门都面临的重大挑战。当事件涉及整个社会，社会的运行状态就发生了变化，全社会都需要按照应急状态来运行。在这些疫情应对中，各级政府和部门既要完成好本职工作，又要参与疫情治理，让社会尽快从应急状态向正常状态回归。推进各层次政府和部门进行系统反思，可以至少从四个方面着手：
第一，各级政府和部门需要反思自身的应急预案和体制机制，尤其是“一案三制”的科学化、法治化和高效化，以及将预案转化为治理效能的能力。在高不确定性的环境中，危机可能从任何地方出现，小危机有可能会深化为大危机。此次新冠肺炎疫情就是因为没有第一时间在卫健委系统、在武汉市和湖北省形成应急响应和处置，从而使小范围的公共卫生事件演化为全球性的公共卫生事件。处理应急事件最有效的办法是通过预防措施不让应急事件产生，但在预防失败之后，又能够有效应对。为此，各级政府和各类部门都需要重新审视自己的“一案三制”及其实际运行状态，并根据这次疫情应对情况进行完善和更新。
第二，各级政府和部门需要反思在整个社会处于应急状态之下的运行模式，探讨如何通过完善自身职责促进社会尽快从应急状态恢复到正常状态。在应急事件的处置中，有一些应急事件持续时间短，很快能够结束，对社会运行没有大的影响。但是，有一些应急事件的处理需要持续很长时间，对社会产生较大影响，就需要所有政府部门围绕着应急事件做出反应。以疫情防控为例，各级政府在进行疫情防控的同时需要有序恢复生产，政府需要在抗疫和保生产双重约束之下实现其职能。例如因为疫情影响，很多中小企业面临着较多难关，财政部、国家发展改革委等就需要针对帮助中小企业应对危机出台政策。如何实现精准施策，对各级政府和部门都是挑战。
第三，各级政府和部门需要反思在疫情应对中与其他政府和部门进行合作的模式，探讨如何通过信息共享、责任分担和共同行动来促进事件处理，让社会尽快恢复常态。越是处理多变的、复杂的和动态的应急事件，越是需要多层次和多部门的政府间合作，通过采取协同行为和共同行为取得治理合力。在这次疫情防控中，一些地方政府扣留另一些地方政府的物资，这是政府间不合作的表现。此外，疫情涉及从一个地区到另一个地区的流动，如何通过联防联控来实现疫情治理，需要不同部门的配合。应当建立和完善区域间、流域间不同地方政府在疫情防控上的互助网络，包括达成在物资、医护、救援、消防等方面的互助协议。
第四，各级政府和部门需要反思在疫情防控中如何更好地发挥市场和社会的作用。国内外经验表明，无论是哪种政治体制，无论是发展中国家还是发达国家，应急管理的成功都不能单纯依靠政府的力量，而必须动员全社会的力量。在这次疫情应对中，尤其是在早期，市场机制和社会组织发挥的作用没有达到预期，有些社会组织甚至受到公众的质疑。一方面，政府要了解与疫情防控相关的企业和社会组织的能力，不能在疫情中把包袱甩给能力不够的组织。另一方面，政府也要培育相关企业和社会组织的能力，监管它们的运行，让它们健康良性发展。此外，要制定好企业和社会组织参与抗疫的预案，既要发挥它们的积极作用，也要做到协调有序。